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- EMDB-33597: PSII-d1-d2 of PBS-PSII-PSI-LHCs megacomplex from Porphyridium pur... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33597
タイトルPSII-d1-d2 of PBS-PSII-PSI-LHCs megacomplex from Porphyridium purpureum.
マップデータ
試料
  • 複合体: Lateral hexamer of PBS
    • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • タンパク質・ペプチド: x 26種
  • リガンド: x 14種
機能・相同性
機能・相同性情報


monooxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Methanesulfonate monooxygenase ferredoxin subunit / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyridium purpureum (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者You X / Zhang X / Cheng J / Xiao YN / Sun S / Sui SF
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of lateral hexamer of PBS-PSII-PSI-LHCs megacomplex at 6.3 Angstroms resolution.
著者: You X / Zhang X / Cheng J / Xiao YN / Sun S / Sui SF
履歴
登録2022年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2023年1月18日-
現状2023年1月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33597.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33597.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 384 pix.
= 417.792 Å		1.09 Å/pix.
x 384 pix.
= 417.792 Å		1.09 Å/pix.
x 384 pix.
= 417.792 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.088 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.74992794 - 1.0320665
平均 (標準偏差)0.0005404581 (±0.041370396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 417.79202 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_33597_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33597_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Lateral hexamer of PBS

全体名称: Lateral hexamer of PBS
要素
  • 複合体: Lateral hexamer of PBS
    • タンパク質・ペプチド: CNT
    • タンパク質・ペプチド: CNT
    • タンパク質・ペプチド: CNT
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
  • タンパク質・ペプチド: PSII_Pbs31 domain-containing protein
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
  • タンパク質・ペプチド: LPP1
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c550
  • タンパク質・ペプチド: Psb34
  • タンパク質・ペプチド: Psb34
  • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
  • タンパク質・ペプチド: PS II complex 12 kDa extrinsic protein
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
  • タンパク質・ペプチド: PsbM
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein Y
  • タンパク質・ペプチド: PsbQ'
  • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center Psb28 protein
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: GLYCEROL
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Lateral hexamer of PBS

超分子名称: Lateral hexamer of PBS / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)

+
分子 #1: CNT

分子名称: CNT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 2.292505 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AA

+
分子 #2: CNT

分子名称: CNT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 1.652805 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAA

+
分子 #3: CNT

分子名称: CNT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 5.135611 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AA

+
分子 #4: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 38.341629 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: ASLWERFCSW VTSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFVAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVIPSSAAIG IHFYPIWEA ASLDEWLYNG GCYPLIVLHF LLGVACYMGR EWELSYRLGM RPWIAVAFSA PVAAATAVFL IYPIGQGSFS D GMPLGISG ...文字列:
ASLWERFCSW VTSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFVAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVIPSSAAIG IHFYPIWEA ASLDEWLYNG GCYPLIVLHF LLGVACYMGR EWELSYRLGM RPWIAVAFSA PVAAATAVFL IYPIGQGSFS D GMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH QLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESANYGYK FGQEEETYNI VA AHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLGL WPVVGIWLTS ISVSTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADIINRANLG MEV MHERNA HNFPLDLASG ESLPVALTAP AVNG

+
分子 #5: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 56.412215 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMTRLG VTDSWGGWSI TGESVSNPG IWSFEGVALT HIVLSGLLFL AAIWHWIYWD LELFRDPRTG EPALDLPKIF GIHLLLASIL CFGFGAFHVT G LFGPGIWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMTRLG VTDSWGGWSI TGESVSNPG IWSFEGVALT HIVLSGLLFL AAIWHWIYWD LELFRDPRTG EPALDLPKIF GIHLLLASIL CFGFGAFHVT G LFGPGIWV SDAYGITGKV QPVAPAWGPE GFNPFNPGGV ASHHIAAGTV GILAGVFHLS IRPPQRLYRA LRMGNIETVL SS SIAAVFF AAFITSGTMW YGCATTPIEL FGPTRYQWDS GYFQQEIERQ VENSLSEGLS LSDAWSRIPD KLAFYDYIGN NPA KGGLFR SGPMDKGDGI AEAWLGHPVF KDKEGRELTV RRMPAFFETF PVILVDQDGI IRADIPFRRA ESKYSIEQVG VTID FYGGK LNGQSFTDAP TVKKYARKAQ LGEVFEFDRT TLESDGVFRS SPRGWYTFGH ANFALLFFFG HLWHGSRTLF RDVFA GIGA EVTEQVEFGA FAKLGDRTTK KQGIV

+
分子 #6: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 52.294605 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: NVMKTLYSQR RFCHVETPFN NNVSAAGRDI ESTGFAWWSG NARLINVSGK LLGAHVAHAG IMVFWCGAMT LFEVAHFIPE KPLYEQGFI LLPHLATLGW GVGPGGEIVD TYPYFVVGVL HLISSAVLGF GGIYHSIIGP DTLEESFPFF GYDWRDKNKM T TILGIHLI ...文字列:
NVMKTLYSQR RFCHVETPFN NNVSAAGRDI ESTGFAWWSG NARLINVSGK LLGAHVAHAG IMVFWCGAMT LFEVAHFIPE KPLYEQGFI LLPHLATLGW GVGPGGEIVD TYPYFVVGVL HLISSAVLGF GGIYHSIIGP DTLEESFPFF GYDWRDKNKM T TILGIHLI LLGLGSFLLV AKAMFFGGIY DTWAPGGGDV RYVTNPTLNP AVIFGYVLKS PFGGDGWVVS INNQEDLVGG HV WVGVICI AGGIWHILTK PFAWARRAFV WSGEAYLSYS LAALALMGFT ASCYAWYNNT AYPSEFYGPT GPEASQAQAF TFL VRDQRL GANVASAQGP TGLGKYLMRS PSGEIIFGGE TMRFWDLRAP WLEPLRGPNG LDLNKIKNDI QPWQERRAAE YMTH APLGS LNSVGGVATE INSVNYVSPR SWLTSSHFFL PFFLFIGHLW HAGRARAAAA GFEKGINREN EPVLFMRPLD

+
分子 #7: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 5.032883 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MTRGNPNQSV TYPIFTFRWL AIHGIAVPTV FFLGAITSMQ FIQR

+
分子 #8: PSII_Pbs31 domain-containing protein

分子名称: PSII_Pbs31 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 22.527773 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAFVNGVVPV AASASVHRRA VCVRMSEQDA ALSRRAVLGL AGSAAAALAL AAAPISPALA DGAVSSATKY RARNLYGSRI FDAAPMIEK LVAAVNAKNW DTVESIVGKK GPLEDLKNSF TLFATGAYPT DKLVQTDLIG NTAVIYEMAG ILRKAADQQD Q KKALKAVN ...文字列:
MAFVNGVVPV AASASVHRRA VCVRMSEQDA ALSRRAVLGL AGSAAAALAL AAAPISPALA DGAVSSATKY RARNLYGSRI FDAAPMIEK LVAAVNAKNW DTVESIVGKK GPLEDLKNSF TLFATGAYPT DKLVQTDLIG NTAVIYEMAG ILRKAADQQD Q KKALKAVN ELVKSYKEYL AAGELKENPF ADAPGQAWSG DFSPLRKTGK SPYIE

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 5.178225 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MHNHFFLAAL PEAYSIFKPL VDILPVIPVF FLLLAFVWQA AIGFR

+
分子 #10: LPP1

分子名称: LPP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 8.476257 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA

+
分子 #11: Cytochrome c550

分子名称: Cytochrome c550 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 17.764377 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MLKKVFWQPV IIGLIVLLSS EYVLAIELDD ITRTIPLEAS GTTITLTPEQ VKRGKRLFNS SCAICHNGGI TKTNPNVGLD PESLSLATP PRDNVNSLID YMKDPTSYDG SESIAEIHPS IKSADIFPKM RSLSDDDLFA IAGHILIQPK VASEKWGGGK I YY

+
分子 #12: Psb34

分子名称: Psb34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 1.937116 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAA

+
分子 #13: Psb34

分子名称: Psb34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 2.079272 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAA

+
分子 #14: Oxygen-evolving enhancer protein

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 30.890066 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MEVVGKDSKA KSALAALAVS AAVMGTQMTP VQAFTEEDFR QLSYEQVKGT GLANRCPEVD GTKGSIKIEK GKKYKIVDMC IEPKSFQVE DEVGKGKQAR KEFVDTKLMT RATYTLTGIE GPLTVNANGD LEFQEKDGID YAATTVQLPG GERVPFLFTV K ELVATAKG ...文字列:
MEVVGKDSKA KSALAALAVS AAVMGTQMTP VQAFTEEDFR QLSYEQVKGT GLANRCPEVD GTKGSIKIEK GKKYKIVDMC IEPKSFQVE DEVGKGKQAR KEFVDTKLMT RATYTLTGIE GPLTVNANGD LEFQEKDGID YAATTVQLPG GERVPFLFTV K ELVATAKG DSIGSGTEFG GEFTVPSYRT GLFLDPKGRG GVTGYDMAVA LPGMMADGAE GQDELFKETN KVFQVTKGEI EM GVQKVDP STNEIAGVFV SEQLTDTDMG AKAPKNILLK GVFYARIVEE

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 3.579424 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MEALVYVFLL VGTLMVIFFA VFFRDPPKIA K

+
分子 #16: PS II complex 12 kDa extrinsic protein

分子名称: PS II complex 12 kDa extrinsic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 16.382673 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MAFVGASVMG AQTRRSQSTC GVRMSMNADD AQVSRRQMLS VAAAAVAAFG VARGANAEME YEGVMYLGGS DKIDVNNANI RAYTKYPGM YPNIAREIVK NGPFESVDDV LKIETLTATQ KSVVEKYKNN LIALPSRPEY VIDKLNNGLY R

+
分子 #17: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 39.253891 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MTIAIGQEKG RGWFDLIDDW LKRDRFVFIG WSGLLLLPCS YLALGGWLTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTAAVSTP ANSMGHSLL FLWGPEAQGD FTRWCQIGGL WTFIALHGAF GLIGFCLRQF EIARLVGLRP YNAIAFSGPI SVFVSVFLMY P LGQASWFF ...文字列:
MTIAIGQEKG RGWFDLIDDW LKRDRFVFIG WSGLLLLPCS YLALGGWLTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTAAVSTP ANSMGHSLL FLWGPEAQGD FTRWCQIGGL WTFIALHGAF GLIGFCLRQF EIARLVGLRP YNAIAFSGPI SVFVSVFLMY P LGQASWFF APSFGVAAIF RFLLFLQGFH NWTLNPFHMM GVAGILGGAL LCAIHGATVE NTLFEDGDAA DTFRAFTPTQ SE ETYSMVT ANRFWSQIFG VAFSNKRWLH FFMLFVPVTG LWTSSIGIVG LALNLRAYDF VSQELRAAED PEFETFYTKN ILL NEGIRA WMAAQDQPHE NFIFPEEVLP RGNAL

+
分子 #18: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 7.576939 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MALRTRLGEI LRPLNSEYGK VAPGWGTTPI MGVFMLLFFL FLLIILQIYN SSLIIENVDV DWTSLGN

+
分子 #19: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 4.522269 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MFTLKIFVYT TVIFFISLFV FGFLSNDPSR NPNRKDLE

+
分子 #20: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 3.944665 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MATTGRVPIW LVAFVGGIAV IGLLGLFIYG SYSGVGSSL

+
分子 #21: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 4.420138 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MSNPNPNKQP VELNRTSLFW GLLLIFVLAV LFSSYFFN

+
分子 #22: PsbM

分子名称: PsbM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 10.463042 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MYGFVSGSPI SARVNQNNRL AVASKRAAVA VPAGSRKVAM NFDLGATSNN MVLLAEGGGM SVSFPAYLAV LLGTFVPVAF LVILYIQSE ARKAGASSKS DE

+
分子 #23: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 3.681562 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MINWQVIGQL VSLAIIVLVG PAVIFLLAFK KGNL

+
分子 #24: Photosystem II reaction center X protein

分子名称: Photosystem II reaction center X protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 4.147984 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MTPSLSSFIN SLILGLVIVV IPISGALLFV SQKDKVTRS

+
分子 #25: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 6.500705 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MVTALQILVF ALTILSTILV VSIPVILASP GQWEQSKNLV FTGAGVWSGL VIVTGLLNSF AT

+
分子 #26: Photosystem II protein Y

分子名称: Photosystem II protein Y / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 3.72749 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
DTRLLIVLLP VLAAASWALY NIGRVALQQF KRL

+
分子 #27: PsbQ'

分子名称: PsbQ' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 22.397451 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAFVSGFAGA QIASGSSAQV CRAPAAVRMS AAGEEMSRRD LMAGVATAAA GLLVIPGAAM AGDAPKQSFF GGSSASSPFV YNMKQTGEI LYKPLNDEDL QFHKNVLEKS RGELDRTSEQ IARKSWDDMR GVIRNQMYNM RHSQLRLIES VESAEKQKAA K KNYNDLKK ...文字列:
MAFVSGFAGA QIASGSSAQV CRAPAAVRMS AAGEEMSRRD LMAGVATAAA GLLVIPGAAM AGDAPKQSFF GGSSASSPFV YNMKQTGEI LYKPLNDEDL QFHKNVLEKS RGELDRTSEQ IARKSWDDMR GVIRNQMYNM RHSQLRLIES VESAEKQKAA K KNYNDLKK SLEEMDLAAR NKKQEDARKF RASALKAFDS FTTSVGI

+
分子 #28: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 9.47764 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MSGGSTGERP FSDIITSIRY WVIHSITIPS LFVAGWLFVS TGLAYDVFGT PRPNEYFTQD RQQVPLVNDR FSAKQELEDL TKGL

+
分子 #29: Photosystem II reaction center Psb28 protein

分子名称: Photosystem II reaction center Psb28 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 12.850428 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MAVIQFIPGL NETVIPEVKL TRSRDGNTGT ATFRFTNPNV LDISTSKEGD ITGMYLDDEE GQLITRDVNA KFVNGRPQAI EAVYVIRSP EDWDRFMRFM ERYANANGLT FTKAA

+
分子 #30: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 30 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #31: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 40 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #32: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #33: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 140 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #34: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 4 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #35: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #36: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 8 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #37: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 8 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #38: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 36 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #39: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 40 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #40: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 8 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #41: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 4 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸

+
分子 #42: GLYCEROL

分子名称: GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 4 / 式: GOL
分子量理論値: 92.094 Da
Chemical component information

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

+
分子 #43: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6kgx

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 321000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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