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- EMDB-33097: Cryo-EM structure of PvrA-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33097
タイトルCryo-EM structure of PvrA-DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: PvrA-DNA
    • DNA: fadD1
    • DNA: fadD1
    • タンパク質・ペプチド: Probable transcriptional regulator
キーワードTetR / transcriptional regulator / DNA binding protein / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain (WHG) / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Zhu YB / Su ZM / Bao R
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81871615 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The Pseudomonas aeruginosa regulator PvrA binds cooperatively to multiple pseudo-palindromic sites to efficiently stimulate target gene
著者: Zhu YB / Luo BN / Song YJ / Su ZM / Bao R
履歴
登録2022年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月26日-
マップ公開2023年4月26日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33097.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33097.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340. Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340. Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.547837 - 1.1801033
平均 (標準偏差)0.00027325604 (±0.020700783)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 340.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PvrA-DNA

全体名称: PvrA-DNA
要素
  • 複合体: PvrA-DNA
    • DNA: fadD1
    • DNA: fadD1
    • タンパク質・ペプチド: Probable transcriptional regulator

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超分子 #1: PvrA-DNA

超分子名称: PvrA-DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: fadD1

分子名称: fadD1 / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 13.225492 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC) (DC) (DG)(DA)(DA)

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分子 #2: fadD1

分子名称: fadD1 / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 13.252534 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC) (DG) (DG)(DT)(DC)

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分子 #3: Probable transcriptional regulator

分子名称: Probable transcriptional regulator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 25.07177 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MQKEPRKVRE FRRREQEILD TALKLFLEQG EDSVTVEMIA DAVGIGKGTI YKHFKSKAEI YLRLMLDYER DLAALFHSED VARDKEALS RAYFEFRMRD PQRYRLFDRL EEKVVKTSQV PEMVEELHKI RASNFERLTQ LIKERIADGK LENVPPYFHY C AAWALVHG ...文字列:
MQKEPRKVRE FRRREQEILD TALKLFLEQG EDSVTVEMIA DAVGIGKGTI YKHFKSKAEI YLRLMLDYER DLAALFHSED VARDKEALS RAYFEFRMRD PQRYRLFDRL EEKVVKTSQV PEMVEELHKI RASNFERLTQ LIKERIADGK LENVPPYFHY C AAWALVHG AVALYHSPFW REVLEDQEGF FHFLMDIGVR MGNKRKREGD APSA

UniProtKB: Probable transcriptional regulator

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 58.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 883805
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Generated by ab-initio reconstruction in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform reconstruction / 使用した粒子像数: 391711
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 148962 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5daj


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7xaq:
Cryo-EM structure of PvrA-DNA complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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