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万見
- EMDB-32228: Structure of the Acidobacteria homodimeric reaction center bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32228
タイトルStructure of the Acidobacteria homodimeric reaction center bound with cytochrome c (the larger form)
マップデータ
試料
  • 複合体: CabRC complex, the larger form
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 12種
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid / iron-sulfur cluster binding / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Cytochrome c / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily ...Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Cytochrome c / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein / Cytochrome c domain-containing protein / Cytochrome c, mono-and diheme variants / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Huang GQ / Dong SS / Qin XC / Sui SF
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the Acidobacteria homodimeric reaction center bound with cytochrome c.
著者: Shishang Dong / Guoqiang Huang / Changhui Wang / Jiajia Wang / Sen-Fang Sui / Xiaochun Qin /
要旨: Photosynthesis converts light energy to chemical energy to fuel life on earth. Light energy is harvested by antenna pigments and transferred to reaction centers (RCs) to drive the electron transfer ...Photosynthesis converts light energy to chemical energy to fuel life on earth. Light energy is harvested by antenna pigments and transferred to reaction centers (RCs) to drive the electron transfer (ET) reactions. Here, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of two forms of the RC from the microaerophilic Chloracidobacterium thermophilum (CabRC): one containing 10 subunits, including two different cytochromes; and the other possessing two additional subunits, PscB and PscZ. The larger form contained 2 Zn-bacteriochlorophylls, 16 bacteriochlorophylls, 10 chlorophylls, 2 lycopenes, 2 hemes, 3 FeS clusters, 12 lipids, 2 Ca ions and 6 water molecules, revealing a type I RC with an ET chain involving two hemes and a hybrid antenna containing bacteriochlorophylls and chlorophylls. Our results provide a structural basis for understanding the excitation energy and ET within the CabRC and offer evolutionary insights into the origin and adaptation of photosynthetic RCs.
履歴
登録2021年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2023年2月22日-
現状2023年2月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32228.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32228.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 220 pix.
= 238.15 Å		1.08 Å/pix.
x 220 pix.
= 238.15 Å		1.08 Å/pix.
x 220 pix.
= 238.15 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.0103453 - 2.3813515
平均 (標準偏差)0.008471262 (±0.09360899)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 238.15 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CabRC complex, the larger form

全体名称: CabRC complex, the larger form
要素
  • 複合体: CabRC complex, the larger form
    • タンパク質・ペプチド: PscA
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c, mono-and diheme variants
    • タンパク質・ペプチド: PscE
    • タンパク質・ペプチド: PscF
    • タンパク質・ペプチド: PscG
    • タンパク質・ペプチド: undefined polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
    • タンパク質・ペプチド: PscD'
  • リガンド: [methyl 9-acetyl-14-ethyl-20-hydroxy-4,8,13,18-tetramethyl-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,20,21-tetradehydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]zinc
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: LYCOPENE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: [(2~{R})-2-[2-(methylamino)ethoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: [(2~{S})-2-[[(1~{R})-1,2-bis(13-methyltetradecanoyloxy)ethoxy]methyl]-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]-trimethyl-azanium
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: [(2S)-2-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: water

+
超分子 #1: CabRC complex, the larger form

超分子名称: CabRC complex, the larger form / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)

+
分子 #1: PscA

分子名称: PscA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 98.537555 KDa
配列文字列: ANGVKRWYQK LELPMPPERI FGAHMMLIGG LACLIGTYFF ASMTMWNDGY VNLTLRPRLI SLGIYDPYDT EQIQRVWLPL IGEFSTSKL PFFGQYPLTM TDFRLFGWGC FHIGLGLWLV YAGAAHYYGA RGGATIGEIF WLLPYVPGLK GLCQIKWFTP E GPWYKVGL ...文字列:
ANGVKRWYQK LELPMPPERI FGAHMMLIGG LACLIGTYFF ASMTMWNDGY VNLTLRPRLI SLGIYDPYDT EQIQRVWLPL IGEFSTSKL PFFGQYPLTM TDFRLFGWGC FHIGLGLWLV YAGAAHYYGA RGGATIGEIF WLLPYVPGLK GLCQIKWFTP E GPWYKVGL PWGSFANTPW PILRRTYADA LSPHTIYIGL LFFIWGFVLW FVLDKPPVPL QPAQVMTPNG LMPLEQAPFP YG WFDPYLN QVMHPMNTIN GETTMCFVWG VLFVALGAYW WYRPPRSINI THLEDTKAVF HVHLTAIGYV SFALAIVGFL ALR NHPSYL MLNDMNVIIY GKKIVNPGRM IHNMITFNHV QVGLLYVAAG VFHGGQYLHG LNISGAYKQA RSKFITWFQN PDLQ TKIVG TTMFVSFVTV VFGYGMICWN TGAELDLNFG IYQFRSFRAI QMDGEAGNIG YRVFRPKNPW DPTAGGDWVK NPDGT AKLV KARNLQVGDR ILNEELGIGS SPTYSFTTIE EINYKPEWGQ PKLYAVQWGS WTHFLRKVNP LFWVDKGIWY LQNQKT FEA TRKADEAYLA AHLKAVSLLN QIDDAQTEEA KQKAQAELDK FRPELEKAHA NMLEWNERLA STPAVLYSNL RDQHRDG EI NDAIFFWLMI GGWLFGFIPL LRIAFHNYQS PWYRDFEWRK QSPDFPCIGP VKGGTCGVSI QDQLWFCILF SIKPLSAI A WYLDGGWIAT MMARGNEAYY LTHNISHTGG VFLYMWNETT WIWTDNHLTA MLLLGHLIWF VSFALWFKDR GSRAEGGDI QSRWVRLMGK RLGIKTLQEV RFPVSNLATA KLWGTVFFYT GTFVLVFLYF ADGFFQNR

