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万見
- EMDB-33030: SFTSV 5 fold pentamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33030
タイトルSFTSV 5 fold pentamer
マップデータSFTSV 5 fold pentamer
試料
  • ウイルス: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelopment polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Envelopment polyprotein
キーワードSFTSV / virus / glycoproteins / assembly / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Sun Z / Lou Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U20A20135 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023
タイトル: Architecture of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus.
著者: Zixian Sun / Jing Cheng / Yuan Bai / Lin Cao / Daoxin Xie / Fei Deng / Xinzheng Zhang / Zihe Rao / Zhiyong Lou /
履歴
登録2022年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33030.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33030.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SFTSV 5 fold pentamer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.16 Å/pix.
x 192 pix.
= 414.72 Å		2.16 Å/pix.
x 192 pix.
= 414.72 Å		2.16 Å/pix.
x 192 pix.
= 414.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.03317381 - 0.05658876
平均 (標準偏差)0.0012933539 (±0.0052647428)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 414.72003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half1 map

ファイルemd_33030_half_map_1.map
注釈half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2 map

ファイルemd_33030_half_map_2.map
注釈half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus

全体名称: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelopment polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Envelopment polyprotein

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超分子 #1: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus

超分子名称: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1003835
生物種: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus
Sci species strain: SFTSV- HBMC5_human_2016 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Envelopment polyprotein

分子名称: Envelopment polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
分子量理論値: 61.745293 KDa
配列文字列: MMKVIWFSSL VCLVIQCSGD SGPIICAGPI HSNKSAGIPH LLGYSEKICQ IDRLIHVSSW LRNHSQFQGY VGQRGGRSQV SYYPAENSY SRWSGLLSPC DADWLGMLVV KKAKGSDMIV PGPSYKGKVL FERPTFDGYV GWGCGSGKSR TESGELCSSD S GTSSGLLP ...文字列:
MMKVIWFSSL VCLVIQCSGD SGPIICAGPI HSNKSAGIPH LLGYSEKICQ IDRLIHVSSW LRNHSQFQGY VGQRGGRSQV SYYPAENSY SRWSGLLSPC DADWLGMLVV KKAKGSDMIV PGPSYKGKVL FERPTFDGYV GWGCGSGKSR TESGELCSSD S GTSSGLLP SDRVLWIGDV ACQPMTPIPE ETFLELKSFS QSEFPDICKI DGIVFNQCEG ESLPQPFDVA WMDVGHSHKI IM REHKTKW VQESSSKDFV CYKEGTGPCS ESEEKACKTS GSCRGDMQFC KVAGCEHGEE ASEAKCRCSL VHKPGEVVVS YGG MRVRPK CYGFSRMMAT MEVNPPEQRI GQCTGCHLEC INGGVRLITL TSELKSATVC ASHFCSSATS GKKSTEIHFH SGSL VGKAA IHVKGALVDG TEFTFEGSCM FPDGCNAVDC TFCREFLKNP QCYPAKKWLF IIIVILLGYA GLMLLTNVLK AIGVW GSWV IAPVKLMFAI MKKLMRTVSC LVGKLMDRGR QVIHEEIGEN GEGNQDDVRI EMARPRRVRH WMYSPVILTI LAIGLA EG

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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分子 #2: Envelopment polyprotein

分子名称: Envelopment polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス)
分子量理論値: 54.927797 KDa
配列文字列: CDEMVHADSK LVSCRQGSGN MKECVTTGRA LLPAVNPGQE ACLHFTAPGS PDSKCLKIKV KRINLKCKKS SSYFVPDARS RCTSVRRCR WAGDCQSGCP PHFTSNSFSD DWAGKMDRAG LGFSGCSDGC GGAACGCFNA APSCIFWRKW VENPHGIIWK V SPCAAWVP ...文字列:
CDEMVHADSK LVSCRQGSGN MKECVTTGRA LLPAVNPGQE ACLHFTAPGS PDSKCLKIKV KRINLKCKKS SSYFVPDARS RCTSVRRCR WAGDCQSGCP PHFTSNSFSD DWAGKMDRAG LGFSGCSDGC GGAACGCFNA APSCIFWRKW VENPHGIIWK V SPCAAWVP SAVIELTMPS GEVRTFHPMS GIPTQVFKGV SVTYLGSDME VSGLTDLCEI EELKSKKLAL APCNQAGMGV VG KVGEIQC SSEESARTIK KDGCIWNADL VGIELRVDDA VCYSKITSVE AVANYSAIPT TIGGLRFERS HDSQGKISGS PLD ITAIRG SFSVNYRGLR LSLSEITATC TGEVTNVSGC YSCMTGAKVS IKLHSSKNST AHVRCKGDET AFSVLEGVHS YTVS LSFDH AVVDEQCQLN CGGHESQVTL KGNLIFLDVP KFVDGSYMQT YHSTVPTGAN IPSPTDWLNA LFGNGLSRWI LGVIG VLLG GLALFFLIMF LFKLGTKQVF RSRTKLA

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.38 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5y10


詳細: 5y10;5g47;4hjc;3n43
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 118467
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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画像解析 #2

Image processing ID2
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5y10


詳細: 5y10;5g47;4hjc;3n43
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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