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- EMDB-32521: Cryo-EM structure of E.coli membrane protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32521
タイトルCryo-EM structure of E.coli membrane protein complex
マップデータ
試料
  • 複合体: E.Coli protein complex
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードcomplex / MEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane protein complex / plasma membrane protein complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M41, FtsH extracellular / FtsH Extracellular / Peptidase, FtsH / Peptidase M41 / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. ...Peptidase M41, FtsH extracellular / FtsH Extracellular / Peptidase, FtsH / Peptidase M41 / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Qiao Z / Gao YG
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the entire FtsH-HflKC AAA protease complex.
著者: Zhu Qiao / Tatsuhiko Yokoyama / Xin-Fu Yan / Ing Tsyr Beh / Jian Shi / Sandip Basak / Yoshinori Akiyama / Yong-Gui Gao /
要旨: The membrane-bound AAA protease FtsH is the key player controlling protein quality in bacteria. Two single-pass membrane proteins, HflK and HflC, interact with FtsH to modulate its proteolytic ...The membrane-bound AAA protease FtsH is the key player controlling protein quality in bacteria. Two single-pass membrane proteins, HflK and HflC, interact with FtsH to modulate its proteolytic activity. Here, we present structure of the entire FtsH-HflKC complex, comprising 12 copies of both HflK and HflC, all of which interact reciprocally to form a cage, as well as four FtsH hexamers with periplasmic domains and transmembrane helices enclosed inside the cage and cytoplasmic domains situated at the base of the cage. FtsH K61/D62/S63 in the β2-β3 loop in the periplasmic domain directly interact with HflK, contributing to complex formation. Pull-down and in vivo enzymatic activity assays validate the importance of the interacting interface for FtsH-HflKC complex formation. Structural comparison with the substrate-bound human m-AAA protease AFG3L2 offers implications for the HflKC cage in modulating substrate access to FtsH. Together, our findings provide a better understanding of FtsH-type AAA protease holoenzyme assembly and regulation.
履歴
登録2022年1月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月1日-
マップ公開2022年6月1日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32521.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32521.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 160 pix.
= 219.648 Å		1.37 Å/pix.
x 160 pix.
= 219.648 Å		1.37 Å/pix.
x 160 pix.
= 219.648 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3728 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.172
最小 - 最大-0.0025919026 - 1.6172231
平均 (標準偏差)0.0043730447 (±0.04632784)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 219.648 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E.Coli protein complex

全体名称: E.Coli protein complex
要素
  • 複合体: E.Coli protein complex
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: E.Coli protein complex

超分子名称: E.Coli protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)

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分子 #1: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

分子名称: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 70.795055 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAKNLILWLV IAVVLMSVFQ SFGPSESNGR KVDYSTFLQE VNNDQVREAR INGREINVTK KDSNRYTTYI PVQDPKLLDN LLTKNVKVV GEPPEEPSLL ASIFISWFPM LLLIGVWIFF MRQMQGGGGK GAMSFGKSKA RMLTEDQIKT TFADVAGCDE A KEEVAELV ...文字列:
MAKNLILWLV IAVVLMSVFQ SFGPSESNGR KVDYSTFLQE VNNDQVREAR INGREINVTK KDSNRYTTYI PVQDPKLLDN LLTKNVKVV GEPPEEPSLL ASIFISWFPM LLLIGVWIFF MRQMQGGGGK GAMSFGKSKA RMLTEDQIKT TFADVAGCDE A KEEVAELV EYLREPSRFQ KLGGKIPKGV LMVGPPGTGK TLLAKAIAGE AKVPFFTISG SDFVEMFVGV GASRVRDMFE QA KKAAPCI IFIDQIDAVG RQRGAGLGGG HDEREQTLNQ MLVEMDGFEG NEGIIVIAAT NRPDVLDPAL LRPGRFDRQV VVG LPDVRG REQILKVHMR RVPLAPDIDA AIIARGTPGF SGADLANLVN EAALFAARGN KRVVSMVEFE KAKDKIMMGA ERRS MVMTE AQKESTAYHQ AGHAIIGRLV PEHDPVHKVT IIPRGRALGV TFFLPEGDAI SASRQKLESQ ISTLYGGRLA EEIIY GPEH VSTGASNDIK VATNLARNMV TQWGFSEKLG PLLYAEEEGE VFLGRSVAKA KHMSDETARI IDQEVKALIE RNYNRA RQL LTDNMDILHA MKDALMKYET IDAPQIDDLM ARRDVRPPAG WEEPGASNNS GDNGSPKAPR PVDEPRTPNP GNTMSEQ LG DK

UniProtKB: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

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分子 #2: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32359
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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