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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33073 | |||||||||
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タイトル | one tomogram of the neuron cortical cell | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Rattus (ネズミ) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Jiang W / Guo Q | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: A transformation clustering algorithm and its application in polyribosomes structural profiling. 著者: Wenhong Jiang / Jonathan Wagner / Wenjing Du / Juergen Plitzko / Wolfgang Baumeister / Florian Beck / Qiang Guo / 要旨: Improvements in cryo-electron tomography sample preparation, electron-microscopy instrumentations, and image processing algorithms have advanced the structural analysis of macromolecules in situ. ...Improvements in cryo-electron tomography sample preparation, electron-microscopy instrumentations, and image processing algorithms have advanced the structural analysis of macromolecules in situ. Beyond such analyses of individual macromolecules, the study of their interactions with functionally related neighbors in crowded cellular habitats, i.e. 'molecular sociology', is of fundamental importance in biology. Here we present a NEighboring Molecule TOpology Clustering (NEMO-TOC) algorithm. We optimized this algorithm for the detection and profiling of polyribosomes, which play both constitutive and regulatory roles in gene expression. Our results suggest a model where polysomes are formed by connecting multiple nonstochastic blocks, in which translation is likely synchronized. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33073.map.gz | 1.1 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33073-v30.xml emd-33073.xml | 7.8 KB 7.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33073.png | 200.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33073 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33073 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33073_validation.pdf.gz | 516.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33073_full_validation.pdf.gz | 515.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33073_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33073_validation.cif.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33073 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33073 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 13.68 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : one tomogram of neuron cortical cell
全体 | 名称: one tomogram of neuron cortical cell |
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要素 |
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-超分子 #1: one tomogram of neuron cortical cell
超分子 | 名称: one tomogram of neuron cortical cell / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus (ネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.5 nA / 集束イオンビーム - 時間: 1800 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 93 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150 nm 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Thermo FisherAquilos. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is ...集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Thermo FisherAquilos. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 61 |
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