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- EMDB-32587: CryoEM structure of human low-voltage activated T-type calcium ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32587
タイトルCryoEM structure of human low-voltage activated T-type calcium channel Cav3.3 in complex with pimozide(PMZ)
マップデータ
試料
  • 複合体: CaV3.3
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1I
  • リガンド: 3-[1-[4,4-bis(4-fluorophenyl)butyl]piperidin-4-yl]-1~{H}-benzimidazol-2-one
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


high voltage-gated calcium channel activity / sleep / NCAM1 interactions / voltage-gated calcium channel complex / calcium ion import across plasma membrane / neuronal action potential / Smooth Muscle Contraction / voltage-gated calcium channel activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, T-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1I
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者He L / Yu Z / Dong Y / Chen Q / Zhao Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure, gating, and pharmacology of human Ca3.3 channel.
著者: Lingli He / Zhuoya Yu / Ze Geng / Zhuo Huang / Changjiang Zhang / Yanli Dong / Yiwei Gao / Yuhang Wang / Qihao Chen / Le Sun / Xinyue Ma / Bo Huang / Xiaoqun Wang / Yan Zhao /
要旨: The low-voltage activated T-type calcium channels regulate cellular excitability and oscillatory behavior of resting membrane potential which trigger many physiological events and have been ...The low-voltage activated T-type calcium channels regulate cellular excitability and oscillatory behavior of resting membrane potential which trigger many physiological events and have been implicated with many diseases. Here, we determine structures of the human T-type Ca3.3 channel, in the absence and presence of antihypertensive drug mibefradil, antispasmodic drug otilonium bromide and antipsychotic drug pimozide. Ca3.3 contains a long bended S6 helix from domain III, with a positive charged region protruding into the cytosol, which is critical for T-type Ca channel activation at low voltage. The drug-bound structures clearly illustrate how these structurally different compounds bind to the same central cavity inside the Ca3.3 channel, but are mediated by significantly distinct interactions between drugs and their surrounding residues. Phospholipid molecules penetrate into the central cavity in various extent to shape the binding pocket and play important roles in stabilizing the inhibitor. These structures elucidate mechanisms of channel gating, drug recognition, and actions, thus pointing the way to developing potent and subtype-specific drug for therapeutic treatments of related disorders.
履歴
登録2022年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2022年5月25日-
現状2022年5月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32587.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.65
最小 - 最大-2.4041412 - 3.6744359
平均 (標準偏差)-0.0044436962 (±0.10571527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CaV3.3

全体名称: CaV3.3
要素
  • 複合体: CaV3.3
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1I
  • リガンド: 3-[1-[4,4-bis(4-fluorophenyl)butyl]piperidin-4-yl]-1~{H}-benzimidazol-2-one
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: CaV3.3

超分子名称: CaV3.3 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1I

分子名称: Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1I
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 245.373031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAESASPPSS SAAAPAAEPG VTTEQPGPRS PPSSPPGLEE PLDGADPHVP HPDLAPIAFF CLRQTTSPRN WCIKMVCNPW FECVSMLVI LLNCVTLGMY QPCDDMDCLS DRCKILQVFD DFIFIFFAME MVLKMVALGI FGKKCYLGDT WNRLDFFIVM A GMVEYSLD ...文字列:
MAESASPPSS SAAAPAAEPG VTTEQPGPRS PPSSPPGLEE PLDGADPHVP HPDLAPIAFF CLRQTTSPRN WCIKMVCNPW FECVSMLVI LLNCVTLGMY QPCDDMDCLS DRCKILQVFD DFIFIFFAME MVLKMVALGI FGKKCYLGDT WNRLDFFIVM A GMVEYSLD LQNINLSAIR TVRVLRPLKA INRVPSMRIL VNLLLDTLPM LGNVLLLCFF VFFIFGIIGV QLWAGLLRNR CF LEENFTI QGDVALPPYY QPEEDDEMPF ICSLSGDNGI MGCHEIPPLK EQGRECCLSK DDVYDFGAGR QDLNASGLCV NWN RYYNVC RTGSANPHKG AINFDNIGYA WIVIFQVITL EGWVEIMYYV MDAHSFYNFI YFILLIIVGS FFMINLCLVV IATQ FSETK QREHRLMLEQ RQRYLSSSTV ASYAEPGDCY EEIFQYVCHI LRKAKRRALG LYQALQSRRQ ALGPEAPAPA KPGPH AKEP RHYHGKTKGQ GDEGRHLGSR HCQTLHGPAS PGNDHSGREL CPQHSPLDAT PHTLVQPIPA TLASDPASCP CCQHED GRR PSGLGSTDSG QEGSGSGSSA GGEDEADGDG ARSSEDGASS ELGKEEEEEE QADGAVWLCG DVWRETRAKL RGIVDSK YF NRGIMMAILV NTVSMGIEHH EQPEELTNIL EICNVVFTSM FALEMILKLA AFGLFDYLRN PYNIFDSIIV IISIWEIV G QADGGLSVLR TFRLLRVLKL VRFMPALRRQ LVVLMKTMDN VATFCMLLML FIFIFSILGM HIFGCKFSLR TDTGDTVPD RKNFDSLLWA IVTVFQILTQ EDWNVVLYNG MASTSPWASL YFVALMTFGN YVLFNLLVAI LVEGFQAEGD ANRSYSDEDQ SSSNIEEFD KLQEGLDSSG DPKLCPIPMT PNGHLDPSLP LGGHLGPAGA AGPAPRLSLQ PDPMLVALGS RKSSVMSLGR M SYDQRSLS SSRSSYYGPW GRSAAWASRR SSWNSLKHKP PSAEHESLLS AERGGGARVC EVAADEGPPR AAPLHTPHAH HI HHGPHLA HRHRHHRRTL SLDNRDSVDL AELVPAVGAH PRAAWRAAGP APGHEDCNGR MPSIAKDVFT KMGDRGDRGE DEE EIDYTL CFRVRKMIDV YKPDWCEVRE DWSVYLFSPE NRFRVLCQTI IAHKLFDYVV LAFIFLNCIT IALERPQIEA GSTE RIFLT VSNYIFTAIF VGEMTLKVVS LGLYFGEQAY LRSSWNVLDG FLVFVSIIDI VVSLASAGGA KILGVLRVLR LLRTL RPLR VISRAPGLKL VVETLISSLK PIGNIVLICC AFFIIFGILG VQLFKGKFYH CLGVDTRNIT NRSDCMAANY RWVHHK YNF DNLGQALMSL FVLASKDGWV NIMYNGLDAV AVDQQPVTNH NPWMLLYFIS FLLIVSFFVL NMFVGVVVEN FHKCRQH QE AEEARRREEK RLRRLEKKRR KAQRLPYYAT YCHTRLLIHS MCTSHYLDIF ITFIICLNVV TMSLEHYNQP TSLETALK Y CNYMFTTVFV LEAVLKLVAF GLRRFFKDRW NQLDLAIVLL SVMGITLEEI EINAALPINP TIIRIMRVLR IARVLKLLK MATGMRALLD TVVQALPQVG NLGLLFMLLF FIYAALGVEL FGKLVCNDEN PCEGMSRHAT FENFGMAFLT LFQVSTGDNW NGIMKDTLR DCTHDERSCL SSLQFVSPLY FVSFVLTAQF VLINVVVAVL MKHLDDSNKE AQEDAEMDAE LELEMAHGLG P GPRLPTGS PGAPGRGPGG AGGGGDTEGG LCRRCYSPAQ ENLWLDSVSL IIKDSLEGEL TIIDNLSGSI FHHYSSPAGC KK CHHDKQE VQLAETEAFS LNSDRSSSIL LGDDLSLEDP TACPPGRKDS KGELDPPEPM RVGDLGECFF PLSSTAVSPD PEN FLCEME EIPFNPVRSW LKHDSSQAPP SPFSPDASSP LLPMPAEFFH PAVSASQKGP EKGTGTGTLP KIALQGSWAS LRSP RVNCT LLRQATGSDT SLDASPSSSA GSLQTTLEDS LTLSDSPRRA LGPPAPAPGP RAGLSPAARR RLSLRGRGLF SLRGL RAHQ RSHSSGGSTS PGCTHHDSMD PSDEEGRGGA GGGGAGSEHS ETLSSLSLTS LFCPPPPPPA PGLTPARKFS STSSLA APG RPHAAALAHG LARSPSWAAD RSKDPPGRAP LPMGLGPLAP PPQPLPGELE PGDAASKRKR

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分子 #2: 3-[1-[4,4-bis(4-fluorophenyl)butyl]piperidin-4-yl]-1~{H}-benzimid...

分子名称: 3-[1-[4,4-bis(4-fluorophenyl)butyl]piperidin-4-yl]-1~{H}-benzimidazol-2-one
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: 1II
分子量理論値: 461.546 Da
Chemical component information

ChemComp-1II:
3-[1-[4,4-bis(4-fluorophenyl)butyl]piperidin-4-yl]-1~{H}-benzimidazol-2-one / ピモジド

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分子 #3: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 9.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6kzo

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1623565
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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