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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32334 | |||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of human KChIP2-Kv4.3 complex | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Kv channel-interacting protein 2 Potassium voltage-gated channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / ER retention sequence binding / positive regulation of voltage-gated potassium channel activity / Kv4.2-KChIP2 channel complex / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / clustering of voltage-gated potassium channels / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / potassium channel complex / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential ...ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / ER retention sequence binding / positive regulation of voltage-gated potassium channel activity / Kv4.2-KChIP2 channel complex / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / clustering of voltage-gated potassium channels / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / potassium channel complex / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / postsynaptic specialization membrane / regulation of heart contraction / regulation of heart rate by cardiac conduction / voltage-gated potassium channel activity / action potential / potassium channel activity / detection of calcium ion / potassium channel regulator activity / GABA-ergic synapse / muscle contraction / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transport / protein homooligomerization / sarcolemma / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / dendritic spine / neuronal cell body / synapse / dendrite / calcium ion binding / protein-containing complex binding / signal transduction / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Ma DM / Guo JT | |||||||||||||||
資金援助 | 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Structural basis for the gating modulation of Kv4.3 by auxiliary subunits. 著者: Demin Ma / Cheng Zhao / Xiaochen Wang / Xiaoxiao Li / Yi Zha / Yan Zhang / Guosheng Fu / Ping Liang / Jiangtao Guo / Dongwu Lai / | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32334.map.gz | 66.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32334-v30.xml emd-32334.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32334.png | 127.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32334.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32334 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32334 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of voltage-gated potassium channel Kv4.3 with KChIP2
全体 | 名称: Complex of voltage-gated potassium channel Kv4.3 with KChIP2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of voltage-gated potassium channel Kv4.3 with KChIP2
超分子 | 名称: Complex of voltage-gated potassium channel Kv4.3 with KChIP2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Kv channel-interacting protein 2
分子 | 名称: Kv channel-interacting protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 32.693582 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MRGQGRKESL SDSRDLDGSY DQLTGHPPGP TKKALKQRFL KLLPCCGPQA LPSVSETLAA PASLRPHRPR LLDPDSVDDE FELSTVCHR PEGLEQLQEQ TKFTRKELQV LYRGFKNECP SGIVNEENFK QIYSQFFPQG DSSTYATFLF NAFDTNHDGS V SFEDFVAG ...文字列: MRGQGRKESL SDSRDLDGSY DQLTGHPPGP TKKALKQRFL KLLPCCGPQA LPSVSETLAA PASLRPHRPR LLDPDSVDDE FELSTVCHR PEGLEQLQEQ TKFTRKELQV LYRGFKNECP SGIVNEENFK QIYSQFFPQG DSSTYATFLF NAFDTNHDGS V SFEDFVAG LSVILRGTVD DRLNWAFNLY DLNKDGCITK EEMLDIMKSI YDMMGKYTYP ALREEAPREH VESFFQKMDR NK DGVVTIE EFIESCQKDE NIMRSMQLFD NVILEGGSSG GHHHHHHHH UniProtKB: A-type potassium channel modulatory protein KCNIP2 |
-分子 #2: Isoform 2 of Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
分子 | 名称: Isoform 2 of Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 71.472781 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAAGVAAWLP FARAAAIGWM PVANCPMPLA PADKNKRQDE LIVLNVSGRR FQTWRTTLER YPDTLLGSTE KEFFFNEDTK EYFFDRDPE VFRCVLNFYR TGKLHYPRYE CISAYDDELA FYGILPEIIG DCCYEEYKDR KRENAERLMD DNDSENNQES M PSLSFRQT ...文字列: MAAGVAAWLP FARAAAIGWM PVANCPMPLA PADKNKRQDE LIVLNVSGRR FQTWRTTLER YPDTLLGSTE KEFFFNEDTK EYFFDRDPE VFRCVLNFYR TGKLHYPRYE CISAYDDELA FYGILPEIIG DCCYEEYKDR KRENAERLMD DNDSENNQES M PSLSFRQT MWRAFENPHT STLALVFYYV TGFFIAVSVI TNVVETVPCG TVPGSKELPC GERYSVAFFC LDTACVMIFT VE YLLRLFA APSRYRFIRS VMSIIDVVAI MPYYIGLVMT NNEDVSGAFV TLRVFRVFRI FKFSRHSQGL RILGYTLKSC ASE LGFLLF SLTMAIIIFA TVMFYAEKGS SASKFTSIPA SFWYTIVTMT TLGYGDMVPK TIAGKIFGSI CSLSGVLVIA LPVP VIVSN FSRIYHQNQR ADKRRAQKKA RLARIRVAKT GSSNAYLHSK RNGLLNEALE LTGTPEEEHM GKTTSLIESQ HHHLL HCLE KTTNHEFIDE QMFEQNCMES SMQNYPSTRS PSLSSHPGLT TTCCSRRSKK TTHLPNSNLP ATRLRSMQEL STIHIQ GSE QPSLTTSRSS LNLKADDGLR PNCKTSQITT AIISIPTPPA LTPEGESRPP PASPGPNTNI PSIASNVVKV SAL UniProtKB: A-type voltage-gated potassium channel KCND3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 240437 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |