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- EMDB-33320: Cryo-EM map of hMCM-DH R195A/L209G mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33320
タイトルCryo-EM map of hMCM-DH R195A/L209G mutant
マップデータ
試料
  • 複合体: humman MCM-DH
    • タンパク質・ペプチド: hMCM5
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Li J / Dong JQ / Dang SY / Zhai YL
資金援助 香港, 1件
OrganizationGrant number国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC) 香港
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: The human pre-replication complex is an open complex.
著者: Jian Li / Jiangqing Dong / Weitao Wang / Daqi Yu / Xinyu Fan / Yan Chit Hui / Clare S K Lee / Wai Hei Lam / Nathan Alary / Yang Yang / Yingyi Zhang / Qian Zhao / Chun-Long Chen / Bik-Kwoon ...著者: Jian Li / Jiangqing Dong / Weitao Wang / Daqi Yu / Xinyu Fan / Yan Chit Hui / Clare S K Lee / Wai Hei Lam / Nathan Alary / Yang Yang / Yingyi Zhang / Qian Zhao / Chun-Long Chen / Bik-Kwoon Tye / Shangyu Dang / Yuanliang Zhai /
要旨: In eukaryotes, DNA replication initiation requires assembly and activation of the minichromosome maintenance (MCM) 2-7 double hexamer (DH) to melt origin DNA strands. However, the mechanism for this ...In eukaryotes, DNA replication initiation requires assembly and activation of the minichromosome maintenance (MCM) 2-7 double hexamer (DH) to melt origin DNA strands. However, the mechanism for this initial melting is unknown. Here, we report a 2.59-Å cryo-electron microscopy structure of the human MCM-DH (hMCM-DH), also known as the pre-replication complex. In this structure, the hMCM-DH with a constricted central channel untwists and stretches the DNA strands such that almost a half turn of the bound duplex DNA is distorted with 1 base pair completely separated, generating an initial open structure (IOS) at the hexamer junction. Disturbing the IOS inhibits DH formation and replication initiation. Mapping of hMCM-DH footprints indicates that IOSs are distributed across the genome in large clusters aligning well with initiation zones designed for stochastic origin firing. This work unravels an intrinsic mechanism that couples DH formation with initial DNA melting to license replication initiation in human cells.
履歴
登録2022年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年2月8日-
現状2023年2月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33320.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33320.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 508.8 Å		1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 508.8 Å		1.06 Å/pix.
x 480 pix.
= 508.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.1054487 - 1.9801762
平均 (標準偏差)-0.00035039464 (±0.041414008)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 508.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #3

ファイルemd_33320_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #2

ファイルemd_33320_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_33320_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #4

ファイルemd_33320_additional_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33320_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33320_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : humman MCM-DH

全体名称: humman MCM-DH
要素
  • 複合体: humman MCM-DH
    • タンパク質・ペプチド: hMCM5

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超分子 #1: humman MCM-DH

超分子名称: humman MCM-DH / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: hMCM5

分子名称: hMCM5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MSGFDDPGIF YSDSFGGDAQ ADEGQARKSQ LQRRFKEFLR QYRVGTDRTG FTFKYRDELK RHYNLGEYWI EVEMEDLASF DEDLADYLYK QPAEHLQLLE EAAKEVADEV TRPRPSGEEV LQDIQVMLKS DASPSSIRSL KSDMMSHLVK IPGIIIAASA VRAKATRISI ...文字列:
MSGFDDPGIF YSDSFGGDAQ ADEGQARKSQ LQRRFKEFLR QYRVGTDRTG FTFKYRDELK RHYNLGEYWI EVEMEDLASF DEDLADYLYK QPAEHLQLLE EAAKEVADEV TRPRPSGEEV LQDIQVMLKS DASPSSIRSL KSDMMSHLVK IPGIIIAASA VRAKATRISI QCRSCRNTLT NIAMRPGLEG YALPAKCNTD QAGRPKCPGD PYFIMPDKCK CVDFQTLKLQ ELPDAVPHGE MPRHMQLYCD RYLCDKVVPG NRVTIMGIYS IKKFGLTTSR GRDRVGVGIR SSYIRVLGIQ VDTDGSGRSF AGAVSPQEEE EFRRLAALPN VYEVISKSIA PSIFGGTDMK KAIACLLFGG SRKRLPDGLT RRGDINLLML GDPGTAKSQL LKFVEKCSPI GVYTSGKGSS AAGLTASVMR DPSSRNFIME GGAMVLADGG VVCIDEFDKM REDDRVAIHE AMEQQTISIA KAGITTTLNS RCSVLAAANS VFGRWDETKG EDNIDFMPTI LSRFDMIFIV KDEHNEERDV MLAKHVITLH VSALTQTQAV EGEIDLAKLK KFIAYCRVKC GPRLSAEAAE KLKNRYIIMR SGARQHERDS DRRSSIPITV RQLEAIVRIA EALSKMKLQP FATEADVEEA LRLFQVSTLD AALSGTLSGV EGFTSQEDQE MLSRIEKQLK RRFAIGSQVS EHSIIKDFTK QKYPEHAIHK VLQLMLRRGE IQHRMQRKVL YRLK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mML-GluL-Glutamic acid potassium salt
50.0 mMHEPESHEPES
1.0 mMEDTAEDTA
0.02 %NP-40NP-40
3.0 mMATPATP
2.0 mMNaFNaF
1.0 mMNa3VO4Na3VO4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 4748 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.04 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.0.1) / 使用した粒子像数: 349893
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.0.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.0.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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