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万見
- EMDB-32822: An apo TRiC map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32822
タイトルAn apo TRiC map
マップデータA sharpened map of apo TRiC
試料
  • 複合体: Apo TRiC/CCT
    • Other: CCT subunit 1
    • Other: CCT subunit 2
    • Other: CCT subunit 3
    • Other: CCT subunit 4
    • Other: CCT subunit 5
    • Other: CCT subunit 6
    • Other: CCT subunit 7
    • Other: CCT subunit 8
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Park JS / Roh SH
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Structural visualization of the tubulin folding pathway directed by human chaperonin TRiC/CCT.
著者: Daniel Gestaut / Yanyan Zhao / Junsun Park / Boxue Ma / Alexander Leitner / Miranda Collier / Grigore Pintilie / Soung-Hun Roh / Wah Chiu / Judith Frydman /
要旨: The ATP-dependent ring-shaped chaperonin TRiC/CCT is essential for cellular proteostasis. To uncover why some eukaryotic proteins can only fold with TRiC assistance, we reconstituted the folding of ...The ATP-dependent ring-shaped chaperonin TRiC/CCT is essential for cellular proteostasis. To uncover why some eukaryotic proteins can only fold with TRiC assistance, we reconstituted the folding of β-tubulin using human prefoldin and TRiC. We find unstructured β-tubulin is delivered by prefoldin to the open TRiC chamber followed by ATP-dependent chamber closure. Cryo-EM resolves four near-atomic-resolution structures containing progressively folded β-tubulin intermediates within the closed TRiC chamber, culminating in native tubulin. This substrate folding pathway appears closely guided by site-specific interactions with conserved regions in the TRiC chamber. Initial electrostatic interactions between the TRiC interior wall and both the folded tubulin N domain and its C-terminal E-hook tail establish the native substrate topology, thus enabling C-domain folding. Intrinsically disordered CCT C termini within the chamber promote subsequent folding of tubulin's core and middle domains and GTP-binding. Thus, TRiC's chamber provides chemical and topological directives that shape the folding landscape of its obligate substrates.
履歴
登録2022年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年1月11日-
現状2023年1月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32822.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32822.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A sharpened map of apo TRiC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320. Å		1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320. Å		1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.67
最小 - 最大-5.5629873 - 9.041815
平均 (標準偏差)0.008324801 (±0.24187607)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 320.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: A half map of apo TRiC

ファイルemd_32822_half_map_1.map
注釈A half map of apo TRiC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: A half map of apo TRiC

ファイルemd_32822_half_map_2.map
注釈A half map of apo TRiC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Apo TRiC/CCT

全体名称: Apo TRiC/CCT
要素
  • 複合体: Apo TRiC/CCT
    • Other: CCT subunit 1
    • Other: CCT subunit 2
    • Other: CCT subunit 3
    • Other: CCT subunit 4
    • Other: CCT subunit 5
    • Other: CCT subunit 6
    • Other: CCT subunit 7
    • Other: CCT subunit 8

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超分子 #1: Apo TRiC/CCT

超分子名称: Apo TRiC/CCT / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1 MDa

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分子 #1: CCT subunit 1

分子名称: CCT subunit 1 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGPLSVFGD RSTGETIRSQ NVMAAASIAN IVKSSLGPVG LDKMLVDDIG DVTITNDGAT ILKLLEVEH PAAKVLCELA DLQDKEVGDG TTSVVIIAAE LLKNADELVK QKIHPTSVIS G YRLACKEA VRYINENLIV NTDELGRDCL INAAKTSMSS KIIGINGDFF ...文字列:
MEGPLSVFGD RSTGETIRSQ NVMAAASIAN IVKSSLGPVG LDKMLVDDIG DVTITNDGAT ILKLLEVEH PAAKVLCELA DLQDKEVGDG TTSVVIIAAE LLKNADELVK QKIHPTSVIS G YRLACKEA VRYINENLIV NTDELGRDCL INAAKTSMSS KIIGINGDFF ANMVVDAVLA IK YTDIRGQ PRYPVNSVNI LKAHGRSQME SMLISGYALN CVVGSQGMPK RIVNAKIACL DFS LQKTKM KLGVQVVITD PEKLDQIRQR ESDITKERIQ KILATGANVI LTTGGIDDMC LKYF VEAGA MAVRRVLKRD LKRIAKASGA TILSTLANLE GEETFEAAML GQAEEVVQER ICDDE LILI KNTKARTSAS IILRGANDFM CDEMERSLHD ALCVVKRVLE SKSVVPGGGA VEAALS IYL ENYATSMGSR EQLAIAEFAR SLLVIPNTLA VNAAQDSTDL VAKLRAFHNE AQVNPER KN LKWIGLDLSN GKPRDNKQAG VFEPTIVKVK SLKFATEAAI TILRIDDLIK LHPESKDD K HGSYEDAVHS GALND
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
分子 #2: CCT subunit 2

分子名称: CCT subunit 2 / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASLSLAPVN IFKAGADEER AETARLTSFI GAIAIGDLVK STLGPKGMDK ILLSSGRDAS LMVTNDGAT ILKNIGVDNP AAKVLVDMSR VQDDEVGDGT TSVTVLAAEL LREAESLIAK K IHPQTIIA GWREATKAAR EALLSSAVDH GSDEVKFRQD LMNIAGTTLS ...文字列:
MASLSLAPVN IFKAGADEER AETARLTSFI GAIAIGDLVK STLGPKGMDK ILLSSGRDAS LMVTNDGAT ILKNIGVDNP AAKVLVDMSR VQDDEVGDGT TSVTVLAAEL LREAESLIAK K IHPQTIIA GWREATKAAR EALLSSAVDH GSDEVKFRQD LMNIAGTTLS SKLLTHHKDH FT KLAVEAV LRLKGSGNLE AIHIIKKLGG SLADSYLDEG FLLDKKIGVN QPKRIENAKI LIA NTGMDT DKIKIFGSRV RVDSTAKVAE IEHAEKEKMK EKVERILKHG INCFINRQLI YNYP EQLFG AAGVMAIEHA DFAGVERLAL VTGGEIASTF DHPELVKLGS CKLIEEVMIG EDKLI HFSG VALGEACTIV LRGATQQILD EAERSLHDAL CVLAQTVKDS RTVYGGGCSE MLMAHA VTQ LANRTPGKEA VAMESYAKAL RMLPTIIADN AGYDSADLVA QLRAAHSEGN TTAGLDM RE GTIGDMAILG ITESFQVKRQ VLLSAAEAAE VILRVDNIIK AAPRKRVPDH HPC
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #3: CCT subunit 3

分子名称: CCT subunit 3 / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMGHRPVLVL SQNTKRESGR KVQSGNINAA KTIADIIRTC LGPKSMMKML LDPMGGIVMT NDGNAILRE IQVQHPAAKS MIEISRTQDE EVGDGTTSVI ILAGEMLSVA EHFLEQQMHP T VVISAYRK ALDDMISTLK KISIPVDISD SDMMLNIINS SITTKAISRW ...文字列:
MMGHRPVLVL SQNTKRESGR KVQSGNINAA KTIADIIRTC LGPKSMMKML LDPMGGIVMT NDGNAILRE IQVQHPAAKS MIEISRTQDE EVGDGTTSVI ILAGEMLSVA EHFLEQQMHP T VVISAYRK ALDDMISTLK KISIPVDISD SDMMLNIINS SITTKAISRW SSLACNIALD AV KMVQFEE NGRKEIDIKK YARVEKIPGG IIEDSCVLRG VMINKDVTHP RMRRYIKNPR IVL LDSSLE YKKGESQTDI EITREEDFTR ILQMEEEYIQ QLCEDIIQLK PDVVITEKGI SDLA QHYLM RANITAIRRV RKTDNNRIAR ACGARIVSRP EELREDDVGT GAGLLEIKKI GDEYF TFIT DCKDPKACTI LLRGASKEIL SEVERNLQDA MQVCRNVLLD PQLVPGGGAS EMAVAH ALT EKSKAMTGVE QWPYRAVAQA LEVIPRTLIQ NCGASTIRLL TSLRAKHTQE NCETWGV NG ETGTLVDMKE LGIWEPLAVK LQTYKTAVET AVLLLRIDDI VSGHKKKGDD QSRQGGAP D AGQE
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #4: CCT subunit 4

分子名称: CCT subunit 4 / タイプ: other / ID: 4 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPENVAPRSG ATAGAAGGRG KGAYQDRDKP AQIRFSNISA AKAVADAIRT SLGPKGMDKM IQDGKGDVT ITNDGATILK QMQVLHPAAR MLVELSKAQD IEAGDGTTSV VIIAGSLLDS C TKLLQKGI HPTIISESFQ KALEKGIEIL TDMSRPVELS DRETLLNSAT ...文字列:
MPENVAPRSG ATAGAAGGRG KGAYQDRDKP AQIRFSNISA AKAVADAIRT SLGPKGMDKM IQDGKGDVT ITNDGATILK QMQVLHPAAR MLVELSKAQD IEAGDGTTSV VIIAGSLLDS C TKLLQKGI HPTIISESFQ KALEKGIEIL TDMSRPVELS DRETLLNSAT TSLNSKVVSQ YS SLLSPMS VNAVMKVIDP ATATSVDLRD IKIVKKLGGT IDDCELVEGL VLTQKVSNSG ITR VEKAKI GLIQFCLSAP KTDMDNQIVV SDYAQMDRVL REERAYILNL VKQIKKTGCN VLLI QKSIL RDALSDLALH FLNKMKIMVI KDIEREDIEF ICKTIGTKPV AHIDQFTADM LGSAE LAEE VNLNGSGKLL KITGCASPGK TVTIVVRGSN KLVIEEAERS IHDALCVIRC LVKKRA LIA GGGAPEIELA LRLTEYSRTL SGMESYCVRA FADAMEVIPS TLAENAGLNP ISTVTEL RN RHAQGEKTAG INVRKGGISN ILEELVVQPL LVSVSALTLA TETVRSILKI DDVVNTR
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #5: CCT subunit 5

分子名称: CCT subunit 5 / タイプ: other / ID: 5 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASMGTLAFD EYGRPFLIIK DQDRKSRLMG LEALKSHIMA AKAVANTMRT SLGPNGLDKM MVDKDGDVT VTNDGATILS MMDVDHQIAK LMVELSKSQD DEIGDGTTGV VVLAGALLEE A EQLLDRGI HPIRIADGYE QAARVAIEHL DKISDSVLVD IKDTEPLIQT ...文字列:
MASMGTLAFD EYGRPFLIIK DQDRKSRLMG LEALKSHIMA AKAVANTMRT SLGPNGLDKM MVDKDGDVT VTNDGATILS MMDVDHQIAK LMVELSKSQD DEIGDGTTGV VVLAGALLEE A EQLLDRGI HPIRIADGYE QAARVAIEHL DKISDSVLVD IKDTEPLIQT AKTTLGSKVV NS CHRQMAE IAVNAVLTVA DMERRDVDFE LIKVEGKVGG RLEDTKLIKG VIVDKDFSHP QMP KKVEDA KIAILTCPFE PPKPKTKHKL DVTSVEDYKA LQKYEKEKFE EMIQQIKETG ANLA ICQWG FDDEANHLLL QNNLPAVRWV GGPEIELIAI ATGGRIVPRF SELTAEKLGF AGLVQ EISF GTTKDKMLVI EQCKNSRAVT IFIRGGNKMI IEEAKRSLHD ALCVIRNLIR DNRVVY GGG AAEISCALAV SQEADKCPTL EQYAMRAFAD ALEVIPMALS ENSGMNPIQT MTEVRAR QV KEMNPALGID CLHKGTNDMK QQHVIETLIG KKQQISLATQ MVRMILKIDD IRKPGESEE
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #6: CCT subunit 6

分子名称: CCT subunit 6 / タイプ: other / ID: 6 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAVKTLNPK AEVARAQAAL AVNISAARGL QDVLRTNLGP KGTMKMLVSG AGDIKLTKDG NVLLHEMQI QHPTASLIAK VATAQDDITG DGTTSNVLII GELLKQADLY ISEGLHPRII T EGFEAAKE KALQFLEEVK VSREMDRETL IDVARTSLRT KVHAELADVL ...文字列:
MAAVKTLNPK AEVARAQAAL AVNISAARGL QDVLRTNLGP KGTMKMLVSG AGDIKLTKDG NVLLHEMQI QHPTASLIAK VATAQDDITG DGTTSNVLII GELLKQADLY ISEGLHPRII T EGFEAAKE KALQFLEEVK VSREMDRETL IDVARTSLRT KVHAELADVL TEAVVDSILA IK KQDEPID LFMIEIMEMK HKSETDTSLI RGLVLDHGAR HPDMKKRVED AYILTCNVSL EYE KTEVNS GFFYKSAEER EKLVKAERKF IEDRVKKIIE LKRKVCGDSD KGFVVINQKG IDPF SLDAL SKEGIVALRR AKRRNMERLT LACGGVALNS FDDLSPDCLG HAGLVYEYTL GEEKF TFIE KCNNPRSVTL LIKGPNKHTL TQIKDAVRDG LRAVKNAIDD GCVVPGAGAV EVAMAE ALI KHKPSVKGRA QLGVQAFADA LLIIPKVLAQ NSGFDLQETL VKIQAEHSES GQLVGVD LN TGEPMVAAEV GVWDNYCVKK QLLHSCTVIA TNILLVDEIM RAGMSFLKG
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #7: CCT subunit 7

