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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32737 | |||||||||
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タイトル | Local structure of BD55-3546 Fab and SARS-COV2 Delta RBD complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / SARS coronavirus B012 (SARSコロナウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang ZZ / Xiao JJ | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Rational identification of potent and broad sarbecovirus-neutralizing antibody cocktails from SARS convalescents. 著者: Yunlong Cao / Fanchong Jian / Zhiying Zhang / Ayijiang Yisimayi / Xiaohua Hao / Linlin Bao / Fei Yuan / Yuanling Yu / Shuo Du / Jing Wang / Tianhe Xiao / Weiliang Song / Ying Zhang / Pulan ...著者: Yunlong Cao / Fanchong Jian / Zhiying Zhang / Ayijiang Yisimayi / Xiaohua Hao / Linlin Bao / Fei Yuan / Yuanling Yu / Shuo Du / Jing Wang / Tianhe Xiao / Weiliang Song / Ying Zhang / Pulan Liu / Ran An / Peng Wang / Yao Wang / Sijie Yang / Xiao Niu / Yuhang Zhang / Qingqing Gu / Fei Shao / Yaling Hu / Weidong Yin / Aihua Zheng / Youchun Wang / Chuan Qin / Ronghua Jin / Junyu Xiao / Xiaoliang Sunney Xie / 要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron sublineages have escaped most receptor-binding domain (RBD)-targeting therapeutic neutralizing antibodies (NAbs), which proves ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron sublineages have escaped most receptor-binding domain (RBD)-targeting therapeutic neutralizing antibodies (NAbs), which proves that previous NAb drug screening strategies are deficient against the fast-evolving SARS-CoV-2. Better broad NAb drug candidate selection methods are needed. Here, we describe a rational approach for identifying RBD-targeting broad SARS-CoV-2 NAb cocktails. Based on high-throughput epitope determination, we propose that broad NAb drugs should target non-immunodominant RBD epitopes to avoid herd-immunity-directed escape mutations. Also, their interacting antigen residues should focus on sarbecovirus conserved sites and associate with critical viral functions, making the antibody-escaping mutations less likely to appear. Following these criteria, a featured non-competing antibody cocktail, SA55+SA58, is identified from a large collection of broad sarbecovirus NAbs isolated from SARS-CoV-2-vaccinated SARS convalescents. SA55+SA58 potently neutralizes ACE2-utilizing sarbecoviruses, including circulating Omicron variants, and could serve as broad SARS-CoV-2 prophylactics to offer long-term protection, especially for individuals who are immunocompromised or with high-risk comorbidities. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32737.map.gz | 168 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32737-v30.xml emd-32737.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32737.png | 29.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32737 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32737 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32737_validation.pdf.gz | 490.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32737_full_validation.pdf.gz | 490.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32737_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32737_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32737 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32737 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32737.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Local structure of BD55-3546 Fab and SARS-COV2 Delta RBD complex
全体 | 名称: Local structure of BD55-3546 Fab and SARS-COV2 Delta RBD complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Local structure of BD55-3546 Fab and SARS-COV2 Delta RBD complex
超分子 | 名称: Local structure of BD55-3546 Fab and SARS-COV2 Delta RBD complex タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: SARS coronavirus B012 (SARSコロナウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.747389 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYR YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSKPCNG VEGFNCYFPL Q SYGFQPTN ...文字列: NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYR YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSKPCNG VEGFNCYFPL Q SYGFQPTN GVGYQPYRVV VLSFELLHAP ATVCG |
-分子 #2: BD55-3546L
分子 | 名称: BD55-3546L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: SARS coronavirus B012 (SARSコロナウイルス) |
分子量 | 理論値: 11.391639 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DVVLTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASHNVG TSLAWYQQKP GQAPRLLIHG VSTRATGVPA RFSDSGSGTE FTLTISSLQS EDLAVYYCQ QYNYWPLTFG GGTKVEI |
-分子 #3: BD55-3546H
分子 | 名称: BD55-3546H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: SARS coronavirus B012 (SARSコロナウイルス) |
分子量 | 理論値: 13.191855 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGSA LKRPGASVKL SCKASGYTFI NYAIHWVRQA PGQGLQWMGW INPNTGIPTY AQGFTGRFVF SLDTSVSTAY LQLSSLKIE DTAVYYCARD QDLYERAFDI WGQGTMVTVS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.07 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 303444 |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |