[日本語] English
万見
- EMDB-33506: RBD in complex with Fab14 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33506
タイトルRBD in complex with Fab14
マップデータmain map, without mask, cryosparc sharpened
試料
  • 複合体: RBD bound to Fab14
    • 複合体: receptor binding domain of wild-type spike
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • 複合体: Fab14
      • タンパク質・ペプチド: Fab14 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab14 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードComplex / RBD / Fab / PROTEIN BINDING / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Lin JQ / Tan YJE / Wu B / Lescar J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Engineering SARS-CoV-2 specific cocktail antibodies into a bispecific format improves neutralizing potency and breadth.
著者: Zhiqiang Ku / Xuping Xie / Jianqing Lin / Peng Gao / Bin Wu / Abbas El Sahili / Hang Su / Yang Liu / Xiaohua Ye / Eddie Yongjun Tan / Xin Li / Xuejun Fan / Boon Chong Goh / Wei Xiong / Hannah ...著者: Zhiqiang Ku / Xuping Xie / Jianqing Lin / Peng Gao / Bin Wu / Abbas El Sahili / Hang Su / Yang Liu / Xiaohua Ye / Eddie Yongjun Tan / Xin Li / Xuejun Fan / Boon Chong Goh / Wei Xiong / Hannah Boyd / Antonio E Muruato / Hui Deng / Hongjie Xia / Jing Zou / Birte K Kalveram / Vineet D Menachery / Ningyan Zhang / Julien Lescar / Pei-Yong Shi / Zhiqiang An /
要旨: One major limitation of neutralizing antibody-based COVID-19 therapy is the requirement of costly cocktails to reduce emergence of antibody resistance. Here we engineer two bispecific antibodies ...One major limitation of neutralizing antibody-based COVID-19 therapy is the requirement of costly cocktails to reduce emergence of antibody resistance. Here we engineer two bispecific antibodies (bsAbs) using distinct designs and compared them with parental antibodies and their cocktail. Single molecules of both bsAbs block the two epitopes targeted by parental antibodies on the receptor-binding domain (RBD). However, bsAb with the IgG-(scFv) design (14-H-06) but not the CrossMAb design (14-crs-06) shows increased antigen-binding and virus-neutralizing activities against multiple SARS-CoV-2 variants as well as increased breadth of neutralizing activity compared to the cocktail. X-ray crystallography and cryo-EM reveal distinct binding models for individual cocktail antibodies, and computational simulations suggest higher inter-spike crosslinking potentials by 14-H-06 than 14-crs-06. In mouse models of infections by SARS-CoV-2 and multiple variants, 14-H-06 exhibits higher or equivalent therapeutic efficacy than the cocktail. Rationally engineered bsAbs represent a cost-effective alternative to antibody cocktails and a promising strategy to improve potency and breadth.
履歴
登録2022年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月14日-
マップ公開2022年9月14日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_33506.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33506.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map, without mask, cryosparc sharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.6907242 - 1.1427824
平均 (標準偏差)0.00030763148 (±0.02890662)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: 3D class density, for illustration purposes

ファイルemd_33506_additional_1.map
注釈3D class density, for illustration purposes
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_33506_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33506_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : RBD bound to Fab14

全体名称: RBD bound to Fab14
要素
  • 複合体: RBD bound to Fab14
    • 複合体: receptor binding domain of wild-type spike
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • 複合体: Fab14
      • タンパク質・ペプチド: Fab14 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab14 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: RBD bound to Fab14

超分子名称: RBD bound to Fab14 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Fab14 was generated by cleaving IgG14 with papain. RBD was obtained by first expressing a MBP-RBD fusion construct, followed by removal of MBP tag using TEV cleavage. A TEV cleavage site was ...詳細: Fab14 was generated by cleaving IgG14 with papain. RBD was obtained by first expressing a MBP-RBD fusion construct, followed by removal of MBP tag using TEV cleavage. A TEV cleavage site was present between MBP and RBD. RBD-Fab14 complex was prepared by mixing both in equal molar ratio, followed by purification via SEC.

-
超分子 #2: receptor binding domain of wild-type spike

超分子名称: receptor binding domain of wild-type spike / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
超分子 #3: Fab14

超分子名称: Fab14 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Fab14 light chain

分子名称: Fab14 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.518879 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QAVVTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDIG AYNYISWYQQ HPGKAPKLII YEVSNRPSGI SYRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEANYY CSSYAGSISF GGGTKVTVLQ PKANPTVTLF PPSSEELQAN KATLVCLISD FYPGAVTVAW KADGSPVKAG V ETTKPSKQ ...文字列:
QAVVTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDIG AYNYISWYQQ HPGKAPKLII YEVSNRPSGI SYRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEANYY CSSYAGSISF GGGTKVTVLQ PKANPTVTLF PPSSEELQAN KATLVCLISD FYPGAVTVAW KADGSPVKAG V ETTKPSKQ SNNKYAASSY LSLTPEQWKS HRSYSCQVTH EGSTVEKTVA PTECS

-
分子 #2: Fab14 heavy chain

分子名称: Fab14 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.583445 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLQQSGPG LVKPSQTLSL TCAISGDSVS SNSAAWNWIR QSPSRGLEWL GRTYYRSKWY NDYAVSVKSR ITINPDTSKN QFSLQLNSV TPEDTAVYYC AREEQQLVHD YYYYGMDVWG QGTMVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
EVQLQQSGPG LVKPSQTLSL TCAISGDSVS SNSAAWNWIR QSPSRGLEWL GRTYYRSKWY NDYAVSVKSR ITINPDTSKN QFSLQLNSV TPEDTAVYYC AREEQQLVHD YYYYGMDVWG QGTMVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSCDKTH

-
分子 #3: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 22.819559 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SANITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEVR QIAPGQTGK IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNNLDSKVGG NYNYLYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGS TPCNGVEGFN C YFPLQSYG ...文字列:
SANITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEVR QIAPGQTGK IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNNLDSKVGG NYNYLYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGS TPCNGVEGFN C YFPLQSYG FQPTNGVGYQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTN

UniProtKB: Spike glycoprotein

-
分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.28 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: PBS pH 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細SEC was used to purify RBD-Fab14 complex prior to grid preparation.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3410 / 平均露光時間: 5.3 sec. / 平均電子線量: 45.56 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode: 40 frames per 5.3 seconds.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 5334997
詳細: auto-picked and extracted in REION, with a box size of 256x256 pixels
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 117831
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
詳細: Cryosparc autogenerated model based on 2D selected particles

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7wpv

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7wpv

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7wph

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7xxl:
RBD in complex with Fab14

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る