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万見
- EMDB-32568: Apo state of AtPIN3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32568
タイトルApo state of AtPIN3
マップデータapp state of AtPIN3
試料
  • 複合体: apo state AtPIN3(AtPIN3apo)
    • タンパク質・ペプチド: Auxin efflux carrier component 3
機能・相同性
機能・相同性情報


屈性 / root hair initiation / auxin export across the plasma membrane / positive gravitropism / root hair elongation / auxin polar transport / gravitropism / root development / auxin-activated signaling pathway / vesicle membrane ...屈性 / root hair initiation / auxin export across the plasma membrane / positive gravitropism / root hair elongation / auxin polar transport / gravitropism / root development / auxin-activated signaling pathway / vesicle membrane / lateral plasma membrane / response to light stimulus / 細胞膜 / ミトコンドリア / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
膜輸送体 / Auxin efflux carrier, plant type / 膜輸送体
類似検索 - ドメイン・相同性
Auxin efflux carrier component 3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Su N
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0908501 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0508100 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structures and mechanisms of the Arabidopsis auxin transporter PIN3.
著者: Nannan Su / Aiqin Zhu / Xin Tao / Zhong Jie Ding / Shenghai Chang / Fan Ye / Yan Zhang / Cheng Zhao / Qian Chen / Jiangqin Wang / Chen Yu Zhou / Yirong Guo / Shasha Jiao / Sufen Zhang / Han ...著者: Nannan Su / Aiqin Zhu / Xin Tao / Zhong Jie Ding / Shenghai Chang / Fan Ye / Yan Zhang / Cheng Zhao / Qian Chen / Jiangqin Wang / Chen Yu Zhou / Yirong Guo / Shasha Jiao / Sufen Zhang / Han Wen / Lixin Ma / Sheng Ye / Shao Jian Zheng / Fan Yang / Shan Wu / Jiangtao Guo /
要旨: The PIN-FORMED (PIN) protein family of auxin transporters mediates polar auxin transport and has crucial roles in plant growth and development. Here we present cryo-electron microscopy structures of ...The PIN-FORMED (PIN) protein family of auxin transporters mediates polar auxin transport and has crucial roles in plant growth and development. Here we present cryo-electron microscopy structures of PIN3 from Arabidopsis thaliana in the apo state and in complex with its substrate indole-3-acetic acid and the inhibitor N-1-naphthylphthalamic acid (NPA). A. thaliana PIN3 exists as a homodimer, and its transmembrane helices 1, 2 and 7 in the scaffold domain are involved in dimerization. The dimeric PIN3 forms a large, joint extracellular-facing cavity at the dimer interface while each subunit adopts an inward-facing conformation. The structural and functional analyses, along with computational studies, reveal the structural basis for the recognition of indole-3-acetic acid and NPA and elucidate the molecular mechanism of NPA inhibition on PIN-mediated auxin transport. The PIN3 structures support an elevator-like model for the transport of auxin, whereby the transport domains undergo up-down rigid-body motions and the dimerized scaffold domains remain static.
履歴
登録2022年1月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2022年9月28日-
現状2022年9月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32568.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32568.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈app state of AtPIN3
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.851 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0179
最小 - 最大-0.07881456 - 0.124895416
平均 (標準偏差)2.4839785e-05 (±0.004018667)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 204.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : apo state AtPIN3(AtPIN3apo)

全体名称: apo state AtPIN3(AtPIN3apo)
要素
  • 複合体: apo state AtPIN3(AtPIN3apo)
    • タンパク質・ペプチド: Auxin efflux carrier component 3

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超分子 #1: apo state AtPIN3(AtPIN3apo)

超分子名称: apo state AtPIN3(AtPIN3apo) / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

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分子 #1: Auxin efflux carrier component 3

分子名称: Auxin efflux carrier component 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 73.983531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKWS HPQFEKGGGG SGGSAWSHPQ FEKEFKGLVD MISWHDLYTV LTAVIPLYVA MILAYGSVRW WKIFSPDQCS GINRFVAIF AVPLLSFHFI STNNPYAMNL RFIAADTLQK IIMLSLLVLW ANFTRSGSLE WSITIFSLST LPNTLVMGIP L LIAMYGEY ...文字列:
DYKDDDDKWS HPQFEKGGGG SGGSAWSHPQ FEKEFKGLVD MISWHDLYTV LTAVIPLYVA MILAYGSVRW WKIFSPDQCS GINRFVAIF AVPLLSFHFI STNNPYAMNL RFIAADTLQK IIMLSLLVLW ANFTRSGSLE WSITIFSLST LPNTLVMGIP L LIAMYGEY SGSLMVQIVV LQCIIWYTLL LFLFEFRGAK MLIMEQFPET AASIVSFKVE SDVVSLDGHD FLETDAEIGD DG KLHVTVR KSNASRRSFC GPNMTPRPSN LTGAEIYSLS TTPRGSNFNH SDFYNMMGFP GGRLSNFGPA DMYSVQSSRG PTP RPSNFE ENCAMASSPR FGYYPGGGAG SYPAPNPEFS STTTSTANKS VNKNPKDVNT NQQTTLPTGG KSNSHDAKEL HMFV WSSNG SPVSDRAGLN VFGGAPDNDQ GGRSDQGAKE IRMLVPDQSH NGETKAVAHP ASGDFGGEQQ FSFAGKEEEA ERPKD AENG LNKLAPNSTA ALQSKTGLGG AEASQRKNMP PASVMTRLIL IMVWRKLIRN PNTYSSLIGL IWALVAFRWH VAMPKI IQQ SISILSDAGL GMAMFSLGLF MALQPKLIAC GNSVATFAMA VRFLTGPAVM AVAAIAIGLR GDLLRVAIVQ AALPQGI VP FVFAKEYNVH PAILSTGVIF GMLIALPITL VYYILLGL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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