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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | PSII-d1-d2 of PBS-PSII-PSI-LHCs megacomplex from Porphyridium purpureum. | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | You X / Zhang X / Cheng J / Xiao YN / Sun S / Sui SF | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of lateral hexamer of PBS-PSII-PSI-LHCs megacomplex at 6.3 Angstroms resolution. 著者: You X / Zhang X / Cheng J / Xiao YN / Sun S / Sui SF | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 204 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 44.6 KB 44.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 135.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7y3r ![]() 8jngMC ![]() 8jnlMC ![]() 8jnmMC ![]() 8jnnC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.088 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33597_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33597_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Lateral hexamer of PBS
+超分子 #1: Lateral hexamer of PBS
+分子 #1: CNT
+分子 #2: CNT
+分子 #3: CNT
+分子 #4: Photosystem II protein D1
+分子 #5: Photosystem II CP47 reaction center protein
+分子 #6: Photosystem II CP43 reaction center protein
+分子 #7: Cytochrome b559 subunit beta
+分子 #8: PSII_Pbs31 domain-containing protein
+分子 #9: Photosystem II reaction center protein K
+分子 #10: LPP1
+分子 #11: Cytochrome c550
+分子 #12: Psb34
+分子 #13: Psb34
+分子 #14: Oxygen-evolving enhancer protein
+分子 #15: Photosystem II reaction center protein T
+分子 #16: PS II complex 12 kDa extrinsic protein
+分子 #17: Photosystem II D2 protein
+分子 #18: Photosystem II reaction center protein H
+分子 #19: Photosystem II reaction center protein I
+分子 #20: Photosystem II reaction center protein J
+分子 #21: Photosystem II reaction center protein L
+分子 #22: PsbM
+分子 #23: Photosystem II reaction center protein Ycf12
+分子 #24: Photosystem II reaction center X protein
+分子 #25: Photosystem II reaction center protein Z
+分子 #26: Photosystem II protein Y
+分子 #27: PsbQ'
+分子 #28: Cytochrome b559 subunit alpha
+分子 #29: Photosystem II reaction center Psb28 protein
+分子 #30: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #31: BETA-CAROTENE
+分子 #32: CHLORIDE ION
+分子 #33: CHLOROPHYLL A
+分子 #34: CA-MN4-O5 CLUSTER
+分子 #35: FE (III) ION
+分子 #36: PHEOPHYTIN A
+分子 #37: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...
+分子 #38: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #39: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #40: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #41: BICARBONATE ION
+分子 #42: GLYCEROL
+分子 #43: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 321000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |