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- EMDB-32252: Cryo-EM structure of human cohesin-CTCF-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32252
タイトルCryo-EM structure of human cohesin-CTCF-DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Human cohesin-NIPBL-CTCF-DNA complex
    • 複合体: Human cohesin-NIPBL-CTCF
      • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • 複合体: DNA
      • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードCohesin / NIPBL / CTCF / DNA / chromosome folding / topologically associating domain / chromatin loops / DNA loop extrusion / sister chromatid cohesion / complex / ATPase / HEAT repeat protein / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


eye morphogenesis / external genitalia morphogenesis / gallbladder development / SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / ear morphogenesis / chromatin loop anchoring activity / regulation of hair cycle / cohesin loader activity / response to DNA damage checkpoint signaling ...eye morphogenesis / external genitalia morphogenesis / gallbladder development / SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / ear morphogenesis / chromatin loop anchoring activity / regulation of hair cycle / cohesin loader activity / response to DNA damage checkpoint signaling / chromatin insulator sequence binding / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / forelimb morphogenesis / embryonic viscerocranium morphogenesis / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Cohesin Loading onto Chromatin / meiotic cohesin complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / uterus morphogenesis / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / positive regulation of sister chromatid cohesion / regulation of developmental growth / establishment of protein localization to chromatin / negative regulation of glial cell apoptotic process / embryonic digestive tract morphogenesis / chromo shadow domain binding / positive regulation of neuron migration / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mediator complex binding / protein localization to chromosome, centromeric region / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / cellular response to X-ray / genomic imprinting / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / integrator complex / lateral element / metanephros development / positive regulation of multicellular organism growth / chromatin looping / positive regulation of ossification / embryonic forelimb morphogenesis / reciprocal meiotic recombination / digestive tract development / cardiac muscle cell development / face morphogenesis / microtubule motor activity / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / negative regulation of interleukin-1 beta production / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / stem cell population maintenance / mitotic spindle pole / lncRNA binding / fat cell differentiation / dynein complex binding / regulation of DNA replication / outflow tract morphogenesis / mitotic sister chromatid segregation / positive regulation of interleukin-10 production / regulation of embryonic development / negative regulation of tumor necrosis factor production / chromosome, centromeric region / somatic stem cell population maintenance / developmental growth / mitotic spindle assembly / beta-tubulin binding / heart morphogenesis / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / condensed chromosome / protein localization to chromatin / Meiotic synapsis / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / epigenetic regulation of gene expression / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator binding / meiotic cell cycle / male germ cell nucleus / mitochondrion organization / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / sensory perception of sound / response to radiation / brain development / kinetochore / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cognition / histone deacetylase binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear matrix / spindle pole / sequence-specific double-stranded DNA binding / Separation of Sister Chromatids / transcription corepressor activity / intracellular protein localization / double-strand break repair
類似検索 - 分子機能
HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Sister chromatid cohesion C-terminal domain / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / : / : / Cohesin subunit SCC3/SA, HEAT-repeats domain / : ...HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Sister chromatid cohesion C-terminal domain / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / : / : / Cohesin subunit SCC3/SA, HEAT-repeats domain / : / C2H2 zinc finger / Smc1, ATP-binding cassette domain / STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA / STAG domain / Stromalin conservative domain / Stromalin conservative (SCD) domain profile. / : / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Double-strand-break repair protein rad21 homolog / Transcriptional repressor CTCF / Structural maintenance of chromosomes protein 1A / Nipped-B-like protein / Cohesin subunit SA-1 / Structural maintenance of chromosomes protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Shi ZB / Bai XC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124096, GM143158, GM136976 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP160667-P2, RP160082 米国
Welch FoundationI-1441, I-1944 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: CTCF and R-loops are boundaries of cohesin-mediated DNA looping.
著者: Hongshan Zhang / Zhubing Shi / Edward J Banigan / Yoori Kim / Hongtao Yu / Xiao-Chen Bai / Ilya J Finkelstein /
要旨: Cohesin and CCCTC-binding factor (CTCF) are key regulatory proteins of three-dimensional (3D) genome organization. Cohesin extrudes DNA loops that are anchored by CTCF in a polar orientation. Here, ...Cohesin and CCCTC-binding factor (CTCF) are key regulatory proteins of three-dimensional (3D) genome organization. Cohesin extrudes DNA loops that are anchored by CTCF in a polar orientation. Here, we present direct evidence that CTCF binding polarity controls cohesin-mediated DNA looping. Using single-molecule imaging, we demonstrate that a critical N-terminal motif of CTCF blocks cohesin translocation and DNA looping. The cryo-EM structure of the cohesin-CTCF complex reveals that this CTCF motif ahead of zinc fingers can only reach its binding site on the STAG1 cohesin subunit when the N terminus of CTCF faces cohesin. Remarkably, a C-terminally oriented CTCF accelerates DNA compaction by cohesin. DNA-bound Cas9 and Cas12a ribonucleoproteins are also polar cohesin barriers, indicating that stalling may be intrinsic to cohesin itself. Finally, we show that RNA-DNA hybrids (R-loops) block cohesin-mediated DNA compaction in vitro and are enriched with cohesin subunits in vivo, likely forming TAD boundaries.
履歴
登録2021年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月31日-
マップ公開2023年5月31日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32252.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32252.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.44 Å/pix.
x 360 pix.
= 518.4 Å		1.44 Å/pix.
x 360 pix.
= 518.4 Å		1.44 Å/pix.
x 360 pix.
= 518.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.44 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.032
最小 - 最大-0.12225401 - 0.22339071
平均 (標準偏差)0.000029603441 (±0.003944391)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 518.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human cohesin-NIPBL-CTCF-DNA complex

全体名称: Human cohesin-NIPBL-CTCF-DNA complex
要素
  • 複合体: Human cohesin-NIPBL-CTCF-DNA complex
    • 複合体: Human cohesin-NIPBL-CTCF
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 1A
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Double-strand-break repair protein rad21 homolog
      • タンパク質・ペプチド: Cohesin subunit SA-1
      • タンパク質・ペプチド: Nipped-B-like protein
      • タンパク質・ペプチド: Transcriptional repressor CTCF
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (118-MER)
      • DNA: DNA (118-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Human cohesin-NIPBL-CTCF-DNA complex

超分子名称: Human cohesin-NIPBL-CTCF-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: Human cohesin-NIPBL-CTCF

超分子名称: Human cohesin-NIPBL-CTCF / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #8

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7

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分子 #1: Structural maintenance of chromosomes protein 1A

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 143.485094 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGFLKLIEIE NFKSYKGRQI IGPFQRFTAI IGPNGSGKSN LMDAISFVLG EKTSNLRVKT LRDLIHGAPV GKPAANRAFV SMVYSEEGA EDRTFARVIV GGSSEYKINN KVVQLHEYSE ELEKLGILIK ARNFLVFQGA VESIAMKNPK ERTALFEEIS R SGELAQEY ...文字列:
MGFLKLIEIE NFKSYKGRQI IGPFQRFTAI IGPNGSGKSN LMDAISFVLG EKTSNLRVKT LRDLIHGAPV GKPAANRAFV SMVYSEEGA EDRTFARVIV GGSSEYKINN KVVQLHEYSE ELEKLGILIK ARNFLVFQGA VESIAMKNPK ERTALFEEIS R SGELAQEY DKRKKEMVKA EEDTQFNYHR KKNIAAERKE AKQEKEEADR YQRLKDEVVR AQVQLQLFKL YHNEVEIEKL NK ELASKNK EIEKDKKRMD KVEDELKEKK KELGKMMREQ QQIEKEIKEK DSELNQKRPQ YIKAKENTSH KIKKLEAAKK SLQ NAQKHY KKRKGDMDEL EKEMLSVEKA RQEFEERMEE ESQSQGRDLT LEENQVKKYH RLKEEASKRA ATLAQELEKF NRDQ KADQD RLDLEERKKV ETEAKIKQKL REIEENQKRI EKLEEYITTS KQSLEEQKKL EGELTEEVEM AKRRIDEINK ELNQV MEQL GDARIDRQES SRQQRKAEIM ESIKRLYPGS VYGRLIDLCQ PTQKKYQIAV TKVLGKNMDA IIVDSEKTGR DCIQYI KEQ RGEPETFLPL DYLEVKPTDE KLRELKGAKL VIDVIRYEPP HIKKALQYAC GNALVCDNVE DARRIAFGGH QRHKTVA LD GTLFQKSGVI SGGASDLKAK ARRWDEKAVD KLKEKKERLT EELKEQMKAK RKEAELRQVQ SQAHGLQMRL KYSQSDLE Q TKTRHLALNL QEKSKLESEL ANFGPRINDI KRIIQSRERE MKDLKEKMNQ VEDEVFEEFC REIGVRNIRE FEEEKVKRQ NEIAKKRLEF ENQKTRLGIQ LDFEKNQLKE DQDKVHMWEQ TVKKDENEIE KLKKEEQRHM KIIDETMAQL QDLKNQHLAK KSEVNDKNH EMEEIRKKLG GANKEMTHLQ KEVTAIETKL EQKRSDRHNL LQACKMQDIK LPLSKGTMDD ISQEEGSSQG E DSVSGSQR ISSIYAREAL IEIDYGDLCE DLKDAQAEEE IKQEMNTLQQ KLNEQQSVLQ RIAAPNMKAM EKLESVRDKF QE TSDEFEA ARKRAKKAKQ AFEQIKKERF DRFNACFESV ATNIDEIYKA LSRNSSAQAF LGPENPEEPY LDGINYNCVA PGK RFRPMD NLSGGEKTVA ALALLFAIHS YKPAPFFVLD EIDAALDNTN IGKVANYIKE QSTCNFQAIV ISLKEEFYTK AESL IGVYP EQGDCVISKV LTFDLTKYPD ANPNPNEQ

UniProtKB: Structural maintenance of chromosomes protein 1A

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分子 #2: Structural maintenance of chromosomes protein 3

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 141.771562 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MYIKQVIIQG FRSYRDQTIV DPFSSKHNVI VGRNGSGKSN FFYAIQFVLS DEFSHLRPEQ RLALLHEGTG PRVISAFVEI IFDNSDNRL PIDKEEVSLR RVIGAKKDQY FLDKKMVTKN DVMNLLESAG FSRSNPYYIV KQGKINQMAT APDSQRLKLL R EVAGTRVY ...文字列:
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UniProtKB: Structural maintenance of chromosomes protein 3

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分子 #3: Double-strand-break repair protein rad21 homolog

分子名称: Double-strand-break repair protein rad21 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.556102 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MFYAHFVLSK RGPLAKIWLA AHWDKKLTKA HVFECNLESS VESIISPKVK MALRTSGHLL LGVVRIYHRK AKYLLADCNE AFIKIKMAF RPGVVDLPEE NREAAYNAIT LPEEFHDFDQ PLPDLDDIDV AQQFSLNQSR VEEITMREEV GNISILQEND F GDFGMDDR ...文字列:
MFYAHFVLSK RGPLAKIWLA AHWDKKLTKA HVFECNLESS VESIISPKVK MALRTSGHLL LGVVRIYHRK AKYLLADCNE AFIKIKMAF RPGVVDLPEE NREAAYNAIT LPEEFHDFDQ PLPDLDDIDV AQQFSLNQSR VEEITMREEV GNISILQEND F GDFGMDDR EIMAEGSAFE DDDMLVSTTT SNLLLESEQS TSNLNEKINH LEYEDQYKDD NFGEGNDGGI LDDKLISNND GG IFDDPPA LSEAGVMLPE QPAHDDMDED DNVSMGGPDS PASVDPVEPM PTMTDQTTLV PNEEEAFALE PIDITVKETK AKR KRKLIV DSVKELDSKT IRAQLSDYSD IVTTLDLAPP TKKLMMWKET GGVEKLFSLP AQPLWNNRLL KLFTRCLTPL VPED LRKRR KGGEADNLDE FLKEFENPEV PREDQQQQHQ QRDVIDEPII EEPSALQESV MEASRTNIDE SAMPPPPPQG VKRKA GQID PEPVMPPQQV EQMEIPPVEL PPEEPPNICQ LIPELELLPE KEKEKEKEKE DDEEEEDEDA SGGDQDQEER RWNKRT QQM LHGLQRALAK TGAESISLLE LCRNTNRKQA AAKFYSFLVL KKQQAIELTQ EEPYSDIIAT PGPRFHII

UniProtKB: Double-strand-break repair protein rad21 homolog

+
分子 #4: Cohesin subunit SA-1

分子名称: Cohesin subunit SA-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 144.616969 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MITSELPVLQ DSTNETTAHS DAGSELEETE VKGKRKRGRP GRPPSTNKKP RKSPGEKSRI EAGIRGAGRG RANGHPQQNG EGEPVTLFE VVKLGKSAMQ SVVDDWIESY KQDRDIALLD LINFFIQCSG CRGTVRIEMF RNMQNAEIIR KMTEEFDEDS G DYPLTMPG ...文字列:
MITSELPVLQ DSTNETTAHS DAGSELEETE VKGKRKRGRP GRPPSTNKKP RKSPGEKSRI EAGIRGAGRG RANGHPQQNG EGEPVTLFE VVKLGKSAMQ SVVDDWIESY KQDRDIALLD LINFFIQCSG CRGTVRIEMF RNMQNAEIIR KMTEEFDEDS G DYPLTMPG PQWKKFRSNF CEFIGVLIRQ CQYSIIYDEY MMDTVISLLT GLSDSQVRAF RHTSTLAAMK LMTALVNVAL NL SIHQDNT QRQYEAERNK MIGKRANERL ELLLQKRKEL QENQDEIENM MNSIFKGIFV HRYRDAIAEI RAICIEEIGV WMK MYSDAF LNDSYLKYVG WTLHDRQGEV RLKCLKALQS LYTNRELFPK LELFTNRFKD RIVSMTLDKE YDVAVEAIRL VTLI LHGSE EALSNEDCEN VYHLVYSAHR PVAVAAGEFL HKKLFSRHDP QAEEALAKRR GRNSPNGNLI RMLVLFFLES ELHEH AAYL VDSLWESSQE LLKDWECMTE LLLEEPVQGE EAMSDRQESA LIELMVCTIR QAAEAHPPVG RGTGKRVLTA KERKTQ IDD RNKLTEHFII TLPMLLSKYS ADAEKVANLL QIPQYFDLEI YSTGRMEKHL DALLKQIKFV VEKHVESDVL EACSKTY SI LCSEEYTIQN RVDIARSQLI DEFVDRFNHS VEDLLQEGEE ADDDDIYNVL STLKRLTSFH NAHDLTKWDL FGNCYRLL K TGIEHGAMPE QIVVQALQCS HYSILWQLVK ITDGSPSKED LLVLRKTVKS FLAVCQQCLS NVNTPVKEQA FMLLCDLLM IFSHQLMTGG REGLQPLVFN PDTGLQSELL SFVMDHVFID QDEENQSMEG DEEDEANKIE ALHKRRNLLA AFSKLIIYDI VDMHAAADI FKHYMKYYND YGDIIKETLS KTRQIDKIQC AKTLILSLQQ LFNELVQEQG PNLDRTSAHV SGIKELARRF A LTFGLDQI KTREAVATLH KDGIEFAFKY QNQKGQEYPP PNLAFLEVLS EFSSKLLRQD KKTVHSYLEK FLTEQMMERR ED VWLPLIS YRNSLVTGGE DDRMSVNSGS SSSKTSSVRN KKGRPPLHKK RVEDESLDNT WLNRTDTMIQ TPGPLPAPQL TST VLRENS RPMGDQIQEP ESEHGSEPDF LHNPQMQISW LGQPKLEDLN RKDRTGMNYM KVRTGVRHAV RGLMEEDAEP IFED VMMSS RSQLEDMNEE FEDTMVIDLP PSRNRRERAE LRPDFFDSAA IIEDDSGFGM PMF

UniProtKB: Cohesin subunit SA-1

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分子 #5: Nipped-B-like protein

分子名称: Nipped-B-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 167.830547 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SLSEVARKMK KKEKQKKRKA YEPKLTPEEM MDSSTFKRFT ASIENILDNL EDMDFTAFGD DDEIPQELLL GKHQLNELGS ESAKIKAMG IMDKLSTDKT VKVLNILEKN IQDGSKLSTL LNHNNDTEEE ERLWRDLIME RVTKSADACL TTINIMTSPN M PKAVYIED ...文字列:
SLSEVARKMK KKEKQKKRKA YEPKLTPEEM MDSSTFKRFT ASIENILDNL EDMDFTAFGD DDEIPQELLL GKHQLNELGS ESAKIKAMG IMDKLSTDKT VKVLNILEKN IQDGSKLSTL LNHNNDTEEE ERLWRDLIME RVTKSADACL TTINIMTSPN M PKAVYIED VIERVIQYTK FHLQNTLYPQ YDPVYRLDPH GGGLLSSKAK RAKCSTHKQR VIVMLYNKVC DIVSSLSELL EI QLLTDTT ILQVSSMGIT PFFVENVSEL QLCAIKLVTA VFSRYEKHRQ LILEEIFTSL ARLPTSKRSL RNFRLNSSDM DGE PMYIQM VTALVLQLIQ CVVHLPSSEK DSNAEEDSNK KIDQDVVITN SYETAMRTAQ NFLSIFLKKC GSKQGEEDYR PLFE NFVQD LLSTVNKPEW PAAELLLSLL GRLLVHQFSN KSTEMALRVA SLDYLGTVAA RLRKDAVTSK MDQGSIERIL KQVSG GEDE IQQLQKALLD YLDENTETDP SLVFSRKFYI AQWFRDTTLE TEKAMKSQKD EESSEGTHHA KEIETTGQIM HRAENR KKF LRSIIKTTPS QFSTLKMNSD TVDYDDACLI VRYLASMRPF AQSFDIYLTQ ILRVLGENAI AVRTKAMKCL SEVVAVD PS ILARLDMQRG VHGRLMDNST SVREAAVELL GRFVLCRPQL AEQYYDMLIE RILDTGISVR KRVIKILRDI CIEQPTFP K ITEMCVKMIR RVNDEEGIKK LVNETFQKLW FTPTPHNDKE AMTRKILNIT DVVAACRDTG YDWFEQLLQN LLKSEEDSS YKPVKKACTQ LVDNLVEHIL KYEESLADSD NKGVNSGRLV ACITTLFLFS KIRPQLMVKH AMTMQPYLTT KCSTQNDFMV ICNVAKILE LVVPLMEHPS ETFLATIEED LMKLIIKYGM TVVQHCVSCL GAVVNKVTQN FKFVWACFNR YYGAISKLKS Q HQEDPNNT SLLTNKPALL RSLFTVGALC RHFDFDLEDF KGNSKVNIKD KVLELLMYFT KHSDEEVQTK AIIGLGFAFI QH PSLMFEQ EVKNLYNNIL SDKNSSVNLK IQVLKNLQTY LQEEDTRMQQ ADRDWKKVAK QEDLKEMGDV SSGMSSSIMQ LYL KQVLEA FFHTQSSVRH FALNVIALTL NQGLIHPVQC VPYLIAMGTD PEPAMRNKAD QQLVEIDKKY AGFIHMKAVA GMKM SYQVQ QAINTCLKDP VRGFRQDESS SALCSHLYSM IRGNRQHRRA FLISLLNLFD DTAKTDVTML LYIADNLACF PYQTQ EEPL FIMHHIDITL SVSGSNLLQS FKESMVKDKR KERKSSPSKE NESSDSEEEV SRPRKSRKRV DSDSDSDSED DINSVM KCL PENSAPLIEF ANVSQGILLL LMLKQHLKNL CGFSDSKIQK YSPSESAKVY DKAINRKTGV HFHPKQTLDF LRSDMAN SK ITEEVKRSIV KQYLDFKLLM EHLDP

UniProtKB: Nipped-B-like protein

+
分子 #8: Transcriptional repressor CTCF

分子名称: Transcriptional repressor CTCF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.928758 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEGDAVEAIV EESETFIKGK ERKTYQRRRE GGQEEDACHL PQNQTDGGEV VQDVNSSVQM VMMEQLDPTL LQMKTEVMEG TVAPEAEAA VDDTQIITLQ VVNMEEQPIN IGELQLVQVP VPVTVPVATT SVEELQGAYE NEVSKEGLAE SEPMICHTLP L PEGFQVVK ...文字列:
MEGDAVEAIV EESETFIKGK ERKTYQRRRE GGQEEDACHL PQNQTDGGEV VQDVNSSVQM VMMEQLDPTL LQMKTEVMEG TVAPEAEAA VDDTQIITLQ VVNMEEQPIN IGELQLVQVP VPVTVPVATT SVEELQGAYE NEVSKEGLAE SEPMICHTLP L PEGFQVVK VGANGEVETL EQGELPPQED PSWQKDPDYQ PPAKKTKKTK KSKLRYTEEG KDVDVSVYDF EEEQQEGLLS EV NAEKVVG NMKPPKPTKI KKKGVKKTFQ CELCSYTCPR RSNLDRHMKS HTDERPHKCH LCGRAFRTVT LLRNHLNTHT GTR PHKCPD CDMAFVTSGE LVRHRRYKHT HEKPFKCSMC DYASVEVSKL KRHIRSHTGE RPFQCSLCSY ASRDTYKLKR HMRT HSGEK PYECYICHAR FTQSGTMKMH ILQKHTENVA KFHCPHCDTV IARKSDLGVH LRKQHSYIEQ GKKCRYCDAV FHERY ALIQ HQKSHKNEKR FKCDQCDYAC RQERHMIMHK RTHTGEKPYA CSHCDKTFRQ KQLLDMHFKR YHDPNFVPAA FVCSKC GKT FTRRNTMARH ADNCAGPDGV EGENGGETKK SKRGRKRKMR SKKEDSSDSE NAEPDLDDNE DEEEPAVEIE PEPEPQP VT PAPPPAKKRR GRPPGRTNQP KQNQPTAIIQ VEDQNTGAIE NIIVEVKKEP DAEPAEGEEE EAQPAATDAP NGDLTPEM I LSMMDR

UniProtKB: Transcriptional repressor CTCF

+
分子 #6: DNA (118-MER)

分子名称: DNA (118-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.202281 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC) ...文字列:
(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT) (DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA) (DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT)(DC)(DT)(DG) (DT)(DG)(DG)(DG)(DC) (DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT) (DT)(DG)(DC)

+
分子 #7: DNA (118-MER)

分子名称: DNA (118-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.605387 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DA) (DG)(DT)(DG)(DA)(DG) ...文字列:
(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DA) (DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG) (DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DC)

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #10: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 11 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2185704
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

21658

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 42704
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6wge

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5t0u

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5yef

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5yel

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6qnx

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7w1m:
Cryo-EM structure of human cohesin-CTCF-DNA complex

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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