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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33421 | |||||||||
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タイトル | Pinhead of human centrioles from HeLa cells. | |||||||||
マップデータ | Postprocessed map of pinhead of human centrioles from HeLa cells. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / Centriole / Microtubule / in situ / CELL CYCLE | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 31.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Li SG / Wang ZY / Zhu Y / Ji G / Sun F | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2023 タイトル: ELI trifocal microscope: a precise system to prepare target cryo-lamellae for in situ cryo-ET study 著者: Li SG / Wang ZY / Jia X / Niu TX / Zhang JG / Yin GL / Zhang XY / Zhu Y / Ji G / Sun F | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33421.map.gz | 173.8 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33421-v30.xml emd-33421.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33421_fsc.xml | 2.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33421.png | 21.4 KB | ||
マスクデータ | emd_33421_msk_1.map | 1.4 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-33421.cif.gz | 3.8 KB | ||
その他 | emd_33421_half_map_1.map.gz emd_33421_half_map_2.map.gz | 1 MB 1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33421 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33421 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33421_validation.pdf.gz | 659.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33421_full_validation.pdf.gz | 659.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33421_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33421_validation.cif.gz | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33421 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33421 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33421.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map of pinhead of human centrioles from HeLa cells. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.6 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_33421_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of pinhead of human centrioles from HeLa cells.
ファイル | emd_33421_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of pinhead of human centrioles from HeLa cells. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of pinhead of human centrioles from HeLa cells.
ファイル | emd_33421_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of pinhead of human centrioles from HeLa cells. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Microtubule triplets with complete C tubule of human centrioles f...
全体 | 名称: Microtubule triplets with complete C tubule of human centrioles from HeLa cells. |
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要素 |
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-超分子 #1: Microtubule triplets with complete C tubule of human centrioles f...
超分子 | 名称: Microtubule triplets with complete C tubule of human centrioles from HeLa cells. タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |