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- EMDB-32582: Cryo-EM structure of the human glycosylphosphatidylinositol trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32582
タイトルCryo-EM structure of the human glycosylphosphatidylinositol transamidase complex at 2.53 Angstrom resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: GPI transamidase complex
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 13種
機能・相同性
機能・相同性情報


GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / protein retention in ER lumen / Attachment of GPI anchor to uPAR / 加水分解酵素 / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / protein disulfide isomerase activity / tubulin binding ...GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / protein retention in ER lumen / Attachment of GPI anchor to uPAR / 加水分解酵素 / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / protein disulfide isomerase activity / tubulin binding / neuron differentiation / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GPI transamidase component PIG-T / GPI transamidase component Gaa1 / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / GPI-anchor transamidase / Gpi16 subunit, GPI transamidase component / Gaa1-like, GPI transamidase component / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein / GPI-anchor transamidase / GPI transamidase component PIG-T / GPI transamidase component PIG-S / Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Xu Y / Li T / Luo Y / Chao Y / Jia G / Zhou Z / Su Z / Qu Q / Li D
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82151215 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870726 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82041016 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070049 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1301900 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular insights into biogenesis of glycosylphosphatidylinositol anchor proteins.
著者: Yidan Xu / Guowen Jia / Tingting Li / Zixuan Zhou / Yitian Luo / Yulin Chao / Juan Bao / Zhaoming Su / Qianhui Qu / Dianfan Li /
要旨: Eukaryotic cells are coated with an abundance of glycosylphosphatidylinositol anchor proteins (GPI-APs) that play crucial roles in fertilization, neurogenesis, and immunity. The removal of a ...Eukaryotic cells are coated with an abundance of glycosylphosphatidylinositol anchor proteins (GPI-APs) that play crucial roles in fertilization, neurogenesis, and immunity. The removal of a hydrophobic signal peptide and covalent attachment of GPI at the new carboxyl terminus are catalyzed by an endoplasmic reticulum membrane GPI transamidase complex (GPI-T) conserved among all eukaryotes. Here, we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the human GPI-T at a global 2.53-Å resolution, revealing an equimolar heteropentameric assembly. Structure-based mutagenesis suggests a legumain-like mechanism for the recognition and cleavage of proprotein substrates, and an endogenous GPI in the structure defines a composite cavity for the lipid substrate. This elongated active site, stemming from the membrane and spanning an additional ~22-Å space toward the catalytic dyad, is structurally suited for both substrates which feature an amphipathic pattern that matches this geometry. Our work presents an important step towards the mechanistic understanding of GPI-AP biosynthesis.
履歴
登録2022年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月27日-
マップ公開2022年4月27日-
更新2022年6月1日-
現状2022年6月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32582.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-3.0894268 - 5.014552
平均 (標準偏差)0.012849043 (±0.18239129)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 238.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
追加マップ: unshapened map

ファイルemd_32582_additional_1.map
注釈unshapened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GPI transamidase complex

全体名称: GPI transamidase complex
要素
  • 複合体: GPI transamidase complex
    • タンパク質・ペプチド: Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein
    • タンパク質・ペプチド: GPI-anchor transamidase
    • タンパク質・ペプチド: GPI transamidase component PIG-S
    • タンパク質・ペプチド: GPI transamidase component PIG-T
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: Digitonin
  • リガンド: (4S,7R)-7-[(hexadecanoyloxy)methyl]-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphahexacosan-1-aminium
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate
  • リガンド: 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: [(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate
  • リガンド: [(2~{R})-1-hexadecanoyloxy-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (9~{Z},11~{Z})-octadeca-9,11-dienoate

+
超分子 #1: GPI transamidase complex

超分子名称: GPI transamidase complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

