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万見
- EMDB-33513: Adenosine receptor bound to a non-selective agonist in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33513
タイトルAdenosine receptor bound to a non-selective agonist in complex with a G protein obtained by cryo-EM
マップデータ
試料
  • 複合体: Adenosine receptor A2B bound to a non-selective agonist in complex with G protein obtained by cryo-EM
    • 複合体: G protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor
      • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2b,LgBiT
  • リガンド: N-ETHYL-5'-CARBOXAMIDO ADENOSINE
キーワードG protein coupled-receptor / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chronic inflammatory response to non-antigenic stimulus / positive regulation of cGMP-mediated signaling / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / positive regulation of mast cell degranulation / Surfactant metabolism / relaxation of vascular associated smooth muscle / cGMP-mediated signaling / mast cell degranulation / PKA activation in glucagon signalling ...positive regulation of chronic inflammatory response to non-antigenic stimulus / positive regulation of cGMP-mediated signaling / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / positive regulation of mast cell degranulation / Surfactant metabolism / relaxation of vascular associated smooth muscle / cGMP-mediated signaling / mast cell degranulation / PKA activation in glucagon signalling / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / hair follicle placode formation / developmental growth / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / positive regulation of chemokine production / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of insulin secretion / cellular response to glucagon stimulus / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / bone development / Schaffer collateral - CA1 synapse / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / positive regulation of interleukin-6 production / platelet aggregation / cognition / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / vasodilation / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / sensory perception of smell / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / presynapse / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G protein activity / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / periplasmic space / electron transfer activity / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / heme binding / protein-containing complex binding / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2B receptor / Adenosine receptor / G-protein alpha subunit, group S / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit ...Adenosine A2B receptor / Adenosine receptor / G-protein alpha subunit, group S / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2b / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Oplophorus gracilirostris (甲殻類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Zhang JY / Chen Y / Hua T / Song GJ
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32022038 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770898 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the human adenosine A receptor-G signaling complex.
著者: Ying Chen / Jinyi Zhang / Yuan Weng / Yueming Xu / Weiqiang Lu / Wei Liu / Mingyao Liu / Tian Hua / Gaojie Song /
要旨: The human adenosine A receptor (AR) is a class A G protein-coupled receptor that is involved in several major physiological and pathological processes throughout the body. AR recognizes its ligands ...The human adenosine A receptor (AR) is a class A G protein-coupled receptor that is involved in several major physiological and pathological processes throughout the body. AR recognizes its ligands adenosine and NECA with relatively low affinity, but the detailed mechanism for its ligand recognition and signaling is still elusive. Here, we present two structures determined by cryo-electron microscopy of AR bound to its agonists NECA and BAY60-6583, each coupled to an engineered G protein. The structures reveal conserved orthosteric binding pockets with subtle differences, whereas the selectivity or specificity can mainly be attributed to regions extended from the orthosteric pocket. We also found that BAY60-6583 occupies a secondary pocket, where residues V250 and N273 were two key determinants for its selectivity against AR. This study offers a better understanding of ligand selectivity for the adenosine receptor family and provides a structural template for further development of AR ligands for related diseases.
履歴
登録2022年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33513.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 288 pix.
= 276.48 Å		0.96 Å/pix.
x 288 pix.
= 276.48 Å		0.96 Å/pix.
x 288 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0016719088 - 1.9161965
平均 (標準偏差)0.00079512637 (±0.020897143)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 276.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33513_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33513_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Adenosine receptor A2B bound to a non-selective agonist in comple...

全体名称: Adenosine receptor A2B bound to a non-selective agonist in complex with G protein obtained by cryo-EM
要素
  • 複合体: Adenosine receptor A2B bound to a non-selective agonist in complex with G protein obtained by cryo-EM
    • 複合体: G protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor
      • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2b,LgBiT
  • リガンド: N-ETHYL-5'-CARBOXAMIDO ADENOSINE

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超分子 #1: Adenosine receptor A2B bound to a non-selective agonist in comple...

超分子名称: Adenosine receptor A2B bound to a non-selective agonist in complex with G protein obtained by cryo-EM
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: G protein

超分子名称: G protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor

超分子名称: Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.146844 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: TVSAEDKAAA ERSKMIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGADN SGKSTIVKQM RIYHGGSGGS GGTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGGQRDE RRKWIQCFND VTAIIFVVDS SDYNRLQEAL NDFKSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED Y FPEFARYT ...文字列:
TVSAEDKAAA ERSKMIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGADN SGKSTIVKQM RIYHGGSGGS GGTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGGQRDE RRKWIQCFND VTAIIFVVDS SDYNRLQEAL NDFKSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED Y FPEFARYT TPEDATPEPG EDPRVTRAKY FIRDEFLRIS TASGDGRHYC YPHFTCAVDT ENARRIFNDC RDIIQRMHLR QY ELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short, Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.728426 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWNGSSGGG GSGGGGSSGV SGWRLFKKIS

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.891022 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFGSA GSA

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分子 #4: Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2b,LgBiT

分子名称: Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2b,LgBiT
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oplophorus gracilirostris (甲殻類)
分子量理論値: 69.594055 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDAGR AHHHHHHHHH HADLEDNWET LNDNLKVIEK ADNAAQVKDA LTKMRAAALD AQKATPPKLE DKSPDSPEMK DFRHGFDIL VGQIDDALKL ANEGKVKEAQ AAAEQLKTTR NAYIQKYLEN LYFQSLLETQ DALYVALELV IAALSVAGNV L VCAAVGTA ...文字列:
DYKDDDDAGR AHHHHHHHHH HADLEDNWET LNDNLKVIEK ADNAAQVKDA LTKMRAAALD AQKATPPKLE DKSPDSPEMK DFRHGFDIL VGQIDDALKL ANEGKVKEAQ AAAEQLKTTR NAYIQKYLEN LYFQSLLETQ DALYVALELV IAALSVAGNV L VCAAVGTA NTLQTPTNYF LVSLAAADVA VGLFAIPFAI TISLGFCTDF YGCLFLACFV LVLTQSSIFS LLAVAVDRYL AI CVPLRYK SLVTGTRARG VIAVLWVLAF GIGLTPFLGW NSKDSATNNC TEPWDGTTNE SCCLVKCLFE NVVPMSYMVY FNF FGCVLP PLLIMLVIYI KIFLVACRQL QRTELMDHSR TTLQREIHAA KSLAMIVGIF ALCWLPVHAV NCVTLFQPAQ GKNK PKWAM NMAILLSHAN SVVNPIVYAY RNRDFRYTFH KIISRYLLCQ ADVKSGNGQA GVQPALGVGL NSMGTLVFTL EDFVG DWEQ TAAYNLDQVL EQGGVSSLLQ NLAVSVTPIQ RIVRSGENAL KIDIHVIIPY EGLSADQMAQ IEEVFKVVYP VDDHHF KVI LPYGTLVIDG VTPNMLNYFG RPYEGIAVFD GKKITVTGTL WNGNKIIDER LITPDGSMLF RVTIN

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, Adenosine receptor A2b

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分子 #5: N-ETHYL-5'-CARBOXAMIDO ADENOSINE

分子名称: N-ETHYL-5'-CARBOXAMIDO ADENOSINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: NEC
分子量理論値: 308.293 Da
Chemical component information

ChemComp-NEC:
N-ETHYL-5'-CARBOXAMIDO ADENOSINE / NECA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 165307
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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