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- EMDB-32923: Human TRiC-tubulin-S3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32923
タイトルHuman TRiC-tubulin-S3
マップデータ
試料
  • 複合体: Human TRiC-tubulin-S3
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 4種
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


odontoblast differentiation / zona pellucida receptor complex / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / cytoskeleton-dependent intracellular transport / positive regulation of protein localization to Cajal body / scaRNA localization to Cajal body / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / tubulin complex assembly / chaperonin-containing T-complex / : ...odontoblast differentiation / zona pellucida receptor complex / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / cytoskeleton-dependent intracellular transport / positive regulation of protein localization to Cajal body / scaRNA localization to Cajal body / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / tubulin complex assembly / chaperonin-containing T-complex / : / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / binding of sperm to zona pellucida / Folding of actin by CCT/TriC / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / GTPase activating protein binding / RHOBTB1 GTPase cycle / WD40-repeat domain binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of synapse organization / nuclear envelope lumen / pericentriolar material / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / MHC class I protein binding / chaperone-mediated protein complex assembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / RHOBTB2 GTPase cycle / beta-tubulin binding / microtubule-based process / heterochromatin / intercellular bridge / spindle assembly / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / protein folding chaperone / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / acrosomal vesicle / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / mRNA 3'-UTR binding / cell projection / ATP-dependent protein folding chaperone / mRNA 5'-UTR binding / structural constituent of cytoskeleton / response to virus / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / mitotic spindle / azurophil granule lumen / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / unfolded protein binding / melanosome / protein folding / G-protein beta-subunit binding / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / cell body / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Potential therapeutics for SARS / microtubule / cytoskeleton / protein stabilization / cilium / cadherin binding / membrane raft / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / centrosome / GTP binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. ...T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin beta chain / T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit theta / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit beta / T-complex protein 1 subunit eta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cong Y / Liu CX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB29040300 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Pathway and mechanism of tubulin folding mediated by TRiC/CCT along its ATPase cycle revealed using cryo-EM.
著者: Caixuan Liu / Mingliang Jin / Shutian Wang / Wenyu Han / Qiaoyu Zhao / Yifan Wang / Cong Xu / Lei Diao / Yue Yin / Chao Peng / Lan Bao / Yanxing Wang / Yao Cong /
要旨: The eukaryotic chaperonin TRiC/CCT assists the folding of about 10% of cytosolic proteins through an ATP-driven conformational cycle, and the essential cytoskeleton protein tubulin is the obligate ...The eukaryotic chaperonin TRiC/CCT assists the folding of about 10% of cytosolic proteins through an ATP-driven conformational cycle, and the essential cytoskeleton protein tubulin is the obligate substrate of TRiC. Here, we present an ensemble of cryo-EM structures of endogenous human TRiC throughout its ATPase cycle, with three of them revealing endogenously engaged tubulin in different folding stages. The open-state TRiC-tubulin-S1 and -S2 maps show extra density corresponding to tubulin in the cis-ring chamber of TRiC. Our structural and XL-MS analyses suggest a gradual upward translocation and stabilization of tubulin within the TRiC chamber accompanying TRiC ring closure. In the closed TRiC-tubulin-S3 map, we capture a near-natively folded tubulin-with the tubulin engaging through its N and C domains mainly with the A and I domains of the CCT3/6/8 subunits through electrostatic and hydrophilic interactions. Moreover, we also show the potential role of TRiC C-terminal tails in substrate stabilization and folding. Our study delineates the pathway and molecular mechanism of TRiC-mediated folding of tubulin along the ATPase cycle of TRiC, and may also inform the design of therapeutic agents targeting TRiC-tubulin interactions.
履歴
登録2022年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32923.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32923.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.408 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.318 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.761
最小 - 最大-1.7891884 - 3.6033814
平均 (標準偏差)0.013754035 (±0.16487451)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.408 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : Human TRiC-tubulin-S3

全体名称: Human TRiC-tubulin-S3
要素
  • 複合体: Human TRiC-tubulin-S3
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Human TRiC-tubulin-S3

超分子名称: Human TRiC-tubulin-S3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: T-complex protein 1 subunit zeta

分子名称: T-complex protein 1 subunit zeta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.106086 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAVKTLNPK AEVARAQAAL AVNISAARGL QDVLRTNLGP KGTMKMLVSG AGDIKLTKDG NVLLHEMQIQ HPTASLIAKV ATAQDDITG DGTTSNVLII GELLKQADLY ISEGLHPRII TEGFEAAKEK ALQFLEEVKV SREMDRETLI DVARTSLRTK V HAELADVL ...文字列:
MAAVKTLNPK AEVARAQAAL AVNISAARGL QDVLRTNLGP KGTMKMLVSG AGDIKLTKDG NVLLHEMQIQ HPTASLIAKV ATAQDDITG DGTTSNVLII GELLKQADLY ISEGLHPRII TEGFEAAKEK ALQFLEEVKV SREMDRETLI DVARTSLRTK V HAELADVL TEAVVDSILA IKKQDEPIDL FMIEIMEMKH KSETDTSLIR GLVLDHGARH PDMKKRVEDA YILTCNVSLE YE KTEVNSG FFYKSAEERE KLVKAERKFI EDRVKKIIEL KRKVCGDSDK GFVVINQKGI DPFSLDALSK EGIVALRRAK RRN MERLTL ACGGVALNSF DDLSPDCLGH AGLVYEYTLG EEKFTFIEKC NNPRSVTLLI KGPNKHTLTQ IKDAVRDGLR AVKN AIDDG CVVPGAGAVE VAMAEALIKH KPSVKGRAQL GVQAFADALL IIPKVLAQNS GFDLQETLVK IQAEHSESGQ LVGVD LNTG EPMVAAEVGV WDNYCVKKQL LHSCTVIATN ILLVDEIMRA GMSSLKG

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit zeta

+
分子 #2: T-complex protein 1 subunit theta

分子名称: T-complex protein 1 subunit theta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.691422 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALHVPKAPG FAQMLKEGAK HFSGLEEAVY RNIQACKELA QTTRTAYGPN GMNKMVINHL EKLFVTNDAA TILRELEVQH PAAKMIVMA SHMQEQEVGD GTNFVLVFAG ALLELAEELL RIGLSVSEVI EGYEIACRKA HEILPNLVCC SAKNLRDIDE V SSLLRTSI ...文字列:
MALHVPKAPG FAQMLKEGAK HFSGLEEAVY RNIQACKELA QTTRTAYGPN GMNKMVINHL EKLFVTNDAA TILRELEVQH PAAKMIVMA SHMQEQEVGD GTNFVLVFAG ALLELAEELL RIGLSVSEVI EGYEIACRKA HEILPNLVCC SAKNLRDIDE V SSLLRTSI MSKQYGNEVF LAKLIAQACV SIFPDSGHFN VDNIRVCKIL GSGISSSSVL HGMVFKKETE GDVTSVKDAK IA VYSCPFD GMITETKGTV LIKTAEELMN FSKGEENLMD AQVKAIADTG ANVVVTGGKV ADMALHYANK YNIMLVRLNS KWD LRRLCK TVGATALPRL TPPVLEEMGH CDSVYLSEVG DTQVVVFKHE KEDGAISTIV LRGSTDNLMD DIERAVDDGV NTFK VLTRD KRLVPGGGAT EIELAKQITS YGETCPGLEQ YAIKKFAEAF EAIPRALAEN SGVKANEVIS KLYAVHQEGN KNVGL DIEA EVPAVKDMLE AGILDTYLGK YWAIKLATNA AVTVLRVDQI IMAKPAGGPK PPSGKKDWDD DQND

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit theta

+
分子 #3: T-complex protein 1 subunit eta

分子名称: T-complex protein 1 subunit eta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.417457 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMPTPVILLK EGTDSSQGIP QLVSNISACQ VIAEAVRTTL GPRGMDKLIV DGRGKATISN DGATILKLLD VVHPAAKTLV DIAKSQDAE VGDGTTSVTL LAAEFLKQVK PYVEEGLHPQ IIIRAFRTAT QLAVNKIKEI AVTVKKADKV EQRKLLEKCA M TALSSKLI ...文字列:
MMPTPVILLK EGTDSSQGIP QLVSNISACQ VIAEAVRTTL GPRGMDKLIV DGRGKATISN DGATILKLLD VVHPAAKTLV DIAKSQDAE VGDGTTSVTL LAAEFLKQVK PYVEEGLHPQ IIIRAFRTAT QLAVNKIKEI AVTVKKADKV EQRKLLEKCA M TALSSKLI SQQKAFFAKM VVDAVMMLDD LLQLKMIGIK KVQGGALEDS QLVAGVAFKK TFSYAGFEMQ PKKYHNPKIA LL NVELELK AEKDNAEIRV HTVEDYQAIV DAEWNILYDK LEKIHHSGAK VVSSKLPIGD VATQYFADRD MFCAGRVPEE DLK RTMMAC GGSIQTSVNA LSADVLGRCQ VFEETQIGGE RYNFFTGCPK AKTCTFILRG GAEQFMEETE RSLHDAIMIV RRAI KNDSV VAGGGAIEME LSKYLRDYSR TIPGKQQLLI GAYAKALEII PRQLCDNAGF DATNILNKLR ARHAQGGTWY GVDIN NEDI ADNFEAFVWE PAMVRINALT AASEAACLIV SVDETIKNPR STVDAPTAAG RGRGRGRPH

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit eta

+
分子 #4: T-complex protein 1 subunit gamma

分子名称: T-complex protein 1 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.613855 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMGHRPVLVL SQNTKRESGR KVQSGNINAA KTIADIIRTC LGPKSMMKML LDPMGGIVMT NDGNAILREI QVQHPAAKSM IEISRTQDE EVGDGTTSVI ILAGEMLSVA EHFLEQQMHP TVVISAYRKA LDDMISTLKK ISIPVDISDS DMMLNIINSS I TTKAISRW ...文字列:
MMGHRPVLVL SQNTKRESGR KVQSGNINAA KTIADIIRTC LGPKSMMKML LDPMGGIVMT NDGNAILREI QVQHPAAKSM IEISRTQDE EVGDGTTSVI ILAGEMLSVA EHFLEQQMHP TVVISAYRKA LDDMISTLKK ISIPVDISDS DMMLNIINSS I TTKAISRW SSLACNIALD AVKMVQFEEN GRKEIDIKKY ARVEKIPGGI IEDSCVLRGV MINKDVTHPR MRRYIKNPRI VL LDSSLEY KKGESQTDIE ITREEDFTRI LQMEEEYIQQ LCEDIIQLKP DVVITEKGIS DLAQHYLMRA NITAIRRVRK TDN NRIARA CGARIVSRPE ELREDDVGTG AGLLEIKKIG DEYFTFITDC KDPKACTILL RGASKEILSE VERNLQDAMQ VCRN VLLDP QLVPGGGASE MAVAHALTEK SKAMTGVEQW PYRAVAQALE VIPRTLIQNC GASTIRLLTS LRAKHTQENC ETWGV NGET GTLVDMKELG IWEPLAVKLQ TYKTAVETAV LLLRIDDIVS GHKKKGDDQS RQGGAPDAGQ E

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit gamma

+
分子 #5: T-complex protein 1 subunit epsilon

分子名称: T-complex protein 1 subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.547684 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SMGTLAFDEY GRPFLIIKDQ DRKSRLMGLE ALKSHIMAAK AVANTMRTSL GPNGLDKMMV DKDGDVTVTN DGATILSMMD VDHQIAKLM VELSKSQDDE IGDGTTGVVV LAGALLEEAE QLLDRGIHPI RIADGYEQAA RVAIEHLDKI SDSVLVDIKD T EPLIQTAK ...文字列:
SMGTLAFDEY GRPFLIIKDQ DRKSRLMGLE ALKSHIMAAK AVANTMRTSL GPNGLDKMMV DKDGDVTVTN DGATILSMMD VDHQIAKLM VELSKSQDDE IGDGTTGVVV LAGALLEEAE QLLDRGIHPI RIADGYEQAA RVAIEHLDKI SDSVLVDIKD T EPLIQTAK TTLGSKVVNS CHRQMAEIAV NAVLTVADME RRDVDFELIK VEGKVGGRLE DTKLIKGVIV DKDFSHPQMP KK VEDAKIA ILTCPFEPPK PKTKHKLDVT SVEDYKALQK YEKEKFEEMI QQIKETGANL AICQWGFDDE ANHLLLQNNL PAV RWVGGP EIELIAIATG GRIVPRFSEL TAEKLGFAGL VQEISFGTTK DKMLVIEQCK NSRAVTIFIR GGNKMIIEEA KRSL HDALC VIRNLIRDNR VVYGGGAAEI SCALAVSQEA DKCPTLEQYA MRAFADALEV IPMALSENSG MNPIQTMTEV RARQV KEMN PALGIDCLHK GTNDMKQQHV IETLIGKKQQ ISLATQMVRM ILKIDDIRKP GESEE

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit epsilon

+
分子 #6: T-complex protein 1 subunit delta

分子名称: T-complex protein 1 subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.996113 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPENVAPRSG ATAGAAGGRG KGAYQDRDKP AQIRFSNISA AKAVADAIRT SLGPKGMDKM IQDGKGDVTI TNDGATILKQ MQVLHPAAR MLVELSKAQD IEAGDGTTSV VIIAGSLLDS CTKLLQKGIH PTIISESFQK ALEKGIEILT DMSRPVELSD R ETLLNSAT ...文字列:
MPENVAPRSG ATAGAAGGRG KGAYQDRDKP AQIRFSNISA AKAVADAIRT SLGPKGMDKM IQDGKGDVTI TNDGATILKQ MQVLHPAAR MLVELSKAQD IEAGDGTTSV VIIAGSLLDS CTKLLQKGIH PTIISESFQK ALEKGIEILT DMSRPVELSD R ETLLNSAT TSLNSKVVSQ YSSLLSPMSV NAVMKVIDPA TATSVDLRDI KIVKKLGGTI DDCELVEGLV LTQKVSNSGI TR VEKAKIG LIQFCLSAPK TDMDNQIVVS DYAQMDRVLR EERAYILNLV KQIKKTGCNV LLIQKSILRD ALSDLALHFL NKM KIMVIK DIEREDIEFI CKTIGTKPVA HIDQFTADML GSAELAEEVN LNGSGKLLKI TGCASPGKTV TIVVRGSNKL VIEE AERSI HDALCVIRCL VKKRALIAGG GAPEIELALR LTEYSRTLSG MESYCVRAFA DAMEVIPSTL AENAGLNPIS TVTEL RNRH AQGEKTAGIN VRKGGISNIL EELVVQPLLV SVSALTLATE TVRSILKIDD VVNTR

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit delta

+
分子 #7: T-complex protein 1 subunit beta

分子名称: T-complex protein 1 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.567141 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASLSLAPVN IFKAGADEER AETARLTSFI GAIAIGDLVK STLGPKGMDK ILLSSGRDAS LMVTNDGATI LKNIGVDNPA AKVLVDMSR VQDDEVGDGT TSVTVLAAEL LREAESLIAK KIHPQTIIAG WREATKAARE ALLSSAVDHG SDEVKFRQDL M NIAGTTLS ...文字列:
MASLSLAPVN IFKAGADEER AETARLTSFI GAIAIGDLVK STLGPKGMDK ILLSSGRDAS LMVTNDGATI LKNIGVDNPA AKVLVDMSR VQDDEVGDGT TSVTVLAAEL LREAESLIAK KIHPQTIIAG WREATKAARE ALLSSAVDHG SDEVKFRQDL M NIAGTTLS SKLLTHHKDH FTKLAVEAVL RLKGSGNLEA IHIIKKLGGS LADSYLDEGF LLDKKIGVNQ PKRIENAKIL IA NTGMDTD KIKIFGSRVR VDSTAKVAEI EHAEKEKMKE KVERILKHGI NCFINRQLIY NYPEQLFGAA GVMAIEHADF AGV ERLALV TGGEIASTFD HPELVKLGSC KLIEEVMIGE DKLIHFSGVA LGEACTIVLR GATQQILDEA ERSLHDALCV LAQT VKDSR TVYGGGCSEM LMAHAVTQLA NRTPGKEAVA MESYAKALRM LPTIIADNAG YDSADLVAQL RAAHSEGNTT AGLDM REGT IGDMAILGIT ESFQVKRQVL LSAAEAAEVI LRVDNIIKAA PRKRVPDHHP C

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit beta

+
分子 #8: T-complex protein 1 subunit alpha

分子名称: T-complex protein 1 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.418477 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGPLSVFGD RSTGETIRSQ NVMAAASIAN IVKSSLGPVG LDKMLVDDIG DVTITNDGAT ILKLLEVEHP AAKVLCELAD LQDKEVGDG TTSVVIIAAE LLKNADELVK QKIHPTSVIS GYRLACKEAV RYINENLIVN TDELGRDCLI NAAKTSMSSK I IGINGDFF ...文字列:
MEGPLSVFGD RSTGETIRSQ NVMAAASIAN IVKSSLGPVG LDKMLVDDIG DVTITNDGAT ILKLLEVEHP AAKVLCELAD LQDKEVGDG TTSVVIIAAE LLKNADELVK QKIHPTSVIS GYRLACKEAV RYINENLIVN TDELGRDCLI NAAKTSMSSK I IGINGDFF ANMVVDAVLA IKYTDIRGQP RYPVNSVNIL KAHGRSQMES MLISGYALNC VVGSQGMPKR IVNAKIACLD FS LQKTKMK LGVQVVITDP EKLDQIRQRE SDITKERIQK ILATGANVIL TTGGIDDMCL KYFVEAGAMA VRRVLKRDLK RIA KASGAT ILSTLANLEG EETFEAAMLG QAEEVVQERI CDDELILIKN TKARTSASII LRGANDFMCD EMERSLHDAL CVVK RVLES KSVVPGGGAV EAALSIYLEN YATSMGSREQ LAIAEFARSL LVIPNTLAVN AAQDSTDLVA KLRAFHNEAQ VNPER KNLK WIGLDLSNGK PRDNKQAGVF EPTIVKVKSL KFATEAAITI LRIDDLIKLH PESKDDKHGS YEDAVHSGAL ND

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit alpha

+
分子 #9: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.717629 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLDRISVY YNEATGGKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLDRISVY YNEATGGKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQVFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMAVT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATAEEEED FGEEAEEEA

UniProtKB: Tubulin beta chain

+
分子 #10: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 16 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 16 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: ALUMINUM FLUORIDE

分子名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 16 / 式: AF3
分子量理論値: 83.977 Da
Chemical component information

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE

+
分子 #13: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 16 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium Chloride
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 103406
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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