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- EMDB-32341: cryo-EM structure of human NaV1.3/beta1/beta2-bulleyaconitineA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32341
タイトルcryo-EM structure of human NaV1.3/beta1/beta2-bulleyaconitineA
マップデータ
試料
  • 複合体: Sodium channel complex of type 3 subunit alpha with auxiliary subunits bata-1 and bata-2
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-2
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 3 subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
  • リガンド: [(1S,2R,3R,4R,5R,6S,8R,9S,13S,16S,17R,18R)-11-ethyl-5-hydroxy-6,16,18-trimethoxy-4-(4-methoxybenzoyl)-13-(methoxymethyl)-11-azahexacyclo[7.7.2.12,5.01,10.03,8.013,17]nonadecan-8-yl] acetate
キーワードIon channel / Drug / Antagonist / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / response to pyrethroid / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / cardiac conduction / regulation of sodium ion transmembrane transport / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential ...corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / response to pyrethroid / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / cardiac conduction / regulation of sodium ion transmembrane transport / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during action potential / positive regulation of sodium ion transport / axon initial segment / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / locomotion / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / node of Ranvier / voltage-gated sodium channel complex / sodium channel inhibitor activity / neuronal action potential propagation / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / sodium ion transport / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / behavioral response to pain / sarcoplasm / membrane depolarization / intercalated disc / sodium channel regulator activity / cardiac muscle contraction / T-tubule / sodium ion transmembrane transport / axon guidance / basal plasma membrane / positive regulation of neuron projection development / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / nervous system development / response to heat / gene expression / chemical synaptic transmission / perikaryon / transmembrane transporter binding / cell adhesion / synapse / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium ...Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Myelin P0 protein-related / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / IQ motif profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel regulatory subunit beta-2 / Sodium channel regulatory subunit beta-1 / Sodium channel protein type 3 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jiang D / Li X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for modulation of human Na1.3 by clinical drug and selective antagonist.
著者: Xiaojing Li / Feng Xu / Hao Xu / Shuli Zhang / Yiwei Gao / Hongwei Zhang / Yanli Dong / Yanchun Zheng / Bei Yang / Jianyuan Sun / Xuejun Cai Zhang / Yan Zhao / Daohua Jiang /
要旨: Voltage-gated sodium (Na) channels play fundamental roles in initiating and propagating action potentials. Na1.3 is involved in numerous physiological processes including neuronal development, ...Voltage-gated sodium (Na) channels play fundamental roles in initiating and propagating action potentials. Na1.3 is involved in numerous physiological processes including neuronal development, hormone secretion and pain perception. Here we report structures of human Na1.3/β1/β2 in complex with clinically-used drug bulleyaconitine A and selective antagonist ICA121431. Bulleyaconitine A is located around domain I-II fenestration, providing the detailed view of the site-2 neurotoxin binding site. It partially blocks ion path and expands the pore-lining helices, elucidating how the bulleyaconitine A reduces peak amplitude but improves channel open probability. In contrast, ICA121431 preferentially binds to activated domain IV voltage-sensor, consequently strengthens the Ile-Phe-Met motif binding to its receptor site, stabilizes the channel in inactivated state, revealing an allosterically inhibitory mechanism of Na channels. Our results provide structural details of distinct small-molecular modulators binding sites, elucidate molecular mechanisms of their action on Na channels and pave a way for subtype-selective therapeutic development.
履歴
登録2021年12月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月6日-
マップ公開2022年4月6日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32341.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32341.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.417
最小 - 最大-3.6531277 - 4.6782045
平均 (標準偏差)0.005347494 (±0.098711826)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sodium channel complex of type 3 subunit alpha with auxiliary sub...

全体名称: Sodium channel complex of type 3 subunit alpha with auxiliary subunits bata-1 and bata-2
要素
  • 複合体: Sodium channel complex of type 3 subunit alpha with auxiliary subunits bata-1 and bata-2
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-2
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 3 subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
  • リガンド: [(1S,2R,3R,4R,5R,6S,8R,9S,13S,16S,17R,18R)-11-ethyl-5-hydroxy-6,16,18-trimethoxy-4-(4-methoxybenzoyl)-13-(methoxymethyl)-11-azahexacyclo[7.7.2.12,5.01,10.03,8.013,17]nonadecan-8-yl] acetate

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超分子 #1: Sodium channel complex of type 3 subunit alpha with auxiliary sub...

超分子名称: Sodium channel complex of type 3 subunit alpha with auxiliary subunits bata-1 and bata-2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium channel subunit beta-1

分子名称: Sodium channel subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.732115 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGRLLALVVG AALVSSACGG CVEVDSETEA VYGMTFKILC ISCKRRSETN AETFTEWTFR QKGTEEFVKI LRYENEVLQL EEDERFEGR VVWNGSRGTK DLQDLSIFIT NVTYNHSGDY ECHVYRLLFF ENYEHNTSVV KKIHIEVVDK ANRDMASIVS E IMMYVLIV ...文字列:
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UniProtKB: Sodium channel regulatory subunit beta-1

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分子 #2: Sodium channel subunit beta-2

分子名称: Sodium channel subunit beta-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.355859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHRDAWLPRP AFSLTGLSLF FSLVPPGRSM EVTVPATLNV LNGSDARLPC TFNSCYTVNH KQFSLNWTYQ ECNNCSEEMF LQFRMKIIN LKLERFQDRV EFSGNPSKYD VSVMLRNVQP EDEGIYNCYI MNPPDRHRGH GKIHLQVLME EPPERDSTVA V IVGASVGG ...文字列:
MHRDAWLPRP AFSLTGLSLF FSLVPPGRSM EVTVPATLNV LNGSDARLPC TFNSCYTVNH KQFSLNWTYQ ECNNCSEEMF LQFRMKIIN LKLERFQDRV EFSGNPSKYD VSVMLRNVQP EDEGIYNCYI MNPPDRHRGH GKIHLQVLME EPPERDSTVA V IVGASVGG FLAVVILVLM VVKCVRRKKE QKLSTDDLKT EEEGKTDGEG NPDDGAK

UniProtKB: Sodium channel regulatory subunit beta-2

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分子 #3: Sodium channel protein type 3 subunit alpha