+
分子 #2: Cytochrome c, mono-and diheme variants

分子名称: Cytochrome c, mono-and diheme variants / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 22.36982 KDa
配列文字列: LLVGGCFVGS RDPNETRYPK APMPLQNQTS TLKTAEEIRR ESVAQNTPGA REAAALRDRV TPLNLQQVNE QDVAGNDPLG SPARVVLDE GEMYRDPVEI YREGRALFQN NCVGCHGHNG CGNVPRSTNF TDPGWQENNS DGGIYSSIYN GKGIGNGGGA M PAYYNQLS ...文字列:
LLVGGCFVGS RDPNETRYPK APMPLQNQTS TLKTAEEIRR ESVAQNTPGA REAAALRDRV TPLNLQQVNE QDVAGNDPLG SPARVVLDE GEMYRDPVEI YREGRALFQN NCVGCHGHNG CGNVPRSTNF TDPGWQENNS DGGIYSSIYN GKGIGNGGGA M PAYYNQLS PQQIRYLVAY LRAFKGRQCN GLPTLSDVER MVAERQ

+
分子 #3: PscE

分子名称: PscE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 3.684458 KDa
配列文字列:
MTAILLACLF VLGGYAALWG IIKFVVANTK DIAAN

+
分子 #4: PscF

分子名称: PscF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 3.885684 KDa
配列文字列:
MWNVVGQIIS VLCFFILTVG TLFGIVYVSH LLSRG

+
分子 #5: PscG

分子名称: PscG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 4.293273 KDa
配列文字列:
DISKVAWAWF GVLLAICLIG AFGNYVPKLF VKMLMFLN

+
分子 #6: undefined polypeptide

分子名称: undefined polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 1.635006 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #7: Cytochrome c domain-containing protein

分子名称: Cytochrome c domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 15.664669 KDa
配列文字列:
VMATGCFVGA RNASEPRLGS SSIAASRTAP AYLREAQVLY EGSTDGLPKD TPADEIAHYK AMLAELQTRN YAACAGCHQV NGGGNKAIN ATNFQDAGWQ ANNSSPGMVT SIVNGKGKVM PAYKDKLTLQ QINYLVEYIR RFEKKR

+
分子 #8: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein

分子名称: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 8.19933 KDa
配列文字列:
QIYTIIEELC IGCGFCTDEC PPKVNAILPR DVEAVLDGGE TYWIDQTRCI SCSLCFVAGT CPTDAVVFTE GGVSRT

+
分子 #9: PscD'

分子名称: PscD' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chloracidobacterium thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 8.622735 KDa
配列文字列:
MARTPEEIVK RYKEANIWLR HWKQQIGLAK DEEQREMFTQ YYEERVQEIA ALEEPYRAAL KILNQQESQR

+
分子 #10: [methyl 9-acetyl-14-ethyl-20-hydroxy-4,8,13,18-tetramethyl-3-{3-o...

分子名称: [methyl 9-acetyl-14-ethyl-20-hydroxy-4,8,13,18-tetramethyl-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,20,21-tetradehydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]zinc
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: 2GO
分子量理論値: 948.576 Da
Chemical component information

ChemComp-2GO:
[methyl 9-acetyl-14-ethyl-20-hydroxy-4,8,13,18-tetramethyl-3-{3-oxo-3-[(3,7,11,15-tetramethylhexadec-2-en-1-yl)oxy]propyl}-3,4,20,21-tetradehydrophorbine-21-carboxylatato(2-)-kappa~4~N~23~,N~24~,N~25~,N~26~]zinc

+
分子 #11: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 16 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #12: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 10 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #13: LYCOPENE

分子名称: LYCOPENE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: LYC
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-LYC:
LYCOPENE / 15-cis-リコペン

+
分子 #14: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #15: [(2~{R})-2-[2-(methylamino)ethoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-(13-m...

分子名称: [(2~{R})-2-[2-(methylamino)ethoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 6 / 式: 85I
分子量理論値: 663.906 Da
Chemical component information

ChemComp-85I:
[(2~{R})-2-[2-(methylamino)ethoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate

+
分子 #16: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 32 / 式: UNL
分子量理論値: 663.906 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #17: [(2~{S})-2-[[(1~{R})-1,2-bis(13-methyltetradecanoyloxy)ethoxy]met...

分子名称: [(2~{S})-2-[[(1~{R})-1,2-bis(13-methyltetradecanoyloxy)ethoxy]methyl]-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]-trimethyl-azanium
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 4 / 式: 85N
分子量理論値: 671.023 Da
Chemical component information

ChemComp-85N:
[(2~{S})-2-[[(1~{R})-1,2-bis(13-methyltetradecanoyloxy)ethoxy]methyl]-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]-trimethyl-azanium

+
分子 #18: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #19: [(2S)-2-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetra...

分子名称: [(2S)-2-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: 84Q
分子量理論値: 649.879 Da
Chemical component information

ChemComp-84Q:
[(2S)-2-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-(13-methyltetradecanoyloxy)ethyl] 13-methyltetradecanoate

+
分子 #20: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #21: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 6 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 52612
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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