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万見
- EMDB-33246: Cryo-EM structure of Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33246
タイトルCryo-EM structure of Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, with korormicin
マップデータNa -NQR with KA
試料
  • 複合体: Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, with korormicin
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 9種
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin binding / NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / Gram-negative-bacterium-type cell wall / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / FAD binding / respiratory electron transport chain / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding ...riboflavin binding / NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / Gram-negative-bacterium-type cell wall / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / FAD binding / respiratory electron transport chain / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A, C-terminal domain / : / : / NqrA N-terminal barrel-sandwich hybrid domain / NQRA C-terminal domain / NqrA second alpha/beta domain ...Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A, C-terminal domain / : / : / NqrA N-terminal barrel-sandwich hybrid domain / NQRA C-terminal domain / NqrA second alpha/beta domain / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / NqrDE/RnfAE / Ion-translocating oxidoreductase NqrB/RnfD / : / Rnf-Nqr subunit, membrane protein / NQR2, RnfD, RnfE family / FMN-binding / FMN-binding domain / FMN_bind / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kishikawa J / Ishikawa M / Masuya T / Murai M / Barquera B / Miyoshi H
資金援助 日本, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06514 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02130 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K14837 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H02273 日本
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI132580 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of Na-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae.
著者: Jun-Ichi Kishikawa / Moe Ishikawa / Takahiro Masuya / Masatoshi Murai / Yuki Kitazumi / Nicole L Butler / Takayuki Kato / Blanca Barquera / Hideto Miyoshi /
要旨: The Na-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase (Na-NQR) couples electron transfer from NADH to ubiquinone with Na-pumping, generating an electrochemical Na gradient that is essential for energy- ...The Na-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase (Na-NQR) couples electron transfer from NADH to ubiquinone with Na-pumping, generating an electrochemical Na gradient that is essential for energy-consuming reactions in bacteria. Since Na-NQR is exclusively found in prokaryotes, it is a promising target for highly selective antibiotics. However, the molecular mechanism of inhibition is not well-understood for lack of the atomic structural information about an inhibitor-bound state. Here we present cryo-electron microscopy structures of Na-NQR from Vibrio cholerae with or without a bound inhibitor at 2.5- to 3.1-Å resolution. The structures reveal the arrangement of all six redox cofactors including a herein identified 2Fe-2S cluster located between the NqrD and NqrE subunits. A large part of the hydrophilic NqrF is barely visible in the density map, suggesting a high degree of flexibility. This flexibility may be responsible to reducing the long distance between the 2Fe-2S centers in NqrF and NqrD/E. Two different types of specific inhibitors bind to the N-terminal region of NqrB, which is disordered in the absence of inhibitors. The present study provides a foundation for understanding the function of Na-NQR and the binding manner of specific inhibitors.
履歴
登録2022年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月20日-
マップ公開2022年7月20日-
更新2022年8月10日-
現状2022年8月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33246.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Na -NQR with KA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.75
最小 - 最大-2.5165827 - 3.8695333
平均 (標準偏差)0.0013728205 (±0.1149635)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, ...

全体名称: Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, with korormicin
要素
  • 複合体: Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, with korormicin
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E
    • タンパク質・ペプチド: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: RIBOFLAVIN
  • リガンド: Korormicin
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, ...

超分子名称: Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, with korormicin
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 組換プラスミド: pBAD
分子量実験値: 220 KDa