分子名称: Sodium channel protein type 3 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 221.036625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAQALLVPPG PESFRLFTRE SLAAIEKRAA EEKAKKPKKE QDNDDENKPK PNSDLEAGKN LPFIYGDIPP EMVSEPLEDL DPYYINKKT FIVMNKGKAI FRFSATSALY ILTPLNPVRK IAIKILVHSL FSMLIMCTIL TNCVFMTLSN PPDWTKNVEY T FTGIYTFE ...文字列:
MAQALLVPPG PESFRLFTRE SLAAIEKRAA EEKAKKPKKE QDNDDENKPK PNSDLEAGKN LPFIYGDIPP EMVSEPLEDL DPYYINKKT FIVMNKGKAI FRFSATSALY ILTPLNPVRK IAIKILVHSL FSMLIMCTIL TNCVFMTLSN PPDWTKNVEY T FTGIYTFE SLIKILARGF CLEDFTFLRD PWNWLDFSVI VMAYVTEFVS LGNVSALRTF RVLRALKTIS VIPGLKTIVG AL IQSVKKL SDVMILTVFC LSVFALIGLQ LFMGNLRNKC LQWPPSDSAF ETNTTSYFNG TMDSNGTFVN VTMSTFNWKD YIG DDSHFY VLDGQKDPLL CGNGSDAGQC PEGYICVKAG RNPNYGYTSF DTFSWAFLSL FRLMTQDYWE NLYQLTLRAA GKTY MIFFV LVIFLGSFYL VNLILAVVAM AYEEQNQATL EEAEQKEAEF QQMLEQLKKQ QEEAQAVAAA SAASRDFSGI GGLGE LLES SSEASKLSSK SAKEWRNRRK KRRQREHLEG NNKGERDSFP KSESEDSVKR SSFLFSMDGN RLTSDKKFCS PHQSLL SIR GSLFSPRRNS KTSIFSFRGR AKDVGSENDF ADDEHSTFED SESRRDSLFV PHRHGERRNS NVSQASMSSR MVPGLPA NG KMHSTVDCNG VVSLVGGPSA LTSPTGQLPP EGTTTETEVR KRRLSSYQIS MEMLEDSSGR QRAVSIASIL TNTMEELE E SRQKCPPCWY RFANVFLIWD CCDAWLKVKH LVNLIVMDPF VDLAITICIV LNTLFMAMEH YPMTEQFSSV LTVGNLVFT GIFTAEMVLK IIAMDPYYYF QEGWNIFDGI IVSLSLMELG LSNVEGLSVL RSFRLLRVFK LAKSWPTLNM LIKIIGNSVG ALGNLTLVL AIIVFIFAVV GMQLFGKSYK ECVCKINDDC TLPRWHMNDF FHSFLIVFRV LCGEWIETMW DCMEVAGQTM C LIVFMLVM VIGNLVVLNL FLALLLSSFS SDNLAATDDD NEMNNLQIAV GRMQKGIDYV KNKMRECFQK AFFRKPKVIE IH EGNKIDS CMSNNTGIEI SKELNYLRDG NGTTSGVGTG SSVEKYVIDE NDYMSFINNP SLTVTVPIAV GESDFENLNT EEF SSESEL EESKEKLNAT SSSEGSTVDV VLPREGEQAE TEPEEDLKPE ACFTEGCIKK FPFCQVSTEE GKGKIWWNLR KTCY SIVEH NWFETFIVFM ILLSSGALAF EDIYIEQRKT IKTMLEYADK VFTYIFILEM LLKWVAYGFQ TYFTNAWCWL DFLIV DVSL VSLVANALGY SELGAIKSLR TLRALRPLRA LSRFEGMRVV VNALVGAIPS IMNVLLVCLI FWLIFSIMGV NLFAGK FYH CVNMTTGNMF DISDVNNLSD CQALGKQARW KNVKVNFDNV GAGYLALLQV ATFKGWMDIM YAAVDSRDVK LQPVYEE NL YMYLYFVIFI IFGSFFTLNL FIGVIIDNFN QQKKKFGGQD IFMTEEQKKY YNAMKKLGSK KPQKPIPRPA NKFQGMVF D FVTRQVFDIS IMILICLNMV TMMVETDDQG KYMTLVLSRI NLVFIVLFTG EFVLKLVSLR HYYFTIGWNI FDFVVVILS IVGMFLAEMI EKYFVSPTLF RVIRLARIGR ILRLIKGAKG IRTLLFALMM SLPALFNIGL LLFLVMFIYA IFGMSNFAYV KKEAGIDDM FNFETFGNSM ICLFQITTSA GWDGLLAPIL NSAPPDCDPD TIHPGSSVKG DCGNPSVGIF FFVSYIIISF L VVVNMYIA VILENFSVAT EESAEPLSED DFEMFYEVWE KFDPDATQFI EFSKLSDFAA ALDPPLLIAK PNKVQLIAMD LP MVSGDRI HCLDILFAFT KRVLGESGEM DALRIQMEDR FMASNPSKVS YEPITTTLKR KQEEVSAAII QRNFRCYLLK QRL KNISSN YNKEAIKGRI DLPIKQDMII DKLNG

UniProtKB: Sodium channel protein type 3 subunit alpha

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #7: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

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分子 #8: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyl...

分子名称: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 16 / 式: 6OU
分子量理論値: 717.996 Da
Chemical component information

ChemComp-6OU:
[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE / リン脂質*YM

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分子 #9: [(1S,2R,3R,4R,5R,6S,8R,9S,13S,16S,17R,18R)-11-ethyl-5-hydroxy-6,1...

分子名称: [(1S,2R,3R,4R,5R,6S,8R,9S,13S,16S,17R,18R)-11-ethyl-5-hydroxy-6,16,18-trimethoxy-4-(4-methoxybenzoyl)-13-(methoxymethyl)-11-azahexacyclo[7.7.2.12,5.01,10.03,8.013,17]nonadecan-8-yl] acetate
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: 966
分子量理論値: 627.765 Da
Chemical component information

ChemComp-966:
[(1S,2R,3R,4R,5R,6S,8R,9S,13S,16S,17R,18R)-11-ethyl-5-hydroxy-6,16,18-trimethoxy-4-(4-methoxybenzoyl)-13-(methoxymethyl)-11-azahexacyclo[7.7.2.12,5.01,10.03,8.013,17]nonadecan-8-yl] acetate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1403849
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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