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- EMDB-32484: Human NLRP1 complexed with thioredoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32484
タイトルHuman NLRP1 complexed with thioredoxin
マップデータB-factor sharpened map
試料
  • 複合体: hNLRP1 complexed with sfTRX
    • 複合体: hNLRP1
      • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1, N-terminus
    • 複合体: sfTRX
      • タンパク質・ペプチド: Thioredoxin
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードNLRP1 / inflammasome / thioredoxin / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


NLRP1 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / self proteolysis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to UV-B ...NLRP1 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / self proteolysis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to UV-B / pyroptotic inflammatory response / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / response to muramyl dipeptide / antiviral innate immune response / protein-disulfide reductase activity / signaling adaptor activity / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / double-stranded RNA binding / peptidase activity / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / defense response to virus / defense response to bacterium / protein domain specific binding / apoptotic process / nucleolus / enzyme binding / signal transduction / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
FIIND domain / Function to find / FIIND domain profile. / CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. ...FIIND domain / Function to find / FIIND domain profile. / CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Thioredoxin / Leucine Rich Repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Thioredoxin / Leucine-rich repeat profile. / Death-like domain superfamily / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhang Z / Ohto U
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural basis for thioredoxin-mediated suppression of NLRP1 inflammasome.
著者: Zhikuan Zhang / Takuma Shibata / Akiko Fujimura / Jiro Kitaura / Kensuke Miyake / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu /
要旨: Inflammasome sensors detect pathogen- and danger-associated molecular patterns and promote inflammation and pyroptosis. NLRP1 was the first inflammasome sensor to be described, and its ...Inflammasome sensors detect pathogen- and danger-associated molecular patterns and promote inflammation and pyroptosis. NLRP1 was the first inflammasome sensor to be described, and its hyperactivation is linked to autoinflammatory disease and cancer. However, the mechanism underlying the activation and regulation of NLRP1 has not been clearly elucidated. Here we identify ubiquitously expressed endogenous thioredoxin (TRX) as a binder of NLRP1 and a suppressor of the NLRP1 inflammasome. The cryo-electron microscopy structure of human NLRP1 shows NLRP1 bound to Spodoptera frugiperda TRX. Mutagenesis studies of NLRP1 and human TRX show that TRX in the oxidized form binds to the nucleotide-binding domain subdomain of NLRP1. This observation highlights the crucial role of redox-active cysteines of TRX in NLRP1 binding. Cellular assays reveal that TRX suppresses NLRP1 inflammasome activation and thus negatively regulates NLRP1. Our data identify the TRX system as an intrinsic checkpoint for innate immunity and provide opportunities for future therapeutic intervention in NLRP1 inflammasome activation targeting this system.
履歴
登録2021年12月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2023年10月18日-
現状2023年10月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32484.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-factor sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.20341289 - 0.3748638
平均 (標準偏差)0.0002691291 (±0.007625023)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 199.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_32484_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened map

ファイルemd_32484_additional_2.map
注釈DeepEMhancer sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : hNLRP1 complexed with sfTRX

全体名称: hNLRP1 complexed with sfTRX
要素
  • 複合体: hNLRP1 complexed with sfTRX
    • 複合体: hNLRP1
      • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1, N-terminus
    • 複合体: sfTRX
      • タンパク質・ペプチド: Thioredoxin
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: hNLRP1 complexed with sfTRX

超分子名称: hNLRP1 complexed with sfTRX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: hNLRP1

超分子名称: hNLRP1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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超分子 #3: sfTRX

超分子名称: sfTRX / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1, N-terminus

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1, N-terminus
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.999953 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SFPYSPSEPH LGSPSQPTST AVLMPWIHEL PAGCTQGSER RVLRQLPDTS GRRWREISAS LLYQALPSSP DHESPSQESP NAPTSTAVL GSWGSPPQPS LAPREQEAPG TQWPLDETSG IYYTEIRERE REKSEKGRPP WAAVVGTPPQ AHTSLQPHHH P WEPSVRES ...文字列:
SFPYSPSEPH LGSPSQPTST AVLMPWIHEL PAGCTQGSER RVLRQLPDTS GRRWREISAS LLYQALPSSP DHESPSQESP NAPTSTAVL GSWGSPPQPS LAPREQEAPG TQWPLDETSG IYYTEIRERE REKSEKGRPP WAAVVGTPPQ AHTSLQPHHH P WEPSVRES LCSTWPWKNE DFNQKFTQLL LLQRPHPRSQ DPLVKRSWPD YVEENRGHLI EIRDLFGPGL DTQEPRIVIL QG AAGIGKS TLARQVKEAW GRGQLYGDRF QHVFYFSCRE LAQSKVVSLA ELIGKDGTAT PAPIRQILSR PERLLFILDG VDE PGWVLQ EPSSELCLHW SQPQPADALL GSLLGKTILP EASFLITART TALQNLIPSL EQARWVEVLG FSESSRKEYF YRYF TDERQ AIRAFRLVKS NKELWALCLV PWVSWLACTC LMQQMKRKEK LTLTSKTTTT LCLHYLAQAL QAQPLGPQLR DLCSL AAEG IWQKKTLFSP DDLRKHGLDG AIISTFLKMG ILQEHPIPLS YSFIHLCFQE FFAAMSYVLE DEKGRGKHSN CIIDLE KTL EAYGIHGLFG ASTTRFLLGL LSDEGEREME NIFHCRLSQG RNLMQWVPSL QLLLQPHSLE SLHCLYETRN KTFLTQV MA HFEEMGMCVE TDMELLVCTF CIKFSRHVKK LQLIEGRQHR STWSPTMVVL FRWVPVTDAY WQILFSVLKV TRNLKELD L SGNSLSHSAV KSLCKTLRRP RCLLETLRLA GCGLTAEDCK DLAFGLRANQ TLTELDLSFN VLTDAGAKHL CQRLRQPSC KLQRLQLVSC GLTSDCCQDL ASVLSASPSL KELDLQQNNL DDVGVRLLCE GLRHPACKLI RLGLDQTTLS DEMRQELRAL EQEKPQLLI FSRRKPSVMT P

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1

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分子 #2: Thioredoxin

分子名称: Thioredoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 11.94489 KDa
配列文字列:
MSIHIKDSDD LKNRLAEAGD KLVVIDFMAT WCGPCKMIGP KLDEMANEMS DCIVVLKVDV DECEDIATEY NINSMPTFVF VKNSKKIEE FSGANVDKLR NTIIKLK

UniProtKB: Thioredoxin

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分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 63.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72304
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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