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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33134 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The relaxed pre-Tet-S1 state of wild-type Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Catalytic RNA / Tetrahymena group I intron / RNA | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y ...Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y / Jiang L / Dong H / Wei X / Bujnicki JM / Su Z | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, ポーランド, European Union, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM reveals dynamics of Tetrahymena group I intron self-splicing 著者: Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y / Jiang L / Dong H / Wei X / Bujnicki JM / Su Z | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33134.map.gz | 28.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33134-v30.xml emd-33134.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33134.png | 38.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33134.cif.gz | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33134 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33134 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33134_validation.pdf.gz | 400 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33134_full_validation.pdf.gz | 399.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33134_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33134_validation.cif.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33134 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33134 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...
全体 | 名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon |
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要素 |
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-超分子 #1: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...
超分子 | 名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
-分子 #1: The relaxed pre-Tet-S1 state molecule of co-transcriptional folde...
分子 | 名称: The relaxed pre-Tet-S1 state molecule of co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 137.462094 KDa |
配列 | 文字列: CUCUCUAAAU AGCAAUAUUU ACCUUUGGAG GGAAAAGUUA UCAGGCAUGC ACCUGGUAGC UAGUCUUUAA ACCAAUAGAU UGCAUCGGU UUAAAAGGCA AGACCGUCAA AUUGCGGGAA AGGGGUCAAC AGCCGUUCAG UACCAAGUCU CAGGGGAAAC U UUGAGAUG ...文字列: CUCUCUAAAU AGCAAUAUUU ACCUUUGGAG GGAAAAGUUA UCAGGCAUGC ACCUGGUAGC UAGUCUUUAA ACCAAUAGAU UGCAUCGGU UUAAAAGGCA AGACCGUCAA AUUGCGGGAA AGGGGUCAAC AGCCGUUCAG UACCAAGUCU CAGGGGAAAC U UUGAGAUG GCCUUGCAAA GGGUAUGGUA AUAAGCUGAC GGACAUGGUC CUAACCACGC AGCCAAGUCC UAAGUCAACA GA UCUUCUG UUGAUAUGGA UGCAGUUCAC AGACUAAAUG UCGGUCGGGG AAGAUGUAUU CUUCUCAUAA GAUAUAGUCG GAC CUCUCC UUAAUGGGAG CUAGCGGAUG AAGUGAUGCA ACACUGGAGC CGCUGGGAAC UAAUUUGUAU GCGAAAGUAU AUUG AUUAG UUUUGGAGUA CUCGUAAGGU A GENBANK: GENBANK: X54512.1 |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 28 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.36 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 79.3 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |