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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of infectious bursal disease virus Gt strain | |||||||||
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![]() | IBDV / icosahedral / attenuated / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Bao KY / Zhu P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of infectious bursal disease viruses with different virulences provide insights into their assembly and invasion 著者: Bao K / Qi X / Lia Y / Gong M / Wang M / Zhu P | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.3 GB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 207.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 761.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 761.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Infectious bursal disease virus
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Infectious bursal disease virus
超分子 | 名称: Infectious bursal disease virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10995 / 生物種: Infectious bursal disease virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Structural polyprotein
分子 | 名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 47.192113 KDa |
配列 | 文字列: MTNLQDQTQQ IVPFIRSLLM PTTGPASIPD DTLEKHTLRS ETSTYNLTVG DTGSGLIVFF PGFPGSIVGA HYTLQGNGNY KFDQMLLTA QNLPASYNYC RLVSRSLTVR SSTLPGGVYA LNGTINAVTF QGSLSELTDV SYNGLMSATA NINDKIGNVL V GEGVTVLS ...文字列: MTNLQDQTQQ IVPFIRSLLM PTTGPASIPD DTLEKHTLRS ETSTYNLTVG DTGSGLIVFF PGFPGSIVGA HYTLQGNGNY KFDQMLLTA QNLPASYNYC RLVSRSLTVR SSTLPGGVYA LNGTINAVTF QGSLSELTDV SYNGLMSATA NINDKIGNVL V GEGVTVLS LPTSYDLGYV RLGDPIPAIG LDPKMVATCD SSDRPRVYTI TAADDYQFSS QYQPGGVTIT LFSANIDAIT SL SVGGELV FRTSVHGLVL GATIYLIGFD GTTVITRAVA ANNGLTTGTD NLMPFNLVIP TNEITQPITS IKLEIVTSKS GGQ AGDQMS WSARGSLAVT IHGGNYPGAL RPVTLVAYER VATGSVVTVA GVSNFELIPN PELAKNLVTE YGRFDPGAMN YTKL ILSER DRLGIKTVWP TREYTDFREY FMEVADLNSP LKIAGA UniProtKB: Structural polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 47.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3917 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |