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- EMDB-32566: Cryo-EM structure of the IR subunit from X. laevis NPC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32566
タイトルCryo-EM structure of the IR subunit from X. laevis NPC
マップデータThe IR subunit
試料
  • 複合体: The IR subunit
    • タンパク質・ペプチド: MGC83295 protein
    • タンパク質・ペプチド: Nup188 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex protein Nup93
    • タンパク質・ペプチド: Nup155-prov protein
    • タンパク質・ペプチド: Nup54
    • タンパク質・ペプチド: IL4I1 protein
    • タンパク質・ペプチド: MGC84997 protein
    • タンパク質・ペプチド: Aaas-prov protein
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NDC1
キーワードnuclear pore complex / inner ring / Nup205 / Nup93 / Nup188 / Nup155 / NDC1 / Aladin / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore transmembrane ring / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / nuclear pore organization / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding ...nuclear pore transmembrane ring / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore complex assembly / nuclear pore organization / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / RNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore / nuclear periphery / phospholipid binding / protein import into nucleus / protein transport / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin protein Ndc1-Nup / Nucleoporin protein Ndc1-Nup / Aladin seven-bladed propeller / Aladin / Nup188 SH3-like domain / Nucleoporin FG repeated region / Nup54, C-terminal interacting domain / Nup54 C-terminal interacting domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal ...Nucleoporin protein Ndc1-Nup / Nucleoporin protein Ndc1-Nup / Aladin seven-bladed propeller / Aladin / Nup188 SH3-like domain / Nucleoporin FG repeated region / Nup54, C-terminal interacting domain / Nup54 C-terminal interacting domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup188 / : / Nucleoporin Nup188, N-terminal subdomain III / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 3 / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Armadillo-type fold / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP188 / 54 kDa nucleoporin / MGC84997 protein / MGC83295 protein / Nucleoporin NDC1 / Aaas-prov protein / Nuclear pore complex protein Nup155 / Nuclear pore complex protein Nup93 / Nuclear pore glycoprotein p62
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Huang G / Zhan X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the inner ring from the Xenopus laevis nuclear pore complex.
著者: Gaoxingyu Huang / Xiechao Zhan / Chao Zeng / Ke Liang / Xuechen Zhu / Yanyu Zhao / Pan Wang / Qifan Wang / Qiang Zhou / Qinghua Tao / Minhao Liu / Jianlin Lei / Chuangye Yan / Yigong Shi /
要旨: Nuclear pore complex (NPC) mediates nucleocytoplasmic shuttling. Here we present single-particle cryo-electron microscopy structure of the inner ring (IR) subunit from the Xenopus laevis NPC at an ...Nuclear pore complex (NPC) mediates nucleocytoplasmic shuttling. Here we present single-particle cryo-electron microscopy structure of the inner ring (IR) subunit from the Xenopus laevis NPC at an average resolution of 4.2 Å. A homo-dimer of Nup205 resides at the center of the IR subunit, flanked by two molecules of Nup188. Four molecules of Nup93 each places an extended helix into the axial groove of Nup205 or Nup188, together constituting the central scaffold. The channel nucleoporin hetero-trimer of Nup62/58/54 is anchored on the central scaffold. Six Nup155 molecules interact with the central scaffold and together with the NDC1-ALADIN hetero-dimers anchor the IR subunit to the nuclear envelope and to outer rings. The scarce inter-subunit contacts may allow sufficient latitude in conformation and diameter of the IR. Our structure reveals the molecular basis for the IR subunit assembly of a vertebrate NPC.
履歴
登録2022年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月30日-
マップ公開2022年3月30日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32566.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The IR subunit
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.387 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.020478556 - 0.037659567
平均 (標準偏差)-0.0000037852217 (±0.0016204142)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 710.144 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The IR subunit

全体名称: The IR subunit
要素
  • 複合体: The IR subunit
    • タンパク質・ペプチド: MGC83295 protein
    • タンパク質・ペプチド: Nup188 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex protein Nup93
    • タンパク質・ペプチド: Nup155-prov protein
    • タンパク質・ペプチド: Nup54
    • タンパク質・ペプチド: IL4I1 protein
    • タンパク質・ペプチド: MGC84997 protein
    • タンパク質・ペプチド: Aaas-prov protein
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin NDC1

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超分子 #1: The IR subunit

超分子名称: The IR subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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分子 #1: MGC83295 protein

分子名称: MGC83295 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 227.854141 KDa
配列文字列: MAAQLALNSE ASLWGPYREI WQTVLSALIK RQPEAVHSLD IVLKKYKPDF ISLFKNPPKS AQQHERVQKA STEGIPIKGT QRTRILEEQ LIKEAFILSD LYNIGEIAAV ELLLIGEQQQ PTFHGLTRGL VAILLYWDGK SCMAESLLHL IQARKGKTFT L DHSPEVVS ...文字列:
MAAQLALNSE ASLWGPYREI WQTVLSALIK RQPEAVHSLD IVLKKYKPDF ISLFKNPPKS AQQHERVQKA STEGIPIKGT QRTRILEEQ LIKEAFILSD LYNIGEIAAV ELLLIGEQQQ PTFHGLTRGL VAILLYWDGK SCMAESLLHL IQARKGKTFT L DHSPEVVS MVTRFTDDLM EQGLTNKILT LISQIDVNNE FDKLKKERGL GNKKHRKEVS DLIKECQQSL AHSLYSWSCQ TP LNREDTL LLIGYLEKVT VEGDGSLDKV NLTLLMSLLY CLDVGFLEQG TDDREELMKQ ASMFMDRQYI AAIHNRLQNT QPW KSPGMQ ATVRLAWALA LRGISQFSEV LEFSEADEPM AEIAIGGNVF LFLTEAVVGS ESFCTDEFFI RRIHKLVTDF PTLM PMKVK QLRNRAEEDA RLIQMSMQMG NEPPASLRRD LEHLLLLIGE LYRKDPFHLE LALEYWCPTE PLQSTSLMGS FLGVA HQRP PQRQVLLSKF VRQMSDLLPA TLYLPYLKML RGLASGPQCA HYCFSLLKAN GGSSAENLQA AGGSPVSWDH FFHSLM LYH EHLRRDLPNT DNIHQRHPPL RGITQRELDG LIACLQLTCT IIDWSESARL ALCEHAQWMP VVVILGLLQC SIPPLLK AE LLKTLAAFGK SPEIAASLWQ SLEYTQILQT VRATGLRQGV GIEVELNEIE SRCEEYPLTR AFCQLISTLV ESSFPTNL G AGLRAPGFEP YLQFLRDTVF LRYRTRAYRR AAEKWEVAEA VLDVFYKLLK DYEPQPEDFV DQYVELQGEE RVAFKPPGF SLMHHLLNES PMLELCLSLM EEGVTQLDTY APFPGKKHLE KAVAYCFMLL NLTLQKENRF MDLLRESHLS MIVTPLEQLL QGINPRSKK ADNVVNIARY LCHGNSNAEL AFESAKILCS ISCNSKIQEK IVGDFTQDQN VSQKLMVGFV SCLDSEEAEE L LDSEKEAE DQVKQTNIRY MTKIHILNLL ITSLEMKAPN LAMFLLGYEL KKPVSTTNLQ DSGVLGCPRT CLHSILDILR KG TDVRAGP VAVWDTPHLA ELCYQVIYQL CACADTSGPT MRYLRTSQDF LFSQLQHLPF SVEESEISAM NQMSWLMKTA TIE LRITSL NRQRSHTQRL LHLLLDDMPT RPYSADGEGG MEDESRSLSG FLHFDTTSKV RRKILRILDS IQFSNEIPEP LQLD FFDRS QIEQVIANCE HKNRRGQTVC NVKLLHRVLV AEVNALQGMA AIGQRPLLME EINTILQYVV ERNKLLQCLH AKRHA LESW RQLVEIILTA CPQDLIPTEH RQLIIRDLLQ DLHVKILDDD AAQELMPIVA GAVFTLTAHL SQSVRTELKQ PMTASG LGQ SQYVQMLDGS FAAPPGTENI SAGFASIGDS SLHMILRNLL EFILKTGGGF QRVRAHLYGS LLYYLQIAQR PDEPDTL ES AHKSMWERLT APEDVFSKLQ RDNLSIFESY GTALMEVVCR DACDGHDIGR MLALALLDRI VSVDRQQQWL LYLSNSGY L KVLVDSLAED DVVLRNLLTP QPPLLKALYI YESKMAFLTR VAKSSQGAIE LLRSGVIVRL AQCQVYDMRP ETDPHGVFG MRETPVFIPA PVERYRQILL PALQICQLIL TSSTAQHLQA AGQVLQFLVA HSDTIQAILR SQEGSLGSLQ ELALLTGIIS KAALPGVLN ELDIGLNDGS MMELQGHIGR FQRQCLALLN RFGGSDRLRQ LSLQDDSSRL DGVSKKDDME LAMQQICSNV M EYCQALMI QNSPSFQQTV CLFTPSLKES ASRDGTRQDS QVSILPSWRL PSLGVVIHLL KQSANNFFTY YDIHRQSVGK LQ NVEQLPP DEIKELCQSE MPVGADKIST TQKYGLARRR LVKLINSRAK LLSLCSYIIE TCLYILWRHL EYYLLHCTTS DSQ DPVFSN MTFGNRRFQD TFNTDPNMDP RNLRQNKVSQ QDVDTLLREG ANSFGESLQK RLLDIESLYC KVRSRHSFIQ ALVR RIRGL LRVSRV

UniProtKB: MGC83295 protein

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分子 #2: Nup188 domain-containing protein

分子名称: Nup188 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 195.84875 KDa
配列文字列: MAAAGSLYWR TSRELWTILL GRSSMKDGYQ IKAELDRYGD RLLQGLAYYK PPSTRSADKV KANKNLSPAL QELGLRLSKF LALDEEQSV ELLQTYLQYD YRGTQESVKV LPQDERQSQA LMLKMADYYY EERISLLRCV LYILNYFQDD KHPYSAEFSK C VELMEQKE ...文字列:
MAAAGSLYWR TSRELWTILL GRSSMKDGYQ IKAELDRYGD RLLQGLAYYK PPSTRSADKV KANKNLSPAL QELGLRLSKF LALDEEQSV ELLQTYLQYD YRGTQESVKV LPQDERQSQA LMLKMADYYY EERISLLRCV LYILNYFQDD KHPYSAEFSK C VELMEQKE LFGKYLKQFE SLCREEAPTW ETHGNFMTER QVSRWFVQRL REQAMLLEII FLYFACFAAS PSDLLALTKL FK EQGFGCR LQNHHLVEPS MDPLVERIGY FSILIFLEAL DMDTLMTCSL SDKIEQHPFS SEEQVCKEMD SILVTLGDVP HHG PVLLAW ALLRFTLNPD KVTSAVRKMG STAIQLHLFQ YLTRMLQSLR SGENNCTTST ACLCVYTFLA YVLSTLEEQV SQSQ QDLVE TACQVFAAPN LPDLFWNMEP TAGLGILLDS VVGMFPFRIS PLLKLFTALV SKSSAKKVYS FLDRMSSYTE HYRHK PHDI LSHDDETLWK RQTPKLLYAL GLGQTNLRIP QGALGQVMAD ENGFLVRWEY SYSCWTLFTC EIEMLLHVVS TADVIH QCQ RVKPIIDLVH KVISTDLSIA DCLLPITSRI YMLLQRLTTV MNPPMDFLSS CVDCLTALAT RLPAKVWTDL RHTGFLP FA ANPVSGHLIS TEGMNAGGYG SLFGIEQSQG EYSVTLSFLR LITTLVKGQL GSTQSQGLVP CILFVLREML PNYHRWRY N SHGVREQLGF QILSLIHAIL NLCPEEEEGS SAPNLRSLCI FSLTNTEAGQ AVINIMGIGV DTLNTVMLTQ AGSSGTEGQ GQMLMQTIKL AFSITNNVIR LKPPSSGVSP LEHALTQHGA HGNNLIAVLA KYIYHRYDPS LPRLAIQLLK RLAMVAPMSV YACLGSDAA AIRDAFLSRL RDNIEDMQIK IMILEFLTVA VETQPGLIEL FLNLEAKDTN EGSKEYSLGE WSCLQVVLKL I DSQDPESS WGAPLLHRSA IAFLHALWQD RRDSAMTVLR TKPNFWENLT SPLFGTLACP SESSELSILE TCAFIMKIIC LE IYYAVRG SLGDSLKKIL KKFSEEERFT YWSNYVHSLV CQVAETEGTC NSLTEYQQLL SAWRMFLIVA THNADVMHLT NPE VRQKLF KDILGGTQAL LVVPRSVACM HLSSMLCTVM IILLRRWKND LAAPEDILNS LTQILEGVLQ RDQQLVEKTK AQIF SALIS VLEMKPMKAS EIPQYSQLLL NVCETLQEEV VSLVDHTRHE VPASDTSEDK DSMETEDTGR IRQKDQRDGV CVLGL HLAK ELCEADEEGD QWQQVLRKLP VLPILFSALE VSLRIKQNLH FCEAILHFLF TLAKTHQGAA AMAGAGITQT VCLPLL SVY QLSSNGAGSV QPAVSLRKSL DAPSWPGVYR LTVSLMERLL KTLRYNFLSE ALDFVGVHQE RILQCLSAVR TVQSLSC LE EADHTVGFLL QLSNFTKEWH FHLPQLIKDV QVNLCYLCQA CTSLLHSRKM LQHYLQIKNG ESMSSTATPR GQRTPQTP S KQPTAESEAL ELRQLRTVQH SLLKILGKTL ATLRAFTPDL CQILQVQPLD LAQYNLLFAL SFTTPAFDAD VTPSFGTLL ATVNVTLSML GEMDKKKDHP LSRALVESNN TGESKNNKSL LLFIMENCFY LLISQAVRYL RDPSVHPRDK QRMKQELSSE LSTLLSSLS RYFRRGGPSS PAGGLMPSPQ PKGASAAKVV PEAQEPLIQL VQAFVRHVQR

UniProtKB: Nucleoporin NUP188

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分子 #3: Nuclear pore complex protein Nup93

分子名称: Nuclear pore complex protein Nup93 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 93.565156 KDa
配列文字列: MDGEGFGELL QQAEQLAAET EGVTELPHVE RNLQEIQQAG ERLRSKTMTR TSQESANVKA SVLLGSRGLD ISHISQRLES LSAATTFEP LEPVKDTDIQ GFLKNEKDNA LLSAIEESRK RTFVMAEEYH RESMLVEWEQ VKQRVLHTLL ASGEDALDFT Q ESETSYIS ...文字列:
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UniProtKB: Nuclear pore complex protein Nup93

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分子 #4: Nup155-prov protein

分子名称: Nup155-prov protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 154.922422 KDa
配列文字列: MPSATPGAPA ASAAMQEALE GAGRIIDRLL QEDRAYPDLS ELLNVPVHTC PTISGVSEMD YPLQSPGLLT IPSLPEISAI RRVPLPPEL IEQFGHMQCN CMMGVFPEIS RAWLTIDSDI FMWNYEDGGD LAYYDGLSET ILSVGLVKPK TGIFQPHIRF L LVLSTPVD ...文字列:
MPSATPGAPA ASAAMQEALE GAGRIIDRLL QEDRAYPDLS ELLNVPVHTC PTISGVSEMD YPLQSPGLLT IPSLPEISAI RRVPLPPEL IEQFGHMQCN CMMGVFPEIS RAWLTIDSDI FMWNYEDGGD LAYYDGLSET ILSVGLVKPK TGIFQPHIRF L LVLSTPVD IVILGLSFAN LQPGNLNDSI SGGMQLLPDP LYSLPTDNTY LLSITSTDNG RIFLSGKDGC LYEVEYQAEA GW FSQRCRK INHSKSSLSF LVPSVLQFAF SEDDPIVQIA IDNSRNILYT RSEKGVIQVY DLGVDGHGMS RVASVSQNSL VSA AGNIAR TIDRNVFKPI IHISVIEMSE SVNCHLLAVT HTGVRFYFST VPFKQPTARP CMLALVHVRL PPGFSASSNV EKPS KVHKA LYNNGVLLMA ASENEDNDML WCINRDSFPF QKPMMETQVT TQVDGHSWAL SAVDEQKADK IVTPLNKDLI PLTDS PVII QQHMIPPKRF VLLSAQGSHI FYKLRPVDQL RHLLVSNSGG DGEEIERFFK LHQENQACAT CLILACSSAA SDREVS SWA ARAFFRYGGE AQLRVQSALH APSNVGPIFG SPLPVASPIP VGSPMPNPSF LGTPTQGACP PNVSTPAYGV ATPAPQP PA VPGMMGTEIV FSGKHNGICI YFCRIIGNIW DGSVAVENTF QSGNREVTAI DSSVTPQHLE SVLKELKGLL EFLDRYSQ F TAGSLGNPGF GTPANRQQRL VSLGRPDIGS SQQAQQELQR KYHTEAQLAE QFSLQGIHQL VRKMCQALAL WKLLCEHQF SLVVSDLQKE LQEQLKITTF KDLVIRDKEL TGALTASLIS CYIRDNASVD GISYRLQEVC PLLYSTDDAV CSKANELLQR SRHVPNKQE KERMLRESLK EYQKISQQVD LPNVCAQYRQ VRFYEGVVEL CLSAAEKKDP QGLGLHFHKN GEPEEDMAGL Q AFQERLNS YKCITDTLQE LVNQSKAAPQ SPSVPKKPGP PVLSSDPNML SNEEAGIHFE QMLKLAQRSA DELFNIALFN WL IQADLTD KLLELNSPFL EPHLVRMAKL DQNKVRYMDL LWRYYEKNRN FSNAARVVAK LADMHSPEIS LKQRLEYISR AIL SAKSST TMSTLAADGE FLHELEEKLE VARIQLQIQE TLTRQYSHHS TVGDAVSQLD SQLMDITKMF GQYADPFRLS ECKL AIIHC AGHSDPILVQ TLWQDIIDKE LSDSMGNSSV DRMQSLHLKI TSLGKIYAST PRYFPLEFLV KYLEQQVCNF SWDAG FVTY TMQEINVPVP KLLEVYDHLF KARDPWWSRM KKPLHLLESI YILLSGYVQE PSKVPSYERR RFTTLCLDAI SCYLVE LQS MDPAPALLNT VSNFKSLQAK LERLS

UniProtKB: Nuclear pore complex protein Nup155

+
分子 #5: Nup54

分子名称: Nup54 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 58.618617 KDa
配列文字列: MAFNFGATTG TPANQGTTGF SLGTFTPKTT TSGFGFGTTT TTAPTGFGGG FGGFGATTTA STGPAFSFTT PANTTSGLFG ATQNKGFGF GTGFGSTTTS TGLGTGLGTG LGFTGFNTSQ QQQQQSVLGA GLFNQSFQST PQSNQLINTA SALSAPTLLG D ERDAILAK ...文字列:
MAFNFGATTG TPANQGTTGF SLGTFTPKTT TSGFGFGTTT TTAPTGFGGG FGGFGATTTA STGPAFSFTT PANTTSGLFG ATQNKGFGF GTGFGSTTTS TGLGTGLGTG LGFTGFNTSQ QQQQQSVLGA GLFNQSFQST PQSNQLINTA SALSAPTLLG D ERDAILAK WNQLQAFWGT GKGFFMNNTP PVEFTQENPF CRFKAVGFSY IPNNKDEDGL ISLIFNKKES DIRGQQQQLV ES LHKVLGG HQTLTVNVEG VKTKADNQTE VIIYVVERSP NGTSRRVGAS ALFSYFEQAH IKANMQQLGV TGAMAQTELS PVQ IKQLIQ NPLSGVDPII WEQAKVDNPD PERLIPVPMI GFKELLRRLE VQDQMTKQHQ SRLDIISEDI GELQKNQTTT MAKI GQYKR KLMELSHRVL QVLIKQEIQR KSGFAIQAEE EQLRVQLDTI QSELNAPTQF KGRLNELMSQ IRMQNHFGAV RSEEK YYVD ADLLREIKQH LKQQQEGVSH LISIIKDNHE DIKLIEQGLN DNLHMRTGFL S

UniProtKB: 54 kDa nucleoporin

+
分子 #6: IL4I1 protein

分子名称: IL4I1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 55.969496 KDa
配列文字列: MSGFNFGAAS AGGFSFGNPK STTTTAPTGF SFGAATAAPS GGFSFGTATP TPASTTGQTS GLFSFSNPAP SLAPTSGFSF GAQVTSTPA PSSGGLAFGA NTSKLNSGVG NQPAGGTTQT SQPMGGFSFG AATTQTQPSA TSVGGFSFAG GVGSTSTNVF A QPAASTGI ...文字列:
MSGFNFGAAS AGGFSFGNPK STTTTAPTGF SFGAATAAPS GGFSFGTATP TPASTTGQTS GLFSFSNPAP SLAPTSGFSF GAQVTSTPA PSSGGLAFGA NTSKLNSGVG NQPAGGTTQT SQPMGGFSFG AATTQTQPSA TSVGGFSFAG GVGSTSTNVF A QPAASTGI TLQSAVSTAA APTATTSQPT STFSFGTQPQ AAPALNFGLL SSSSVLSTAS TPAAAQPVAP TTGLSLNFGK PA DTSAAVT STGSTTTNTP SLSSLLGTSG PSLFSSVATS TVPSVVSTVA SGLSLTSTAT STGFGMKTLA SSAVPTGTLA TST ASLGVK APLAGTIVQA NAVGSAAATG ISTATAMTYA QLENLINKWS LELEDQEKHF LQQATQVNAW DRTLMQNGER ITTL HREME KVKLDQKRLD QELDFILSQQ KELEDLLTPL EESVKEQSGT IYLQHADEER EKTYKLAENI DAQLKRMAQD LKEVI EHLN TSAGPGDASN PLQQICKILN AHMDSLQWID QNSALLQRKV EQVTKECESR RKEQERGFSI AFD

UniProtKB: Nuclear pore glycoprotein p62

+
分子 #7: MGC84997 protein

分子名称: MGC84997 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 61.216863 KDa
配列文字列: MASGFSFGTA AASTTTLNPT AAAPFSFGAT PAASNTGTTG GLGFGAFNAA ATPATTTATT GLGGGLFGAK PAAGFTLGGA NTATATTTA ASTGFSVGFN KPAGSATPFS LPVTSTSSGG LSLASALTST PATGPSPFTL NLGSTPATTT AAATGLSLGG T LTGLGGSL ...文字列:
MASGFSFGTA AASTTTLNPT AAAPFSFGAT PAASNTGTTG GLGFGAFNAA ATPATTTATT GLGGGLFGAK PAAGFTLGGA NTATATTTA ASTGFSVGFN KPAGSATPFS LPVTSTSSGG LSLASALTST PATGPSPFTL NLGSTPATTT AAATGLSLGG T LTGLGGSL FQNTNPSATG LGQSTLGQST LGQSTLGQSL LGQSLLGQSL LGQSTLGQST LGQSLLGQSL LGLGLNLGAV AP VSQVTTH EGLGGLDFSS SSDKKSDKAG TRPEDSKALK DENLPQLLCQ DVENFQKFVK EQKQVQEEIS RMSSKAMLKV QED IKALKQ LLSVASSGLQ RNALAIDKLK IETAEELKNA EIALRTQKTP PGLQHENTAP ADYFHTLVQQ FEVQLQQYRQ QIEE LENHL ATQSNTLHLS PQDLSMAMQK LYQTFVALAA QLQAVNENFK MLKEQYLGYR KAFLGDSTDV FEARRAEAKK WQNAP RVTT GPTPFSNIPN AAAVAMAATL TQQQQPTTGF GSSSAFGGNT SGSSSFGFGT ANKPSGSLSA GFGSTSTSGF NFSNPG INA SAGLTFGVSN PSSTSFGTGQ LLQLKKPPAG NKRGKR