分子名称: CCT subunit 7 / タイプ: other / ID: 7 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMPTPVILLK EGTDSSQGIP QLVSNISACQ VIAEAVRTTL GPRGMDKLIV DGRGKATISN DGATILKLL DVVHPAAKTL VDIAKSQDAE VGDGTTSVTL LAAEFLKQVK PYVEEGLHPQ I IIRAFRTA TQLAVNKIKE IAVTVKKADK VEQRKLLEKC AMTALSSKLI ...文字列:
MMPTPVILLK EGTDSSQGIP QLVSNISACQ VIAEAVRTTL GPRGMDKLIV DGRGKATISN DGATILKLL DVVHPAAKTL VDIAKSQDAE VGDGTTSVTL LAAEFLKQVK PYVEEGLHPQ I IIRAFRTA TQLAVNKIKE IAVTVKKADK VEQRKLLEKC AMTALSSKLI SQQKAFFAKM VV DAVMMLD DLLQLKMIGI KKVQGGALED SQLVAGVAFK KTFSYAGFEM QPKKYHNPKI ALL NVELEL KAEKDNAEIR VHTVEDYQAI VDAEWNILYD KLEKIHHSGA KVVLSKLPIG DVAT QYFAD RDMFCAGRVP EEDLKRTMMA CGGSIQTSVN ALSADVLGRC QVFEETQIGG ERYNF FTGC PKAKTCTFIL RGGAEQFMEE TERSLHDAIM IVRRAIKNDS VVAGGGAIEM ELSKYL RDY SRTIPGKQQL LIGAYAKALE IIPRQLCDNA GFDATNILNK LRARHAQGGS HHHHHHG SG TWYGVDINNE DIADNFEAFV WEPAMVRINA LTAASEAACL IVSVDETIKN PRSTVDAP T AAGRGRGRGR PH
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #8: CCT subunit 8

分子名称: CCT subunit 8 / タイプ: other / ID: 8 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALHVPKAPG FAQMLKEGAK HFSGLEEAVY RNIQACKELA QTTRTAYGPN GMNKMVINHL EKLFVTNDA ATILRELEVQ HPAAKMIVMA SHMQEQEVGD GTNFVLVFAG ALLELAEELL R IGLSVSEV IEGYEIACRK AHEILPNLVC CSAKNLRDID EVSSLLRTSI ...文字列:
MALHVPKAPG FAQMLKEGAK HFSGLEEAVY RNIQACKELA QTTRTAYGPN GMNKMVINHL EKLFVTNDA ATILRELEVQ HPAAKMIVMA SHMQEQEVGD GTNFVLVFAG ALLELAEELL R IGLSVSEV IEGYEIACRK AHEILPNLVC CSAKNLRDID EVSSLLRTSI MSKQYGNEVF LA KLIAQAC VSIFPDSGHF NVDNIRVCKI LGSGISSSSV LHGMVFKKET EGDVTSVKDA KIA VYSCPF DGMITETKGT VLIKTAEELM NFSKGEENLM DAQVKAIADT GANVVVTGGK VADM ALHYA NKYNIMLVRL NSKWDLRRLC KTVGATALPR LTPPVLEEMG HCDSVYLSEV GDTQV VVFK HEKEDGAIST IVLRGSTDNL MDDIERAVDD GVNTFKVLTR DKRLVPGGGA TEIELA KQI TSYGETCPGL EQYAIKKFAE AFEAIPRALA ENSGVKANEV ISKLYAVHQE GNKNVGL DI EAEVPAVKDM LEAGILDTYL GKYWAIKLAT NAAVTVLRVD QIIMAKPAGG PKPPSGKK D WDDDQN
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMC4H10O2S2DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 6084 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 945248
詳細: The initial particle selection after 2D class classification
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 662744
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 300000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 詳細: The final 3D classification
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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