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- EMDB-3265: Single particle analysis of ATP-sensitive potassium channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3265
タイトルSingle particle analysis of ATP-sensitive potassium channel
マップデータHeterooctamer complex of hamster SUR1 and mouse Kir6.2
試料
  • 試料: ATP-sensitive potassium channel complex consisting of hamster SUR1 and mouse Kir6.2
  • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family C member 8
  • タンパク質・ペプチド: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
キーワードpotassium channel / ABC transporter / ATP-sensitive potassium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP sensitive Potassium channels / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / inward rectifying potassium channel / Regulation of insulin secretion / sulfonylurea receptor activity / ventricular cardiac muscle tissue development / cell body fiber / ABC-family proteins mediated transport / CAMKK-AMPK signaling cascade ...ATP sensitive Potassium channels / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / inward rectifying potassium channel / Regulation of insulin secretion / sulfonylurea receptor activity / ventricular cardiac muscle tissue development / cell body fiber / ABC-family proteins mediated transport / CAMKK-AMPK signaling cascade / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / inward rectifier potassium channel activity / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / Ion homeostasis / nervous system process / ankyrin binding / response to ATP / response to stress / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / response to testosterone / action potential / axolemma / intercalated disc / potassium channel activity / ABC-type transporter activity / cellular response to nutrient levels / negative regulation of insulin secretion / heat shock protein binding / T-tubule / acrosomal vesicle / response to ischemia / determination of adult lifespan / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / cellular response to nicotine / glucose metabolic process / nuclear envelope / cellular response to tumor necrosis factor / response to estradiol / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / endosome / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / apoptotic process / glutamatergic synapse / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / : ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Immunoglobulin E-set / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family C member 8 / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetus cricetus (クロハラハムスクー) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Kimura Y / Kanno R / Matsuo M / Kato H / Mitsuoka K / Kazumitsu U
引用ジャーナル: The Journal of Biological Chemistry
タイトル: Nucleotide-dependent conformational change of the ATP-sensitive potassium channel
著者: Kimura Y / Kanno R / Matsuo M / Kato H / Mitsuoka K / Kazumitsu U
履歴
登録2015年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月27日-
マップ公開2017年5月31日-
更新2017年5月31日-
現状2017年5月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3265.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3265.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Heterooctamer complex of hamster SUR1 and mouse Kir6.2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.6 Å/pix.
x 100 pix.
= 360. Å		3.6 Å/pix.
x 100 pix.
= 360. Å		3.6 Å/pix.
x 100 pix.
= 360. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23 / ムービー #1: 0.23
最小 - 最大-0.31650114 - 0.79723728
平均 (標準偏差)0.01637996 (±0.08898084)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-49-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 360.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.63.63.6
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.000360.000360.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-49-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.3170.7970.016

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ATP-sensitive potassium channel complex consisting of hamster SUR...

全体名称: ATP-sensitive potassium channel complex consisting of hamster SUR1 and mouse Kir6.2
要素
  • 試料: ATP-sensitive potassium channel complex consisting of hamster SUR1 and mouse Kir6.2
  • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family C member 8
  • タンパク質・ペプチド: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11

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超分子 #1000: ATP-sensitive potassium channel complex consisting of hamster SUR...

超分子名称: ATP-sensitive potassium channel complex consisting of hamster SUR1 and mouse Kir6.2
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Four SUR1 and four Kir6.2 forms heterooctamer / Number unique components: 2
分子量理論値: 880 KDa

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分子 #1: ATP-binding cassette sub-family C member 8

分子名称: ATP-binding cassette sub-family C member 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ABCC8, SUR1 / コピー数: 4 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Cricetus cricetus (クロハラハムスクー) / 別称: Black-bellied hamster
分子量理論値: 180 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: human / 組換細胞: FreeStyle 293F / 組換プラスミド: pCDNA3.1
配列UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family C member 8

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分子 #2: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11

分子名称: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: KCNJ11, Kir6.2 / コピー数: 4 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse
分子量理論値: 44 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: human / 組換細胞: FreeStyle 293F / 組換プラスミド: pCDNA3.1
配列UniProtKB: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: 50 mM HEPES-Na, 50 mM NaCl, 50 mM KCl, 5% glycerol, 1 mM 2-mercaptoethanol, 0.05% C12E8
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Purified protein was stained with 2% uranyl acetate for 10 seconds on a carbon-coated copper grid
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with thin carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1010
日付2009年6月9日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 実像数: 34 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率（補正後）: 38400 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 使用した粒子像数: 12117
最終 2次元分類クラス数: 82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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