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- EMDB-33599: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33599
タイトルMycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth
マップデータMycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth
試料
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth
    • タンパク質・ペプチド: x 31種
    • RNA: x 2種
  • リガンド: x 2種
キーワードMycobacterium 50S subunit / Domain IV of 23S rRNA / Log Phase / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / : / Ribosomal protein L11, bacterial-type ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / : / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 ...Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Sengupta J / Baid P
資金援助 インド, 2件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2019/001788 インド
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)MLP-139 インド
引用ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM captures a unique conformational rearrangement in 23S rRNA helices of the Mycobacterium 50S subunit.
著者: Priya Baid / Jayati Sengupta /
要旨: Structural investigations of the ribosomes isolated from pathogenic and non-pathogenic Mycobacterium species have identified several mycobacteria-specific structural features of ribosomal RNA and ...Structural investigations of the ribosomes isolated from pathogenic and non-pathogenic Mycobacterium species have identified several mycobacteria-specific structural features of ribosomal RNA and proteins. Here, we report structural evidence of a hitherto unknown conformational switch of mycobacterium 23S rRNA helices (H54a and H67-H71). Cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures (~3-4 Å) of the M. smegmatis (Msm) log-phase 50S ribosomal subunit revealed conformational variability in H67-H71 region of the 23S rRNA, and manifested that, while H68 possesses the usual stretched conformation in one class of the maps, another one exhibits a bulge-out, fused density of H68-H69 at the inter-subunit surface, indicating an intrinsic dynamics of these rRNA helices. Remarkably, altered conformation of H68 forming a more prominent bulge-out structure at the inter-subunit surface of the 50S subunit due to the conformational rearrangements of 23S rRNA H67-H71 region was clearly visualized in a 3 Å cryo-EM map of the 50S subunit obtained from the stationary phase ribosome dataset. The Msm50S subunit having such bulge-out conformation at the intersubunit surface would be incompatible for associating with the 30S subunit due to its inability to form major inter-subunit bridges. Evidently, availability of active 70S ribosome pool can be modulated by stabilizing either one of the H68 conformation.
履歴
登録2022年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33599.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33599.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.38 Å/pix.
x 350 pix.
= 483. Å		1.38 Å/pix.
x 350 pix.
= 483. Å		1.38 Å/pix.
x 350 pix.
= 483. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.09313059 - 0.21231179
平均 (標準偏差)0.00014898977 (±0.008581964)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 483.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit alternative conformation found...

ファイルemd_33599_additional_1.map
注釈Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit alternative conformation found in Log Phase of growth
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase...

ファイルemd_33599_half_map_1.map
注釈Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase...

ファイルemd_33599_half_map_2.map
注釈Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth

全体名称: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth
要素
  • 複合体: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal subunit bL37
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 1
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth

超分子名称: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#33
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 1.8 MDa

+
分子 #1: 50S ribosomal subunit bL37

分子名称: 50S ribosomal subunit bL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 2.841375 KDa
配列文字列:
MAKRGRKKRD RKHSKANHGK RPNA

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 30.425945 KDa
配列文字列: MGIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGK GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRVIDFRRH DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ANIALLHYLD GEKRYIIAPQ GLKQGDVIES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TVIHAVELRP GGGAKLARSA G VSIQLLGK ...文字列:
MGIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGK GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRVIDFRRH DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ANIALLHYLD GEKRYIIAPQ GLKQGDVIES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TVIHAVELRP GGGAKLARSA G VSIQLLGK EGTYAALRMP SGEIRRVDVR CRATVGEVGN AEQSNINWGK AGRMRWKGKR PTVRGVVMNP VDHPHGGGEG KT SGGRHPV SPWGKPEGRT RKPNKPSDKL IVRRRRTGKK R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 23.011393 KDa
配列文字列: MARKGILGTK LGMTQVFDEN NKVVPVTVVK AGPNVVTRIR TTERDGYSAV QLAYGEISPR KVIKPVAGQF AAAGVNPRRH VAELRLDDE AAVAEYEVGQ ELTAEIFSDG AYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGAAH GAQAVHRRPG SIGGCATPGR V FKGTRMSG ...文字列:
MARKGILGTK LGMTQVFDEN NKVVPVTVVK AGPNVVTRIR TTERDGYSAV QLAYGEISPR KVIKPVAGQF AAAGVNPRRH VAELRLDDE AAVAEYEVGQ ELTAEIFSDG AYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGAAH GAQAVHRRPG SIGGCATPGR V FKGTRMSG RMGNDRVTTQ NLKVHKVDAE NGVLLIKGAI PGRNGGLVVV RSAIKRGEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 22.920949 KDa
配列文字列: MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS ...文字列:
MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS VRNLPGVHVI SPDQLNTYDV LNADDVVFSV EALNAYISAN SKEGASV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 21.152328 KDa
配列文字列:
MTTTEKALPR LKQRYREEIR EALQQEFNYA NVMQIPGVVK VVVNMGVGDA ARDAKLINGA INDLALITGQ KPEVRRARKS IAQFKLREG MPIGARVTLR GDRMWEFLDR LISIALPRIR DFRGLSPKQF DGTGNYTFGL NEQSMFHEID VDSIDRPRGM D ITVVTTAT NDAEGRALLR ALGFPFKEN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 19.483361 KDa
配列文字列:
MSRIGKQPVP VPSGVDVTIN GQNLSVKGPK GTLTLDVAEP ISVSRAEDGA IVVTRPDDER RSRSLHGLSR TLIANLVTGV TEGYTQKME IFGVGYRVQL KGQNLEFALG YSHPVLIEAP EGITFAVESP TKFSVSGIDK QKVGQISAVI RRLRRPDPYK G KGVRYEGE QIRRKVGKTG K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 18.035736 KDa
配列文字列:
MAKADKATAV ADIAEQFKAS TATVVTEYRG LTVANLAELR RALGDSATYT VAKNTLVKRA ASEAGIEGLD ELFAGPTAIA FVKGEAVDA AKAIKKFAKD NKALVIKGGY MDGKALSVAD VEKIADLESR EVLLAKLAGA MKGNLSKAAG LFNAPASQVA R LAAALQEK KAGEEAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL10

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.023374 KDa
配列文字列:
MAPKKKVAGL IKLQIQAGQA NPAPPVGPAL GQHGVNIMEF CKAYNAATES QRGNVIPVEI TVYEDRSFTF ALKTPPAAKL LLKAAGVQK GSGEPHKTKV AKVTWDQVRE IAETKKADLN ANDIDAAAKI IAGTARSMGI TVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL11