+
分子 #1: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A

分子名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 48.680734 KDa
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
配列文字列: MITIKKGLDL PIAGTPSQVI SDGKAIKKVA LLGEEYVGMR PTMHVRVGDE VKKAQILFED KKNPGVKFTS PVSGKVVEIN RGAKRVLQS VVIEVAGDDQ VTFDKFEANQ LASLNRDAIK TQLVESGLWT AFRTRPFSKV PAIDSTSEAI FVTAMDTNPL A AEPTVVIN ...文字列:
MITIKKGLDL PIAGTPSQVI SDGKAIKKVA LLGEEYVGMR PTMHVRVGDE VKKAQILFED KKNPGVKFTS PVSGKVVEIN RGAKRVLQS VVIEVAGDDQ VTFDKFEANQ LASLNRDAIK TQLVESGLWT AFRTRPFSKV PAIDSTSEAI FVTAMDTNPL A AEPTVVIN EQSEAFVAGL DVLSALTTGK VYVCKKGTSL PRSQQPNVEE HVFDGPHPAG LAGTHMHFLY PVSADHVAWS IN YQDVIAV GQLFLTGELY TQRVVSLAGP VVNKPRLVRT VMGASLEQLV DSEIMPGEVR IISGSVLSGT KATGPHAYLG RYH LQVSVL REGRDKELFG WAMPGKNKFS VTRSFLGHLF KGQVYNMTTT TNGSDRSMVP IGNYEKVMPL DMEPTLLLRD LCAG DSDSA VRLGALELDE EDLALCTFVC PGKYEYGQLL RECLDKIEKE G

+
分子 #2: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B

分子名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 45.390883 KDa
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
配列文字列: MGLKKFLEDI EHHFEPGGKH EKWFALYEAA ATLFYTPGLV TKRSSHVRDS VDLKRIMIMV WLAVFPAMFW GMYNAGGQAI AALNHLYSG DQLAAIVAGN WHYWLTEMLG GTMSSDAGWG SKMLLGATYF LPIYATVFIV GGFWEVLFCM VRKHEVNEGF F VTSILFAL ...文字列:
MGLKKFLEDI EHHFEPGGKH EKWFALYEAA ATLFYTPGLV TKRSSHVRDS VDLKRIMIMV WLAVFPAMFW GMYNAGGQAI AALNHLYSG DQLAAIVAGN WHYWLTEMLG GTMSSDAGWG SKMLLGATYF LPIYATVFIV GGFWEVLFCM VRKHEVNEGF F VTSILFAL IVPPTLPLWQ AALGITFGVV VAKEVFGGTG RNFLNPALAG RAFLFFAYPA QISGDLVWTA ADGYSGATAL SQ WAQGGAG ALINNATGQT ITWMDAFIGN IPGSIGEVST LALMIGAAFI VYMGIASWRI IGGVMIGMIL LSTLFNVIGS DTN AMFNMP WHWHLVLGGF AFGMFFMATD PVSASFTNSG KWAYGILIGV MCVLIRVVNP AYPEGMMLAI LFANLFAPLF DHVV VERNI KRRLARYGKQ

+
分子 #3: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C

分子名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 27.65227 KDa
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
配列文字列: MASNNDSIKK TLFVVIALSL VCSIIVSAAA VGLRDKQKEN AALDKQSKIL QVAGIEAKGS KQIVELFNKS IEPRLVDFNT GDFVEGDAA NYDQRKAAKE ASESIKLTAE QDKAKIQRRA NVGVVYLVKD GDKTSKVILP VHGNGLWSMM YAFVAVETDG N TVSGLTYY ...文字列:
MASNNDSIKK TLFVVIALSL VCSIIVSAAA VGLRDKQKEN AALDKQSKIL QVAGIEAKGS KQIVELFNKS IEPRLVDFNT GDFVEGDAA NYDQRKAAKE ASESIKLTAE QDKAKIQRRA NVGVVYLVKD GDKTSKVILP VHGNGLWSMM YAFVAVETDG N TVSGLTYY EQGETPGLGG EVENPAWRAQ WVGKKLFDEN HKPAIKIVKG GAPQGSEHGV DGLSGATLTS NGVQNTFDFW LG DMGFGPF LTKVRDGGLN

+
分子 #4: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D

分子名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 22.853217 KDa
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
配列文字列: MSSAKELKKS VLAPVLDNNP IALQVLGVCS ALAVTTKLET AFVMTLAVMF VTALSNFFVS LIRNHIPNSV RIIVQMAIIA SLVIVVDQI LKAYLYDISK QLSVFVGLII TNCIVMGRAE AFAMKSEPIP SFIDGIGNGL GYGFVLMTVG FFRELLGSGK L FGLEVLPL ...文字列:
MSSAKELKKS VLAPVLDNNP IALQVLGVCS ALAVTTKLET AFVMTLAVMF VTALSNFFVS LIRNHIPNSV RIIVQMAIIA SLVIVVDQI LKAYLYDISK QLSVFVGLII TNCIVMGRAE AFAMKSEPIP SFIDGIGNGL GYGFVLMTVG FFRELLGSGK L FGLEVLPL ISNGGWYQPN GLMLLAPSAF FLIGFMIWAI RTFKPEQVEA KE

+
分子 #5: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E

分子名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 21.481678 KDa
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
配列文字列: MEHYISLLVK SIFIENMALS FFLGMCTFLA VSKKVKTSFG LGIAVIVVLT ISVPVNNLVY NLVLKPDALV EGVDLSFLNF ITFIGVIAA LVQILEMILD RFFPPLYNAL GIFLPLITVN CAIFGGVSFM VQRDYSFAES VVYGFGSGVG WMLAIVALAG I REKMKYSD ...文字列:
MEHYISLLVK SIFIENMALS FFLGMCTFLA VSKKVKTSFG LGIAVIVVLT ISVPVNNLVY NLVLKPDALV EGVDLSFLNF ITFIGVIAA LVQILEMILD RFFPPLYNAL GIFLPLITVN CAIFGGVSFM VQRDYSFAES VVYGFGSGVG WMLAIVALAG I REKMKYSD VPPGLRGLGI TFITAGLMAL GFMSFSGVQL

+
分子 #6: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F

分子名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
分子量理論値: 45.942363 KDa
組換発現生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
配列文字列: MSTIIFGVVM FTLIILALVL VILFAKSKLV PTGDITISIN GDPEKAIVTQ PGGKLLTALA GAGVFVSSAC GGGGSCGQCR VKIKSGGGD ILPTELDHIS KGEAREGERL ACQVAVKADM DLELPEEIFG VKKWECTVIS NDNKATFIKE LKLAIPDGES V PFRAGGYI ...文字列:
MSTIIFGVVM FTLIILALVL VILFAKSKLV PTGDITISIN GDPEKAIVTQ PGGKLLTALA GAGVFVSSAC GGGGSCGQCR VKIKSGGGD ILPTELDHIS KGEAREGERL ACQVAVKADM DLELPEEIFG VKKWECTVIS NDNKATFIKE LKLAIPDGES V PFRAGGYI QIEAPAHHVK YADFDVPEKY RGDWDKFNLF RYESKVDEPI IRAYSMANYP EEFGIIMLNV RIATPPPNNP NV PPGQMSS YIWSLKAGDK CTISGPFGEF FAKDTDAEMV FIGGGAGMAP MRSHIFDQLK RLKSKRKMSY WYGARSKREM FYV EDFDGL AAENDNFVWH CALSDPQPED NWTGYTGFIH NVLYENYLKD HEAPEDCEYY MCGPPMMNAA VINMLKNLGV EEEN ILLDD FGGHHHHHH

+
分子 #7: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #8: RIBOFLAVIN

分子名称: RIBOFLAVIN / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: RBF
分子量理論値: 376.364 Da
Chemical component information

ChemComp-RBF:
RIBOFLAVIN / リボフラビン

+
分子 #9: Korormicin

分子名称: Korormicin / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: IQT
分子量理論値: 433.581 Da
Chemical component information

ChemComp-IQT:
Korormicin

+
分子 #10: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #11: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #12: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #13: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #14: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

+
分子 #15: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 35 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度11 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris-HCl
100.0 mMNaCl
1.0 mMEDTA
0.05 %DDM
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2814 / 平均露光時間: 6.5 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.038 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 721914
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 50444
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 15 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4p6v
PDB 未公開エントリ

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7xk7:
Cryo-EM structure of Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, with korormicin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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