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- EMDB-33542: Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33542
タイトルCryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum VAR2CSA FCR3
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum VAR2CSA FCR3
    • 複合体: P. falciparum VAR2CSA FCR3
      • タンパク質・ペプチド: Erythrocyte membrane protein 1
    • 複合体: human IgM-Fc
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin heavy constant mu
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin J chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードComplex / antibody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


hexameric IgM immunoglobulin complex / dimeric IgA immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA binding / glomerular filtration / pre-B cell allelic exclusion ...hexameric IgM immunoglobulin complex / dimeric IgA immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA binding / glomerular filtration / pre-B cell allelic exclusion / IgM immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / positive regulation of respiratory burst / humoral immune response / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / antibacterial humoral response / protein-containing complex assembly / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / host cell surface receptor binding / immune response / innate immune response / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Immunoglobulin J chain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / Immunoglobulin J chain / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain ...Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Immunoglobulin J chain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / Immunoglobulin J chain / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin heavy constant mu / Erythrocyte membrane protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Ji C / Xiao J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Plasmodium falciparum has evolved multiple mechanisms to hijack human immunoglobulin M.
著者: Chenggong Ji / Hao Shen / Chen Su / Yaxin Li / Shihua Chen / Thomas H Sharp / Junyu Xiao /
要旨: Plasmodium falciparum causes the most severe malaria in humans. Immunoglobulin M (IgM) serves as the first line of humoral defense against infection and potently activates the complement pathway to ...Plasmodium falciparum causes the most severe malaria in humans. Immunoglobulin M (IgM) serves as the first line of humoral defense against infection and potently activates the complement pathway to facilitate P. falciparum clearance. A number of P. falciparum proteins bind IgM, leading to immune evasion and severe disease. However, the underlying molecular mechanisms remain unknown. Here, using high-resolution cryo-electron microscopy, we delineate how P. falciparum proteins VAR2CSA, TM284VAR1, DBLMSP, and DBLMSP2 target IgM. Each protein binds IgM in a different manner, and together they present a variety of Duffy-binding-like domain-IgM interaction modes. We further show that these proteins interfere directly with IgM-mediated complement activation in vitro, with VAR2CSA exhibiting the most potent inhibitory effect. These results underscore the importance of IgM for human adaptation of P. falciparum and provide critical insights into its immune evasion mechanism.
履歴
登録2022年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33542.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33542.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-1.117457 - 1.6488439
平均 (標準偏差)0.001750503 (±0.027854007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33542_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33542_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of human IgM-Fc in complex with the J chain and t...

全体名称: Ternary complex of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum VAR2CSA FCR3
要素
  • 複合体: Ternary complex of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum VAR2CSA FCR3
    • 複合体: P. falciparum VAR2CSA FCR3
      • タンパク質・ペプチド: Erythrocyte membrane protein 1
    • 複合体: human IgM-Fc
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin heavy constant mu
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin J chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Ternary complex of human IgM-Fc in complex with the J chain and t...

超分子名称: Ternary complex of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum VAR2CSA FCR3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3, #1-#2
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

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超分子 #2: P. falciparum VAR2CSA FCR3

超分子名称: P. falciparum VAR2CSA FCR3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: human IgM-Fc

超分子名称: human IgM-Fc / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2

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分子 #1: Immunoglobulin heavy constant mu

分子名称: Immunoglobulin heavy constant mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.875766 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ASAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KIDTTIAELP PKVSVFVPPR DGFFGNPRKS KLICQATGFS PRQIQVSWLR EGKQVGSGV TTDQVQAEAK ESGPTTYKVT STLTIKESDW LGQSMFTCRV DHRGLTFQQN ASSMCVPDQD TAIRVFAIPP S FASIFLTK ...文字列:
ASAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KIDTTIAELP PKVSVFVPPR DGFFGNPRKS KLICQATGFS PRQIQVSWLR EGKQVGSGV TTDQVQAEAK ESGPTTYKVT STLTIKESDW LGQSMFTCRV DHRGLTFQQN ASSMCVPDQD TAIRVFAIPP S FASIFLTK STKLTCLVTD LTTYDSVTIS WTRQNGEAVK THTNISESHP NATFSAVGEA SICEDDWNSG ERFTCTVTHT DL PSPLKQT ISRPKGVALH RPDVYLLPPA REQLNLRESA TITCLVTGFS PADVFVQWMQ RGQPLSPEKY VTSAPMPEPQ APG RYFAHS ILTVSEEEWN TGETYTCVVA HEALPNRVTE RTVDKSTGKP TLYNVSLVMS DTAGTCY

UniProtKB: Immunoglobulin heavy constant mu

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分子 #2: Immunoglobulin J chain

分子名称: Immunoglobulin J chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.483329 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EDERIVLVDN KCKCARITSR IIRSSEDPNE DIVERNIRII VPLNNRENIS DPTSPLRTRF VYHLSDLCKK CDPTEVELDN QIVTATQSN ICDEDSATET CYTYDRNKCY TAVVPLVYGG ETKMVETALT PDACYPD

UniProtKB: Immunoglobulin J chain

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分子 #3: Erythrocyte membrane protein 1

分子名称: Erythrocyte membrane protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 306.371406 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDSTSTIANK IEEYLGAKSD DSKIDELLKA DPSEVEYYRS GGDGDYLKNN ICKITVNHSD SGKYDPCEKK LPPYDDNDQW KCQQNSSDG SGKPENICVP PRRERLCTYN LENLKFDKIR DNNAFLADVL LTARNEGEKI VQNHPDTNSS NVCNALERSF A DLADIIRG ...文字列:
MDSTSTIANK IEEYLGAKSD DSKIDELLKA DPSEVEYYRS GGDGDYLKNN ICKITVNHSD SGKYDPCEKK LPPYDDNDQW KCQQNSSDG SGKPENICVP PRRERLCTYN LENLKFDKIR DNNAFLADVL LTARNEGEKI VQNHPDTNSS NVCNALERSF A DLADIIRG TDQWKGTNSN LEKNLKQMFA KIRENDKVLQ DKYPKDQKYT KLREAWWNAN RQKVWEVITC GARSNDLLIK RG WRTSGKS DRKKNFELCR KCGHYEKEVP TKLDYVPQFL RWLTEWIEDF YREKQNLIDD MERHREECTR EDHKSKEGTS YCS TCKDKC KKYCECVKKW KTEWENQENK YKDLYEQNKN KTSQKNTSRY DDYVKDFFEK LEANYSSLEN YIKGDPYFAE YATK LSFIL NPSDANNPSG ETANHNDEAC NCNESGISSV GQAQTSGPSS NKTCITHSSI KTNKKKECKD VKLGVRENDK DLKIC VIED TSLSGVDNCC CQDLLGILQE NCSDNKRGSS SNDSCDNKNQ DECQKKLEKV FASLTNGYKC DKCKSGTSRS KKKWIW KKS SGNEEGLQEE YANTIGLPPR TQSLYLGNLP KLENVCEDVK DINFDTKEKF LAGCLIVSFH EGKNLKKRYP QNKNSGN KE NLCKALEYSF ADYGDLIKGT SIWDNEYTKD LELNLQNNFG KLFGKYIKKN NTAEQDTSYS SLDELRESWW NTNKKYIW T AMKHGAEMNI TTCNADGSVT GSGSSCDDIP TIDLIPQYLR FLQEWVENFC EQRQAKVKDV ITNCKSCKES GNKCKTECK TKCKDECEKY KKFIEACGTA GGGIGTAGSP WSKRWDQIYK RYSKHIEDAK RNRKAGTKNC GTSSTTNAAA STDENKCVQS DIDSFFKHL IDIGLTTPSS YLSNVLDDNI CGADKAPWTT YTTYTTTEKC NKERDKSKSQ SSDTLVVVNV PSPLGNTPYR Y KYACQCKI PTNEETCDDR KEYMNQWSCG SARTMKRGYK NDNYELCKYN GVDVKPTTVR