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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PvrA-DNA complex | |||||||||
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![]() | TetR / transcriptional regulator / DNA binding protein / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å | |||||||||
![]() | Zhu YB / Su ZM / Bao R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Pseudomonas aeruginosa regulator PvrA binds cooperatively to multiple pseudo-palindromic sites to efficiently stimulate target gene 著者: Zhu YB / Luo BN / Song YJ / Su ZM / Bao R | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 144.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 80.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 369.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 368.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xaqMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : PvrA-DNA
全体 | 名称: PvrA-DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: PvrA-DNA
超分子 | 名称: PvrA-DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 200 KDa |
-分子 #1: fadD1
分子 | 名称: fadD1 / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.225492 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC) (DC) (DG)(DA)(DA) |
-分子 #2: fadD1
分子 | 名称: fadD1 / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.252534 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC) (DG) (DG)(DT)(DC) |
-分子 #3: Probable transcriptional regulator
分子 | 名称: Probable transcriptional regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 |
分子量 | 理論値: 25.07177 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MQKEPRKVRE FRRREQEILD TALKLFLEQG EDSVTVEMIA DAVGIGKGTI YKHFKSKAEI YLRLMLDYER DLAALFHSED VARDKEALS RAYFEFRMRD PQRYRLFDRL EEKVVKTSQV PEMVEELHKI RASNFERLTQ LIKERIADGK LENVPPYFHY C AAWALVHG ...文字列: MQKEPRKVRE FRRREQEILD TALKLFLEQG EDSVTVEMIA DAVGIGKGTI YKHFKSKAEI YLRLMLDYER DLAALFHSED VARDKEALS RAYFEFRMRD PQRYRLFDRL EEKVVKTSQV PEMVEELHKI RASNFERLTQ LIKERIADGK LENVPPYFHY C AAWALVHG AVALYHSPFW REVLEDQEGF FHFLMDIGVR MGNKRKREGD APSA UniProtKB: Probable transcriptional regulator |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 58.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 165000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |