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万見
- EMDB-3347: Volta phase plate 3.2A resolution reconstruction of the T20S prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3347
タイトルVolta phase plate 3.2A resolution reconstruction of the T20S proteasome
マップデータVolta phase plate cryo-EM reconstruction of T20S proteasome
試料
  • 試料: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
  • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome
キーワードproteasome / 20S
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Danev R / Baumeister W
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM single particle analysis with the Volta phase plate.
著者: Radostin Danev / Wolfgang Baumeister /
要旨: We present a method for in-focus data acquisition with a phase plate that enables near-atomic resolution single particle reconstructions. Accurate focusing is the determining factor for obtaining ...We present a method for in-focus data acquisition with a phase plate that enables near-atomic resolution single particle reconstructions. Accurate focusing is the determining factor for obtaining high quality data. A double-area focusing strategy was implemented in order to achieve the required precision. With this approach we obtained a 3.2 Å resolution reconstruction of the Thermoplasma acidophilum 20S proteasome. The phase plate matches or slightly exceeds the performance of the conventional defocus approach. Spherical aberration becomes a limiting factor for achieving resolutions below 3 Å with in-focus phase plate images. The phase plate could enable single particle analysis of challenging samples in terms of small size, heterogeneity and flexibility that are difficult to solve by the conventional defocus approach.
履歴
登録2016年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年3月2日-
マップ公開2016年3月16日-
更新2016年3月16日-
現状2016年3月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3347.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Volta phase plate cryo-EM reconstruction of T20S proteasome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 176 pix.
= 237.6 Å		1.35 Å/pix.
x 176 pix.
= 237.6 Å		1.35 Å/pix.
x 176 pix.
= 237.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.16722772 - 0.29510605
平均 (標準偏差)0.00039074 (±0.01855868)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ176176176
Spacing176176176
セルA=B=C: 237.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z176176176
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z237.600237.600237.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-64
NX/NY/NZ6161129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS176176176
D min/max/mean-0.1670.2950.000

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添付データ

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セグメンテーションマップ: Automatically generated mask during postprocessing in Relion.

注釈Automatically generated mask during postprocessing in Relion.
ファイルemd_3347_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Thermoplasma acidophilum 20S proteasome

全体名称: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
要素
  • 試料: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
  • タンパク質・ペプチド: 20S proteasome

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超分子 #1000: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome

超分子名称: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 28-mer / Number unique components: 1
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: 20S proteasome

分子名称: 20S proteasome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: 28-mer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 別称: Thermoplasma
分子量理論値: 700 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 25 mM Tris-HCL
グリッド詳細: Quantifoil R 1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: 3 ul sample on Quantifoil R1.2/1.3, Vitrobot chamber temperature 20 degC, blot time 5s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 80 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatis was corrected manually at the same mag. as the data acquisition.
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan Quantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10.0 eV
日付2015年7月21日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 158 / 平均電子線量: 30 e/Å2 / 詳細: every image consisted of 12 frames 0.5 s each.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.02 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.02 µm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were semi-automatically picked in EMAN e2boxer. The 3D reconstruction was performed in Relion without CTF correction.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 13469
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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