+
分子 #1: Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein

分子名称: Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 96.990352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSGLLSDPV RRRALARLVL RLNAPLCVLS YVAGIAWFLA LVFPPLTQRT YMSENAMGST MVEEQFAGGD RARAFARDFA AHRKKSGAL PVAWLERTMR SVGLEVYTQS FSRKLPFPDE THERYMVSGT NVYGILRAPR AASTESLVLT VPCGSDSTNS Q AVGLLLAL ...文字列:
MGSGLLSDPV RRRALARLVL RLNAPLCVLS YVAGIAWFLA LVFPPLTQRT YMSENAMGST MVEEQFAGGD RARAFARDFA AHRKKSGAL PVAWLERTMR SVGLEVYTQS FSRKLPFPDE THERYMVSGT NVYGILRAPR AASTESLVLT VPCGSDSTNS Q AVGLLLAL AAHFRGQIYW AKDIVFLVTE HDLLGTEAWL EAYHDVNVTG MQSSPLQGRA GAIQAAVALE LSSDVVTSLD VA VEGLNGQ LPNLDLLNLF QTFCQKGGLL CTLQGKLQPE DWTSLDGPLQ GLQTLLLMVL RQASGRPHGS HGLFLRYRVE ALT LRGINS FRQYKYDLVA VGKALEGMFR KLNHLLERLH QSFFLYLLPG LSRFVSIGLY MPAVGFLLLV LGLKALELWM QLHE AGMGL EEPGGAPGPS VPLPPSQGVG LASLVAPLLI SQAMGLALYV LPVLGQHVAT QHFPVAEAEA VVLTLLAIYA AGLAL PHNT HRVVSTQAPD RGWMALKLVA LIYLALQLGC IALTNFSLGF LLATTMVPTA ALAKPHGPRT LYAALLVLTS PAATLL GSL FLWRELQEAP LSLAEGWQLF LAALAQGVLE HHTYGALLFP LLSLGLYPCW LLFWNVLFWK GTLEVLFQGP GGSGGSA SV IKPEMKIKLR MEGAVNGHKF VIEGEGIGKP YEGTQTLDLT VEEGAPLPFS YDILTPAFQY GNRAFTKYPE DIPDYFKQ A FPEGYSWERS MTYEDQGICI ATSDITMEGD CFFYEIRFDG TNFPPNGPVM QKKTLKWEPS TEKMYVEDGV LKGDVEMAL LLEGGGHYRC DFKTTYKAKK DVRLPDAHEV DHRIEILSHD KDYNKVRLYE HAEARYSGGG SGGGGSGGGG DYKDDDDADY KDDDDA

+
分子 #2: GPI-anchor transamidase

分子名称: GPI-anchor transamidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.443062 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSAVTDSLS RAATVLATVL LLSFGSVAAS HIEDQAEQFF RSGHTNNWAV LVCTSRFWFN YRHVANTLSV YRSVKRLGIP DSHIVLMLA DDMACNPRNP KPATVFSHKN MELNVYGDDV EVDYRSYEVT VENFLRVLTG RIPPSTPRSK RLLSDDRSNI L IYMTGHGG ...文字列:
MGSAVTDSLS RAATVLATVL LLSFGSVAAS HIEDQAEQFF RSGHTNNWAV LVCTSRFWFN YRHVANTLSV YRSVKRLGIP DSHIVLMLA DDMACNPRNP KPATVFSHKN MELNVYGDDV EVDYRSYEVT VENFLRVLTG RIPPSTPRSK RLLSDDRSNI L IYMTGHGG NGFLKFQDSE EITNIELADA FEQMWQKRRY NELLFIIDTC QGASMYERFY SPNIMALASS QVGEDSLSHQ PD PAIGVHL MDRYTFYVLE FLEEINPASQ TNMNDLFQVC PKSLCVSTPG HRTDLFQRDP KNVLITDFFG SVRKVEITTE TIK LQQDSE IMESSYKEDQ MDEKLMEPLK YAEQLPVAQI IHQKPKLKDW HPPGGFILGL WALIIMVFFK TYGIKHMKFI FGTL EVLFQ GPGGSGGSAS VIKPEMKIKL RMEGAVNGHK FVIEGEGIGK PYEGTQTLDL TVEEGAPLPF SYDILTPAFQ YGNRA FTKY PEDIPDYFKQ AFPEGYSWER SMTYEDQGIC IATSDITMEG DCFFYEIRFD GTNFPPNGPV MQKKTLKWEP STEKMY VED GVLKGDVEMA LLLEGGGHYR CDFKTTYKAK KDVRLPDAHE VDHRIEILSH DKDYNKVRLY EHAEARYSGG GSGGGYP YD VPDYA

+
分子 #3: GPI transamidase component PIG-S

分子名称: GPI transamidase component PIG-S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 90.421062 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSAAAGAAA THLEVARGKR AALFFAAVAI VLGLPLWWKT TETYRASLPY SQISGLNALQ LRLMVPVTVV FTRESVPLDD QEKLPFTVV HEREIPLKYK MKIKCRFQKA YRRALDHEEE ALSSGSVQEA EAMLDEPQEQ AEGSLTVYVI SEHSSLLPQD M MSYIGPKR ...文字列:
MGSAAAGAAA THLEVARGKR AALFFAAVAI VLGLPLWWKT TETYRASLPY SQISGLNALQ LRLMVPVTVV FTRESVPLDD QEKLPFTVV HEREIPLKYK MKIKCRFQKA YRRALDHEEE ALSSGSVQEA EAMLDEPQEQ AEGSLTVYVI SEHSSLLPQD M MSYIGPKR TAVVRGIMHR EAFNIIGRRI VQVAQAMSLT EDVLAAALAD HLPEDKWSAE KRRPLKSSLG YEITFSLLNP DP KSHDVYW DIEGAVRRYV QPFLNALGAA GNFSVDSQIL YYAMLGVNPR FDSASSSYYL DMHSLPHVIN PVESRLGSSA ASL YPVLNF LLYVPELAHS PLYIQDKDGA PVATNAFHSP RWGGIMVYNV DSKTYNASVL PVRVEVDMVR VMEVFLAQLR LLFG IAQPQ LPPKCLLSGP TSEGLMTWEL DRLLWARSVE NLATATTTLT SLAQLLGKIS NIVIKDDVAS EVYKAVAAVQ KSAEE LASG HLASAFVASQ EAVTSSELAF FDPSLLHLLY FPDDQKFAIY IPLFLPMAVP ILLSLVKIFL ETRKSWRKPE KTDGTL EVL FQGPGGSGGS ASVIKPEMKI KLRMEGAVNG HKFVIEGEGI GKPYEGTQTL DLTVEEGAPL PFSYDILTPA FQYGNRA FT KYPEDIPDYF KQAFPEGYSW ERSMTYEDQG ICIATSDITM EGDCFFYEIR FDGTNFPPNG PVMQKKTLKW EPSTEKMY V EDGVLKGDVE MALLLEGGGH YRCDFKTTYK AKKDVRLPDA HEVDHRIEIL SHDKDYNKVR LYEHAEARYS GGGSGGGGG GGGGGGEQKL ISEEDL

+
分子 #4: GPI transamidase component PIG-T

分子名称: GPI transamidase component PIG-T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 94.20725 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSAAAMPLA LLVLLLLGPG GWCLAEPPRD SLREELVITP LPSGDVAATF QFRTRWDSEL QREGVSHYRL FPKALGQLIS KYSLRELHL SFTQGFWRTR YWGPPFLQAP SGAELWVWFQ DTVTDVDKSW KELSNVLSGI FCASLNFIDS TNTVTPTASF K PLGLANDT ...文字列:
MGSAAAMPLA LLVLLLLGPG GWCLAEPPRD SLREELVITP LPSGDVAATF QFRTRWDSEL QREGVSHYRL FPKALGQLIS KYSLRELHL SFTQGFWRTR YWGPPFLQAP SGAELWVWFQ DTVTDVDKSW KELSNVLSGI FCASLNFIDS TNTVTPTASF K PLGLANDT DHYFLRYAVL PREVVCTENL TPWKKLLPCS SKAGLSVLLK ADRLFHTSYH SQAVHIRPVC RNARCTSISW EL RQTLSVV FDAFITGQGK KDWSLFRMFS RTLTEPCPLA SESRVYVDIT TYNQDNETLE VHPPPTTTYQ DVILGTRKTY AIY DLLDTA MINNSRNLNI QLKWKRPPEN EAPPVPFLHA QRYVSGYGLQ KGELSTLLYN THPYRAFPVL LLDTVPWYLR LYVH TLTIT SKGKENKPSY IHYQPAQDRL QPHLLEMLIQ LPANSVTKVS IQFERALLKW TEYTPDPNHG FYVSPSVLSA LVPSM VAAK PVDWEESPLF NSLFPVSDGS NYFVRLYTEP LLVNLPTPDF SMPYNVICLT CTVVAVCYGS FYNLLTRTFH IEEPRT GGL AKRLANLIRR ARGVPPLGTL EVLFQGPGGS GGSASVIKPE MKIKLRMEGA VNGHKFVIEG EGIGKPYEGT QTLDLTV EE GAPLPFSYDI LTPAFQYGNR AFTKYPEDIP DYFKQAFPEG YSWERSMTYE DQGICIATSD ITMEGDCFFY EIRFDGTN F PPNGPVMQKK TLKWEPSTEK MYVEDGVLKG DVEMALLLEG GGHYRCDFKT TYKAKKDVRL PDAHEVDHRI EILSHDKDY NKVRLYEHAE ARYSGGGSGG GHHHHHHHHH H

+
分子 #5: Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein

分子名称: Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.691539 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSAAPLVLV LVVAVTVRAA LFRSSLAEFI SERVEVVSPL SSWKRVVEGL SLLDLGVSPY SGAVFHETPL IIYLFHFLID YAELVFMIT DALTAIALYF AIQDFNKVVF KKQKLLLELD QYAPDVAELI RTPMEMRYIP LKVALFYLLN PYTILSCVAK S TCAINNTL ...文字列:
MGSAAPLVLV LVVAVTVRAA LFRSSLAEFI SERVEVVSPL SSWKRVVEGL SLLDLGVSPY SGAVFHETPL IIYLFHFLID YAELVFMIT DALTAIALYF AIQDFNKVVF KKQKLLLELD QYAPDVAELI RTPMEMRYIP LKVALFYLLN PYTILSCVAK S TCAINNTL IAFFILTTIK GSAFLSAIFL ALATYQSLYP LTLFVPGLLY LLQRQYIPVK MKSKAFWIFS WEYAMMYVGS LV VIICLSF FLLSSWDFIP AVYGFILSVP DLTPNIGLFW YFFAEMFEHF SLFFVCVFQI NVFFYTIPLA IKLKEHPIFF MFI QIAVIA IFKSYPTVGD VALYMAFFPV WNHLYRFLRN IFVLTCIIIV CSLLFPVLWH LWIYAGSANS NFFYAITLTF NVGQ ILLIS DYFYAFLRRE YYLTHGLYLT AKDGTEAMLV LKGTLEVLFQ GPGGSGGSAS VIKPEMKIKL RMEGAVNGHK FVIEG EGIG KPYEGTQTLD LTVEEGAPLP FSYDILTPAF QYGNRAFTKY PEDIPDYFKQ AFPEGYSWER SMTYEDQGIC IATSDI TME GDCFFYEIRF DGTNFPPNGP VMQKKTLKWE PSTEKMYVED GVLKGDVEMA LLLEGGGHYR CDFKTTYKAK KDVRLPD AH EVDHRIEILS HDKDYNKVRL YEHAEARYSG GGSGGGKLEF SAWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSHPQFEK

+
分子 #7: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 9 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

+
分子 #8: Digitonin

分子名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: AJP
分子量理論値: 1.229312 KDa
Chemical component information

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

+
分子 #9: (4S,7R)-7-[(hexadecanoyloxy)methyl]-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9...

分子名称: (4S,7R)-7-[(hexadecanoyloxy)methyl]-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphahexacosan-1-aminium
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: BJR
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-BJR:
(4S,7R)-7-[(hexadecanoyloxy)methyl]-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphahexacosan-1-aminium / O-(1-O-パルミトイル-2-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン

+
分子 #10: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #11: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #12: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

+
分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #14: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 5 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

+
分子 #15: 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-...

分子名称: 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: 05E
分子量理論値: 303.204 Da
Chemical component information

ChemComp-05E:
2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate

+
分子 #16: 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose

分子名称: 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: PA1
分子量理論値: 179.171 Da
Chemical component information

ChemComp-PA1:
2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / α-D-グルコサミン

+
分子 #17: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #18: [(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy...

分子名称: [(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: DKB
分子量理論値: 720.012 Da
Chemical component information

ChemComp-DKB:
[(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate / O-(1-O-パルミトイル-2-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-2-アミノエタノ-ル

+
分子 #19: [(2~{R})-1-hexadecanoyloxy-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{...

分子名称: [(2~{R})-1-hexadecanoyloxy-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (9~{Z},11~{Z})-octadeca-9,11-dienoate
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: 06O
分子量理論値: 1.073462 KDa
Chemical component information

ChemComp-06O:
[(2~{R})-1-hexadecanoyloxy-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (9~{Z},11~{Z})-octadeca-9,11-dienoate

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTris-HClTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
0.1 %Digitonin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2959791
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 151590
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7wld:
Cryo-EM structure of the human glycosylphosphatidylinositol transamidase complex at 2.53 Angstrom resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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