UniProtKB: MGC84997 protein

+
分子 #8: Aaas-prov protein

分子名称: Aaas-prov protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 57.120965 KDa
配列文字列: MCSLDLFPPP LDGSQLPLYE FNNEIVAGKG FDNPPPTFQS ELVNIPEPTI PVDALKAPGR MELSSKTAFI HQKESIWKRC LNAWHNVGL AGFLEEMSNS KEEVPPWLCH VTRCSLAVCR SVSSLHGSLF PHLTISPQMK SEDLTAEFSQ ALGWADCPLR A FAWHPHTY ...文字列:
MCSLDLFPPP LDGSQLPLYE FNNEIVAGKG FDNPPPTFQS ELVNIPEPTI PVDALKAPGR MELSSKTAFI HQKESIWKRC LNAWHNVGL AGFLEEMSNS KEEVPPWLCH VTRCSLAVCR SVSSLHGSLF PHLTISPQMK SEDLTAEFSQ ALGWADCPLR A FAWHPHTY KFALALLDDS IRIYTAGSPT IPTLKHRLQK DVASLAWKPM CASVLAVACQ SCVLVWHVDP TSLSTRPSSG CA QVLSHPG HSPVTSVCWS PKGGVLLSAS PVDTAMLVWD VPTESCIPLQ RVGGGGVTFL SWSPDGSKVL AATPSSVFRV WET QKWTCE RWPTLQGRCQ TGCWSPDGSR LLFAVKGESV IYSLCFSVSE GEAQAGVGGS QSATVVADVS EVVFTTHTGE IRVG GEIQS MCWDPSGERL AVLLKGNPEF EESQPVIAVF RTRNSPIFEL LPCGFIHGRK GETPQLFQFH PGFNKGALLS QLWSS GRVN HFPFYFVNAQ CPRFSPESIA VVPGNTISTA NPRTLFTER

UniProtKB: Aaas-prov protein

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分子 #9: Nucleoporin NDC1

分子名称: Nucleoporin NDC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 74.420305 KDa
配列文字列: MTMLGERLVL RWRVAASFAW SVILMPVCCA LFIVLSRIQI LHPIQWLTDS ISDLTSSYTI FCLLLICAIL GLQCTFLMEY YTVVPSIPC SRLALIGNLL LPHRILHSLA HVAMGVLASW CYAVLSKGKY QLLVVSCTLQ SEDEADKPSH CLNESHLFQL L CGAFFGYS ...文字列:
MTMLGERLVL RWRVAASFAW SVILMPVCCA LFIVLSRIQI LHPIQWLTDS ISDLTSSYTI FCLLLICAIL GLQCTFLMEY YTVVPSIPC SRLALIGNLL LPHRILHSLA HVAMGVLASW CYAVLSKGKY QLLVVSCTLQ SEDEADKPSH CLNESHLFQL L CGAFFGYS YSLQYFVHNM NYLSFPSIQQ YKYLQFRRFL PLIIKQSVFQ SLYFIRSYAI LYFCLGNIPR TWIQTALNLH MD RQQPSLD TLRGFLNLSL FYQIWLSGTF LLATWYMVWI LFRIYTTEAR IFPVQTSFAE EAEKCLPFIL NSNTLPLVKY LAM QDLVLL SQYSPSRRQE VFSLSQPGGH PHNWTSISKE CLNLMSSLTS RLIAHQEAAA NNGRMRVPSS PKQIRKSSSS SGTS LIEDS AEQTQNLSTI PRIGIPSLLK TASLKSSLDI GSPFATPGVK QMSESLDPNT PCHGSVQSPQ VTRRGAKLWT SDSDV QKNG SEVSPVMHRP VCNGAKQGIL HTWFQHKLVQ IKNVLSKRGL IMYLFSKHPE ASSQDVFADA QIHIWALEAL SHLVAA SFS EDRMGVVQTS LSSVLAILLT LQEAVEKHFK LPHASSKPAR NPGSLLDSSC KTLRFSLRAA LKTAIYRITT TFGEHLH AV PVSSEHKKKL QQFLDFKE

UniProtKB: Nucleoporin NDC1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2093631
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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