SNSSKLDGND VTFFNLFEQW NK EIQYQIE QYMTNANISC IDEKEVLDSV SDEGTPKVRG GYEDGRNNNT DQGTNCKEKC KCYKLWIEKI NDQWGKQKDN YNK FRSKQI YDANKGSQNK KVVSLSNFLF FSCWEEYIQK YFNGDWSKIK NIGSDTFEFL IKKCGNNSAH GEEIFNEKLK NAEK KCKEN ESTDTNINKS ETSCDLNATN YIRGCQSKTY DGKIFPGKGG EKQWICKDTI IHGDTNGACI PPRTQNLCVG ELWDK SYGG RSNIKNDTKE LLKEKIKNAI HKETELLYEY HDTGTAIISK NDKKGQKGKN DPNGLPKGFC HAVQRSFIDY KNMILG TSV NIYEHIGKLQ EDIKKIIEKG TPQQKDKIGG VGSSTENVNA WWKGIEREMW DAVRCAITKI NKKNNNSIFN GDECGVS PP TGNDEDQSVS WFKEWGEQFC IERLRYEQNI REACTINGKN EKKCINSKSG QGDKIQGACK RKCEKYKKYI SEKKQEWD K QKTKYENKYV GKSASDLLKE NYPECISANF DFIFNDNIEY KTYYPYGDYS SICSCEQVKY YKYNNAEKKN NKSLCYEKD NDMTWSKKYI KKLENGRSLE GVYVPPRRQQ LCLYELFPII IKNEEGMEKA KEELLETLQI VAEREAYYLW KQYNPTGKGI DDANKKACC AIRGSFYDLE DIIKGNDLVH DEYTKYIDSK LNEIFGSSDT NDIDTKRART DWWENETITN GTDRKTIRQL V WDAMQSGV RYAVEEKNEN FPLCMGVEHI GIAKPQFIRW LEEWTNEFCE KYTKYFEDMK SKCDPPKRAD TCGDNSNIEC KK ACANYTN WLNPKRIEWN GMSNYYNKIY RKSNKESEGG KDYSMIMAPT VIDYLNKRCH GEINGNYICC SCKNIGAYNT TSG TVNKKL QKKETECEEE KGPLDLMNEV LNKMDKKYSA HKMKCTEVYL EHVEEQLNEI DNAIKDYKLY PLDRCFDDQT KMKV CDLIA DAIGCKDKTK LDELDEWNDM DLRGTYNKHK GVLIPPRRRQ LCFSRIVRGP ANLRSLNEFK EEILKGAQSE GKFLG NYYK EHKDKEKALE AMKNSFYDYE DIIKGTDMLT NIEFKDIKIK LDRLLEKETN NTKKAEDWWK TNKKSIWNAM LCGYKK SGN KIIDPSWCTI PTTETPPQFL RWIKEWGTNV CIQKQEHKEY VKSKCSNVTN LGAQASESNN CTSEIKKYQE WSRKRSI RW ETISKRYKKY KRMDILKDVK EPDANTYLRE HCSKCPCGFN DMEEMNNNED NEKEAFKQIK EQVKIPAELE DVIYRIKH H EYDKGNDYIC NKYKNIHDRM KKNNGNFVTD NFVKKSWEIS NGVLIPPRRK NLFLYIDPSK ICEYKKDPKL FKDFIYWSA FTEVERLKKA YGGARAKVVH AMKYSFTDIG SIIKGDDMME KNSSDKIGKI LGDTDGQNEK RKKWWDMNKY HIWESMLCGY REAEGDTET NENCRFPDIE SVPQFLRWFQ EWSENFCDRR QKLYDKLNSE CISAECTNGS VDNSKCTHAC VNYKNYILTK K TEYEIQTN KYDNEFKNKN SNDKDAPDYL KEKCNDNKCE CLNKHIDDKN KTWKNPYETL EDTFKSKCDC HHHHHHHH

UniProtKB: Erythrocyte membrane protein 1

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 690345
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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