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.146689 KDa
配列文字列:
MPTYTPKAGD TTRSWYVIDA SDVVLGRLAS AAATLLRGKH KPTFTPNVDG GDFVIVINAD KIAVSGDKLT KKFAYRHSGY PGGLRKRTI GELLEKHPTR VVENAIIGML PHNKLGRQIQ KKLKVYAGPD HPHAAQQPIP FEIKQVAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.400625 KDa
配列文字列:
MIQQESRLKV ADNTGAKEIL CIRVLGGSSR RYAGIGDVIV ATVKDAIPGG NVKRGDVVKA VVVRTVKERR RADGSYIKFD ENAAVIIKN DNDPRGTRIF GPVGRELREK KFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.602244 KDa
配列文字列:
MSVIKLHDLK PAPGEKKAKT RVGRGEGSKG KTAGRGTKGT KARKNVPVMF EGGQMPIHMR LPKLKGFKNR FRTEYQVVNV GDINKAFPQ GGTVGVDELV AKGLVRKNSL VKVLGDGKLT VKVDVTANKF SGSAREAITA AGGSATEL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.77424 KDa
配列文字列:
MLIPRKVKHR KQHHPEQRGI ASGGTSVSFG DYGIQALEHA YITNRQIESA RIAINRHIKR GGKVWINIFP DRPLTKKPAE TRMGSGKGS PEWWVANVKP GRVLFELSYP DEKTARDALT RAIHKLPIKA RIVTREEQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 21.892246 KDa
配列文字列: MPKPTKGPRL GGSSSHQSAL LANLATSLFE HGRIKTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVMKKI RDKDVVHTLF AEIGPFYAD RNGGYTRIIK VENRKGDNAP MAVIELVREK TVTDEANRAR RAAASQAKAD ERADEKADEK AEETVEETTE A PAEESTEA ...文字列:
MPKPTKGPRL GGSSSHQSAL LANLATSLFE HGRIKTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVMKKI RDKDVVHTLF AEIGPFYAD RNGGYTRIIK VENRKGDNAP MAVIELVREK TVTDEANRAR RAAASQAKAD ERADEKADEK AEETVEETTE A PAEESTEA AAEETVEETT EAPAEESTEA AEESEAKDDT K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.711728 KDa
配列文字列:
MAHKPVGQNI SEVRRNARLR RHARLRKKVA GTAEVPRLVV NRSARHIHVQ LVNDLNGTTL AAASSIEADV RAIDGDKKAH SVRVGQLIA ERAKAAGVET VVFDRGGYTY GGRIAALADA AREAGLKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 12.892806 KDa
配列文字列:
MNTLDFVDQA SLRDDIPTFS PGDTVNVHVK VIEGSKERIQ VFKGVVIRRQ GGGISETFTV RKESYGVGVE RTFPVHSPNI DHIDVLTRG DVRRAKLYYL RELRGKKAKI KEKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.494693 KDa
配列文字列:
MARVKRALNA QKKRRTVLKA SKGYRGQRSR LYRKAKEQQL HSLTYAYRDR RARKGEFRKL WISRINAAAR ANDITYNRLI QGLKAAGVE VDRKNLAELA VSDPAAFTAL VDVARAALPE DVNAPSGEAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.055894 KDa
配列文字列:
MATYAIVKTG GKQYKVAAGD VVKVEKLDSE PGASVSLPVA LVVDGANVTS KADDLAKVAV TAEVLEHTKG PKIRIHKFKN KTGYHKRQG HRQQLTVLKV TGIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.3536 KDa
配列文字列:
MSTVTEFPSA TAKARYVRVS ATKARRVIDL VRGKSVEEAL DILRWAPQAA SEPVAKVIAS AAANAQNNEG LDPSTLVVAT VYADEGPTA KRIRPRAQGR AFRIRKRTSH ITVIVESRPP KQKGASAASA RSRRAQGSKA AATKKSAETK EGSE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.047836 KDa
配列文字列:
MATITDPRDI ILAPVISEKS YGLIEDNVYT FVVHPDSNKT QIKIAIEKIF DVKVDSVNTA NRQGKRKRTR TGFGKRKSTK RAIVKLAAG SKPIDLFGAP A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.228946 KDa
配列文字列:
MKVHKGDTVL VISGKDKGAK GKVLVAYPDR NKVLVEGVNR IKKHTAVSAN ERGASSGGIV TQEAPIHVSN VMVVDSDGKP TRVGYRIDD ETGKKVRIAK TNGKDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 22.571078 KDa
配列文字列: MAKTANIPNK LTANVRTRTG KGASRQARRD GKVPAVLYGH GTDPQHLELN ARDFAAVLRS HGTNAILTLD IEGTEQLALT KALDVHPIR RNIQHADLLV VQRGEKVTVE VTVLVEGDAT PGTLVTQDAN TIEIEAEALS IPEQLTVSVE GVEAGTQITA G QISLPEGV ...文字列:
MAKTANIPNK LTANVRTRTG KGASRQARRD GKVPAVLYGH GTDPQHLELN ARDFAAVLRS HGTNAILTLD IEGTEQLALT KALDVHPIR RNIQHADLLV VQRGEKVTVE VTVLVEGDAT PGTLVTQDAN TIEIEAEALS IPEQLTVSVE GVEAGTQITA G QISLPEGV NLISDPELLV VNVVEAPSAE ALEEEGAGET GAAEAPAEEA PAEEPAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.249582 KDa
配列文字列:
MAHKKGASSS RNGRDSAAQR LGVKRFGGQV VKAGEILVRQ RGTHFHPGVN VGRGGDDTLF ALAPGAVEFG AKRGRKTVNI VPVARPEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.891016 KDa
配列文字列:
MAAVCDICGK GPGFGKSVSH SHRRTSRRWN PNIQPVRAVT RPGGNKQRIN ACTSCIKAGK VSRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 8.790895 KDa
配列文字列:
MAVGTTPGEL RELTDDELKD KLRESKEELF NLRFQMATGQ LSNNRRLRTV RQEIARVYTV LRERELGLAS GPAGEES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 7.022147 KDa
配列文字列:
MAELKITQVR STIGARWKQR ESLRTLGLKK IRQSVVREDN AQTRGLINTV HHLVEVEEVG K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.467719 KDa
配列文字列:
MAVPKRRMSR ANTRSRRAQW KAEAPGLVTV SVAGQQRKVP RRLLKAARLG LVDLDKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L33 1

分子名称: 50S ribosomal protein L33 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.468501 KDa
配列文字列:
MASSTDVRPK ITLACEVCKH RNYITKKNRR NDPDRLEIKK FCPNCGTHQP HKESR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33A

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 5.52258 KDa
配列文字列:
MAKGKRTFQP NNRRRARVHG FRLRMRTRAG RAIVANRRSK GRRALTA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 7.298505 KDa
配列文字列:
MPKAKTHSGA SKRFRRTGTG KIVRQKANRR HLLEHKPTKR TRRLDGRTTV SAADNSRINK LLNG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 4.341277 KDa
配列文字列:
MKVNPSVKPI CDKCRVIRRH GRVMVICSDP RHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 8.312485 KDa
配列文字列:
MKTGIHPEYV DTTVQCGCGH SFTTRSTKQS GTIVVEVCSQ CHPFYTGKQK ILDSGGRVAR FEKRYGKRNK AAADK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #2: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 1.012140938 MDa
配列文字列: UAAGUGUUUA AGGGCGCAUG GUGGAUGCCU UGGCACUGGG AGCCGAUGAA GGACGUAGGA GGCUGCGAUA AGCCUCGGGG AGCUGUCAA CCGAGCGUUG AUCCGAGGAU GUCCGAAUGG GGAAACCCGG CACGAGUGAU GUCGUGUCAC CAGGCGCUGA A UAUAUAGG ...文字列:
UAAGUGUUUA AGGGCGCAUG GUGGAUGCCU UGGCACUGGG AGCCGAUGAA GGACGUAGGA GGCUGCGAUA AGCCUCGGGG AGCUGUCAA CCGAGCGUUG AUCCGAGGAU GUCCGAAUGG GGAAACCCGG CACGAGUGAU GUCGUGUCAC CAGGCGCUGA A UAUAUAGG CGUCUGGGGG GAACGCGGGG AAGUGAAACA UCUCAGUACC CGUAGGAAGA GAAAACAAAA UGUGAUUCCG UG AGUAGUG GCGAGCGAAA GCGGAGGAUG GCUAAACCGU AUGCAUGUGA UACCGGGUAG GGGUUGUGUG UGCGGGGUUG UGG GACCUA UCUUUCCGGC UCUACCUGGC UGGAGGGCAG UGAGAAAAUG UUGUGGUUAG CGGAAAUGGC UUGGGAUGGC CUGC CGUAG ACGGUGAGAG CCCGGUACGU GAAAACCCGA CGUCUGUCUU GAUGGUGUUC CCGAGUAGCA GCGGGCCCGU GGAAU CUGC UGUGAAUCUG CCGGGACCAC CCGGUAAGCC UGAAUACUUC CCAGUGACCG AUAGCGGAUU AGUACCGUGA GGGAAU GGU GAAAAGUACC CCGGGAGGGG AGUGAAAGAG UACCUGAAAC CGUGCGCUUA CAAUCCGUCA GAGCCCUCGA CGUGUCG UG GGGUGAUGGC GUGCCUUUUG AAGAAUGAGC CUGCGAGUCA GGGACAUGUC GCGAGGUUAA CCCGGGUGGG GUAGCCGC A GCGAAAGCGA GUCUGAAUAG GGCGUAUCCA CACAAGAGUG UGUGGUGUAG UGGUGUGUUC UGGACCCGAA GCGGAGUGA UCUACCCAUG GCCAGGGUGA AGCGCGGGUA AGACCGCGUG GAGGCCCGAA CCCACUUAGG UUGAAGACUG AGGGGAUGAG CUGUGGGUA GGGGUGAAAG GCCAAUCAAA CUCCGUGAUA GCUGGUUCUC CCCGAAAUGC AUUUAGGUGC AGCGUCGCAU G UUUCUUGC CGGAGGUAGA GCUACUGGAU GGCCGAUGGG CCCCACAGGG UUACUGACGU CAGCCAAACU CCGAAUGCCG GU AAGUCCA AGAGUGCGGC AGUGAGACGG CGGGGGAUAA GCUCCGUGCG UCGAGAGGGA AACAGCCCAG AUCGCCGGCU AAG GCCCCU AAGCGUGUGC UAAGUGGAAA AGGAUGUGCA GUCGCGAAGA CAACCAGGAG GUUGGCUUAG AAGCAGCCAC CCUU GAAAG AGUGCGUAAU AGCUCACUGG UCAAGUGAUU GUGCGCCGAU AAUGUAGCGG GGCUCAAGCA CACCGCCGAA GCCGC GGCA GCCAACGUGU UGGCUGGGUA GGGGAGCGUC CUGCAUCCGG UGAAGCCGCC GAGUGAUCGA GUGGUGGAGG GUGUGG GAG UGAGAAUGCA GGCAUGAGUA GCGAUUAGGC AAGUGAGAAC CUUGCCCGCC GAAAGACCAA GGGUUCCUGG GCCAGGC CA GUCCGCCCAG GGUGAGUCGG GACCUAAGGC GAGGCCGACA GGCGUAGUCG AUGGACAACG GGUUGAUAUU CCCGUACC C GUGUAUGUGC GUCCAUGAUG AAUCAGCGGU ACUAACCAUC CAAAACCACC GUGACCGCAC CUUUCGGGGU GUGGCGUUG GUGGGGCUGC AUGGGACCUU CGUUGGUAGU AGUCAAGCGA UGGGGUGACG CAGGAAGGUA GCCGUACCGG UCAGUGGUAA UACCGGGGU AAGCCUGUAG GGAGUCAGAU AGGUAAAUCC GUCUGGCAUA UAUCCUGAGA GGUGAUGCAU AGCCGAGUGA G GCGAAUUC GGUGAUCCUA UGCUGCCGAG AAAAGCCUCU AGCGAGGACA UACACGGCCC GUACCCCAAA CCAACACAGG UG GUCAGGU AGAGAAUACU AAGGCGUACG AGUGAACUAU GGUUAAGGAA CUCGGCAAAA UGCCCCCGUA ACUUCGGGAG AAG GGGGAC CCACAUGGCG UGUAAGCCUU UACGGCCCAA GCGUGAGUGG GUGGCACAAA CCAGUGAGAA GCGACUGUUU ACUA AAAAC ACAGGUCCGU GCGAAGUCGC AAGACGAUGU AUACGGACUG ACGCCUGCCC GGUGCUGGAA GGUUAAGAGG ACCCG UUAA CUCCCUUUGG GGGUGAAGCG GAGAAUUUAA GCCCCAGUAA ACGGCGGUGG UAACUAUAAC CAUCCUAAGG UAGCGA AAU UCCUUGUCGG GUAAGUUCCG ACCUGCACGA AUGGCGUAAC GACUUCUCAA CUGUCUCAAC CAUAGACUCG GCGAAAU UG CACUACGAGU AAAGAUGCUC GUUACGCGCG GCAGGACGAA AAGACCCCGG GACCUUCACU ACAACUUGGU AUUGGUGC U CGAUACGGUU UGUGUAGGAU AGGUGGGAGA CUGUGAAGCU CACACGCCAG UGUGGGUGGA GUCGUUGUUG AAAUACCAC UCUGAUCGUA UUGGGCCUCU AACCUCGGAC CGUAUAUCCG GUUCAGGGAC AGUGCCUGGU GGGUAGUUUA ACUGGGGCGG UUGCCUCCU AAAAUGUAAC GGAGGCGCCC AAAGGUUCCC UCAACCUGGA CGGCAAUCAG GUGUUGAGUG UAAGUGCACA A GGGAGCUU GACUGCGAGA CGGACAUGUC GAGCAGGGAC GAAAGUCGGG ACUAGUGAUC CGGCACCUCU GAGUGGAAGG GG UGUCGCU CAACGGAUAA AAGGUACCCC GGGGAUAACA GGCUGAUCUU CCCCAAGAGU CCAUAUCGAC GGGAUGGUUU GGC ACCUCG AUGUCGGCUC GUCGCAUCCU GGGGCUGGAG CAGGUCCCAA GGGUUGGGCU GUUCGCCCAU UAAAGCGGCA CGCG AGCUG GGUUUAGAAC GUCGUGAGAC AGUUCGGUCU CUAUCCGCCG CGCGCGUCAG AAGCUUGAGG AAACCUGUCC CUAGU ACGA GAGGACCGGG ACGGACGAAC CUCUGGUAUA CCAGUUGUCC CACCAGGGGC ACGGCUGGAU AGCCACGUUC GGACAG GAU AACCGCUGAA AGCAUCUAAG CGGGAAACCU CUUCCAAGAC CAGGCUUCUC ACCCUCUAGG AGGGAUAAGG CCCCCCG CA GACCACGGGA UUGAUAGACC AGACCUGGAA GCCUAGUAAU AGGUGCAGGG AACUGGCACU AACCGGCCGA AAACUUAC

GENBANK: GENBANK: CP000480.1

+
分子 #3: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 38.061816 KDa
配列文字列:
GUUACGGCGG UCCAUAGCGG CAGGGAAACG CCCGGUCCCA UCCCGAACCC GGAAGCUAAG CCUGCCAGCG CCGAUGAUAC UACCCAUCC GGGUGGAAAA GUAGGACACC GCCGAACAC

GENBANK: GENBANK: CP000480.1

+
分子 #34: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 407 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #35: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5o60

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 29350
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5o60


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7y41:
Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る