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万見
- EMDB-3256: Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in M... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3256
タイトルSubtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilC knockout
マップデータSubtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilC knockout
試料
  • 試料: Myxococcus xanthus DK1622 cells with the pilC gene knockout
  • 細胞器官・細胞要素: Type IVa pilus
キーワードtype IV pilus / motor / motility / adhesion
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Chang YW / Rettberg LA / Treuner-Lange A / Iwasa J / Sogaard-Andersen L / Jensen GJ
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Architecture of the type IVa pilus machine.
著者: Yi-Wei Chang / Lee A Rettberg / Anke Treuner-Lange / Janet Iwasa / Lotte Søgaard-Andersen / Grant J Jensen /
要旨: Type IVa pili are filamentous cell surface structures observed in many bacteria. They pull cells forward by extending, adhering to surfaces, and then retracting. We used cryo-electron tomography of ...Type IVa pili are filamentous cell surface structures observed in many bacteria. They pull cells forward by extending, adhering to surfaces, and then retracting. We used cryo-electron tomography of intact Myxococcus xanthus cells to visualize type IVa pili and the protein machine that assembles and retracts them (the type IVa pilus machine, or T4PM) in situ, in both the piliated and nonpiliated states, at a resolution of 3 to 4 nanometers. We found that T4PM comprises an outer membrane pore, four interconnected ring structures in the periplasm and cytoplasm, a cytoplasmic disc and dome, and a periplasmic stem. By systematically imaging mutants lacking defined T4PM proteins or with individual proteins fused to tags, we mapped the locations of all 10 T4PM core components and the minor pilins, thereby providing insights into pilus assembly, structure, and function.
履歴
登録2015年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月27日-
マップ公開2016年3月23日-
更新2016年3月23日-
現状2016年3月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3256.tif

emd_3256_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3256.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of a non-piliated type IVa pilus machine in Myxococcus xanthus cells with pilC knockout
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.8 Å/pix.
x 80 pix.
= 624. Å		7.8 Å/pix.
x 140 pix.
= 1092. Å		7.8 Å/pix.
x 80 pix.
= 624. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.11582662 - 0.2316256
平均 (標準偏差)0.01335489 (±0.05969534)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-25-51-51
サイズ1408080
Spacing1408080
セルA: 624.0 Å / B: 1092.0 Å / C: 624.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.87.87.8
M x/y/z8014080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z624.0001092.000624.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-51-25-51
NC/NR/NS8014080
D min/max/mean-0.1160.2320.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Myxococcus xanthus DK1622 cells with the pilC gene knockout

全体名称: Myxococcus xanthus DK1622 cells with the pilC gene knockout
要素
  • 試料: Myxococcus xanthus DK1622 cells with the pilC gene knockout
  • 細胞器官・細胞要素: Type IVa pilus

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超分子 #1000: Myxococcus xanthus DK1622 cells with the pilC gene knockout

超分子名称: Myxococcus xanthus DK1622 cells with the pilC gene knockout
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Type IVa pilus

超分子名称: Type IVa pilus / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Myxococcus xanthus (バクテリア) / 株: DK1622

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GATAN
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2013年12月26日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 150 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 26000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, TOMO3D, PEET / 使用したサブトモグラム数: 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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