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- EMDB-32295: Cryo-EM structure of plant receptor like protein RXEG1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32295
タイトルCryo-EM structure of plant receptor like protein RXEG1
マップデータ
試料
  • 複合体: plant receptor like protein RXEG1
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-localized LRR receptor-like protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードLRR / PTI / Glycoside hydrolase / Inhibitor / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to other organism / defense response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-localized LRR receptor-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana benthamiana (ナス科)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Sun Y / Wang Y / Zhang XX / Chen ZD / Xia YQ / Sun YJ / Zhang MM / Xiao Y / Han ZF / Wang YC / Chai JJ
資金援助 中国, ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Plant receptor-like protein activation by a microbial glycoside hydrolase.
著者: Yue Sun / Yan Wang / Xiaoxiao Zhang / Zhaodan Chen / Yeqiang Xia / Lei Wang / Yujing Sun / Mingmei Zhang / Yu Xiao / Zhifu Han / Yuanchao Wang / Jijie Chai /
要旨: Plants rely on cell-surface-localized pattern recognition receptors to detect pathogen- or host-derived danger signals and trigger an immune response. Receptor-like proteins (RLPs) with a leucine- ...Plants rely on cell-surface-localized pattern recognition receptors to detect pathogen- or host-derived danger signals and trigger an immune response. Receptor-like proteins (RLPs) with a leucine-rich repeat (LRR) ectodomain constitute a subgroup of pattern recognition receptors and play a critical role in plant immunity. Mechanisms underlying ligand recognition and activation of LRR-RLPs remain elusive. Here we report a crystal structure of the LRR-RLP RXEG1 from Nicotiana benthamiana that recognizes XEG1 xyloglucanase from the pathogen Phytophthora sojae. The structure reveals that specific XEG1 recognition is predominantly mediated by an amino-terminal and a carboxy-terminal loop-out region (RXEG1(ID)) of RXEG1. The two loops bind to the active-site groove of XEG1, inhibiting its enzymatic activity and suppressing Phytophthora infection of N. benthamiana. Binding of XEG1 promotes association of RXEG1(LRR) with the LRR-type co-receptor BAK1 through RXEG1(ID) and the last four conserved LRRs to trigger RXEG1-mediated immune responses. Comparison of the structures of apo-RXEG1(LRR), XEG1-RXEG1(LRR) and XEG1-BAK1-RXEG1(LRR) shows that binding of XEG1 induces conformational changes in the N-terminal region of RXEG1(ID) and enhances structural flexibility of the BAK1-associating regions of RXEG1(LRR). These changes allow fold switching of RXEG1(ID) for recruitment of BAK1(LRR). Our data reveal a conserved mechanism of ligand-induced heterodimerization of an LRR-RLP with BAK1 and suggest a dual function for the LRR-RLP in plant immunity.
履歴
登録2021年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32295.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32295.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 240 pix.
= 208.728 Å		0.87 Å/pix.
x 240 pix.
= 208.728 Å		0.87 Å/pix.
x 240 pix.
= 208.728 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8697 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.020151746 - 1.7261665
平均 (標準偏差)0.0020554715 (±0.032667592)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 208.728 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_32295_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_32295_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : plant receptor like protein RXEG1

全体名称: plant receptor like protein RXEG1
要素
  • 複合体: plant receptor like protein RXEG1
    • タンパク質・ペプチド: Membrane-localized LRR receptor-like protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: plant receptor like protein RXEG1

超分子名称: plant receptor like protein RXEG1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)

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分子 #1: Membrane-localized LRR receptor-like protein

分子名称: Membrane-localized LRR receptor-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
分子量理論値: 104.238852 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGKREYPSSA HFLVTLSLLL LQAAFGLTLC IEKERDALLE FKRGLSDNFG QLSTWGDEED KKECCKWKGI ECNKTTGHVI VLDLHNAFT CSASACFAPR LTGKLSPSLL ELEYLNFLDL SVNEFERSEI PRFICSFKRL EYLNLSSSFF SGLIPTQFKN L TSLRILDL ...文字列:
MGKREYPSSA HFLVTLSLLL LQAAFGLTLC IEKERDALLE FKRGLSDNFG QLSTWGDEED KKECCKWKGI ECNKTTGHVI VLDLHNAFT CSASACFAPR LTGKLSPSLL ELEYLNFLDL SVNEFERSEI PRFICSFKRL EYLNLSSSFF SGLIPTQFKN L TSLRILDL GYNNLIVKDL TWLSHLSSLE LLSLGGSDFQ VKNWFQEITK LPLLKELDLS LCGLSKLVPS PAEIANSSLI SL SVLHLCC NEFSSSAKYS WLFNFSTSLT SIDLSNNQLD GQIDDRFGNL MYLEHLNLAN ELNLKGGIPS SFGNLTRLRY LDM SNTRTY QWLPELFVRL SGSRKTLEVL GLNDNSMFGS LVDVTRFSAL KRLYLQKNVL NGFFMERFGQ VSSLEYLDLS DNQM RGPLP DLALFPSLRE LHLGSNHFNG RIPQGIGKLS QLKILDVSSN RLEGLPESMG QLSNLESFDA SYNVLKGTIT ESHLS NLSS LVDLDLSFNS LALKTSIDWL PPFQLQVINL PSCNLGPSFP KWLQSQNNYT VLDISLANIS DALPSWFSGL PPDIKI LNL SNNQISGRVS DLIENAYDYM VIDLSSNNFS GPLPLVPTNV QIFYLHKNQF FGSISSICKS TTGATSLDLS HNQFSGE LP DCWMNATNLA VLNLAYNNFS GKLPQSLGSL TNLEALYMRQ NSFSGMLPSL SQCQSLQILD LGGNKLTGRI PAWIGTDL L NLRILSLRFN KFYGSISPII CQLQFLQILD LSANGLAGKI PQCFNNFTLL HQENGLGEPM EFLVQGFYGK YPRHYSYLG NLLVQWKNQE AEYKNPLTYL KTIDLSSNKL VGGIPKEMAE MRGLKSLNLS RNDLNGSIIK GIGQMKMLES LDLSRNQLSG MIPKDLANL TFIGVLDLSN NHLSGRIPSS TQLQTFERSS YSGNAQLCGP PLQEC

UniProtKB: Membrane-localized LRR receptor-like protein

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 11 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 198042
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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