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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The intermediate pre-Tet-S1 state of wild-type Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | Catalytic RNA / RNA | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y ...Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y / Jiang L / Dong H / Wei X / Bujnicki JM / Su Z | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reveals dynamics of Tetrahymena group I intron self-splicing 著者: Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y / Jiang L / Dong H / Wei X / Bujnicki JM / Su Z | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 35.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...
全体 | 名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon |
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要素 |
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-超分子 #1: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...
超分子 | 名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...
分子 | 名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 136.4815 KDa |
配列 | 文字列: CUCUCUAAAU AGCAAUAUUU ACCUUUGGAG GGAAAAGUUA UCAGGCAUGC ACCUGGUAGC UAGUCUUUAA ACCAAUAGAU UGCAUCGGU UUAAAAGGCA AGACCGUCAA AUUGCGGGAA AGGGGUCAAC AGCCGUUCAG UACCAAGUCU CAGGGGAAAC U UUGAGAUG ...文字列: CUCUCUAAAU AGCAAUAUUU ACCUUUGGAG GGAAAAGUUA UCAGGCAUGC ACCUGGUAGC UAGUCUUUAA ACCAAUAGAU UGCAUCGGU UUAAAAGGCA AGACCGUCAA AUUGCGGGAA AGGGGUCAAC AGCCGUUCAG UACCAAGUCU CAGGGGAAAC U UUGAGAUG GCCUUGCAAA GGGUAUGGUA AUAAGCUGAC GGACAUGGUC CUAACCACGC AGCCAAGUCC UAAGUCAACA GA UCUUCUG UUGAUAUGGA UGCAGUUCAC AGACUAAAUG UCGGUCGGGG AAGAUGUAUU CUUCUCAUAA GAUAUAGUCG GAC CUCUCC UUAAUGGGAG CUAGCGGAUG AAGUGAUGCA ACACUGGAGC CGCUGGGAAC UAAUUUGUAU GCGAAAGUAU AUUG AUUAG UUUUGGAGUA CUCGUAAG GENBANK: GENBANK: X54512.1 |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 28 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.36 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 79.3 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |