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- EMDB-3293: Sub-tomogram averaging of Lassa virus glycoprotein spike from vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3293
タイトルSub-tomogram averaging of Lassa virus glycoprotein spike from virus-like particles at pH 5 in complex with purified LAMP1 fragment
マップデータSub-tomogram average of the glycoprotein spike trimer-receptor fragment complex
試料
  • 試料: Purified Lassa virus VLPs at pH 5 mixed with purified fragment of LAMP1
  • ウイルス: Lassa virus (ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: lysosome-associated membrane glycoprotein 1
キーワードlassa virus / membrane protein / glycoprotein / receptor binding / membrane fusion / lysosome-associated membrane protein 1 / LAMP1 / receptor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of organelle transport along microtubule / positive regulation of natural killer cell degranulation / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / phagolysosome membrane / cytolytic granule membrane / Golgi to lysosome transport / establishment of protein localization to organelle / lysosomal lumen acidification / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / azurophil granule membrane ...regulation of organelle transport along microtubule / positive regulation of natural killer cell degranulation / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / phagolysosome membrane / cytolytic granule membrane / Golgi to lysosome transport / establishment of protein localization to organelle / lysosomal lumen acidification / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / azurophil granule membrane / ion channel inhibitor activity / autolysosome / autophagosome membrane / ficolin-1-rich granule membrane / multivesicular body / sarcolemma / late endosome / melanosome / synaptic vesicle / late endosome membrane / virus receptor activity / lysosome / protein stabilization / endosome membrane / protein domain specific binding / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysosome-associated membrane glycoprotein, conserved site / : / Lysosome-associated membrane glycoprotein 2, transmembrane segment / Lysosome-associated membrane glycoproteins duplicated domain signature. / LAMP glycoproteins transmembrane and cytoplasmic domain signature. / Lysosome-associated membrane glycoprotein / : / Lysosome-associated membrane glycoprotein 2-like, luminal domains / Lysosome-associated membrane glycoprotein family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysosome-associated membrane glycoprotein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lassa virus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.8 Å
データ登録者Li S / Zhaoyang S / Pryce R / Parsy M-L / Fehling SK / Schlie K / Siebert CA / Garten W / Bowden TA / Strecker T / Huiskonen JT
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2016
タイトル: Acidic pH-Induced Conformations and LAMP1 Binding of the Lassa Virus Glycoprotein Spike.
著者: Sai Li / Zhaoyang Sun / Rhys Pryce / Marie-Laure Parsy / Sarah K Fehling / Katrin Schlie / C Alistair Siebert / Wolfgang Garten / Thomas A Bowden / Thomas Strecker / Juha T Huiskonen /
要旨: Lassa virus is an enveloped, bi-segmented RNA virus and the most prevalent and fatal of all Old World arenaviruses. Virus entry into the host cell is mediated by a tripartite surface spike complex, ...Lassa virus is an enveloped, bi-segmented RNA virus and the most prevalent and fatal of all Old World arenaviruses. Virus entry into the host cell is mediated by a tripartite surface spike complex, which is composed of two viral glycoprotein subunits, GP1 and GP2, and the stable signal peptide. Of these, GP1 binds to cellular receptors and GP2 catalyzes fusion between the viral envelope and the host cell membrane during endocytosis. The molecular structure of the spike and conformational rearrangements induced by low pH, prior to fusion, remain poorly understood. Here, we analyzed the three-dimensional ultrastructure of Lassa virus using electron cryotomography. Sub-tomogram averaging yielded a structure of the glycoprotein spike at 14-Å resolution. The spikes are trimeric, cover the virion envelope, and connect to the underlying matrix. Structural changes to the spike, following acidification, support a viral entry mechanism dependent on binding to the lysosome-resident receptor LAMP1 and further dissociation of the membrane-distal GP1 subunits.
履歴
登録2016年1月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月20日-
マップ公開2016年2月17日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3293.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3293.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram average of the glycoprotein spike trimer-receptor fragment complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.7 Å/pix.
x 128 pix.
= 345.6 Å		2.7 Å/pix.
x 128 pix.
= 345.6 Å		2.7 Å/pix.
x 128 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-3.91460943 - 3.80016589
平均 (標準偏差)-0.03996465 (±0.4378463)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.72.72.7
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z345.600345.600345.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-3.9153.800-0.040

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Purified Lassa virus VLPs at pH 5 mixed with purified fragment of...

全体名称: Purified Lassa virus VLPs at pH 5 mixed with purified fragment of LAMP1
要素
  • 試料: Purified Lassa virus VLPs at pH 5 mixed with purified fragment of LAMP1
  • ウイルス: Lassa virus (ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: lysosome-associated membrane glycoprotein 1

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超分子 #1000: Purified Lassa virus VLPs at pH 5 mixed with purified fragment of...

超分子名称: Purified Lassa virus VLPs at pH 5 mixed with purified fragment of LAMP1
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Unfixed virus-like particles / Number unique components: 2

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超分子 #1: Lassa virus

超分子名称: Lassa virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Lassa mammarenavirus / NCBI-ID: 11620 / 生物種: Lassa virus / Sci species strain: Josiah / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Lassa mammarenavirus
宿主生物種: Mastomys (ネズミ) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Canis lupus (オオカミ) / 組換細胞: Madin-Darby canine kidney

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分子 #1: lysosome-associated membrane glycoprotein 1

分子名称: lysosome-associated membrane glycoprotein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
Name.synonym: lysosomal-associated membrane protein 1, LAMP1
コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Lysosome
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T
配列UniProtKB: Lysosome-associated membrane glycoprotein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
詳細: 50 mM buffer of succinic acid, dihydrogen phosphate and glycine (2:7:7)
グリッド詳細: Grids (Cflat CF-2/1-2C-T) were glow-discharged for 15 s. 6-nm gold particles were added.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 120 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 160,000 times magnification.
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF QUANTUM LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細Super-resolution counting mode
日付2015年9月25日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 30 / 平均電子線量: 60 e/Å2
詳細: Each image is a tilt series of 19 movies, acquired at 5 degree intervals. Each movie consists of 8 frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 160000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -45 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 45 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Subtomograms were picked manually. No C3 symmetry was imposed in the initial stages of refinement.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 2764
CTF補正詳細: Each tilted image
最終 3次元分類クラス数: 1
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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