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- PDB-7vrn: Structure of infectious bursal disease virus Gt strain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vrn
タイトルStructure of infectious bursal disease virus Gt strain
要素Structural polyprotein
キーワードVIRUS / IBDV / icosahedral / attenuated
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
icosahedral virus / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. ...icosahedral virus / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Avian infectious bursal disease virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bao, K.Y. / Zhu, P.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31430087 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31425007 中国
引用ジャーナル: Sci Bull (Beijing) / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of infectious bursal disease viruses with different virulences provide insights into their assembly and invasion
著者: Bao, K. / Qi, X. / Lia, Y. / Gong, M. / Wang, M. / Zhu, P.
履歴
登録2021年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural polyprotein
K: Structural polyprotein
F: Structural polyprotein
L: Structural polyprotein
M: Structural polyprotein
I: Structural polyprotein
C: Structural polyprotein
H: Structural polyprotein
J: Structural polyprotein
D: Structural polyprotein
G: Structural polyprotein
B: Structural polyprotein
E: Structural polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)613,49713
ポリマ－613,49713
非ポリマー00
水00
1
A: Structural polyprotein
K: Structural polyprotein
F: Structural polyprotein
L: Structural polyprotein
M: Structural polyprotein
I: Structural polyprotein
C: Structural polyprotein
H: Structural polyprotein
J: Structural polyprotein
D: Structural polyprotein
G: Structural polyprotein
B: Structural polyprotein
E: Structural polyprotein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,809,848780
ポリマ－36,809,848780
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Structural polyprotein
K: Structural polyprotein
F: Structural polyprotein
L: Structural polyprotein
M: Structural polyprotein
I: Structural polyprotein
C: Structural polyprotein
H: Structural polyprotein
J: Structural polyprotein
D: Structural polyprotein
G: Structural polyprotein
B: Structural polyprotein
E: Structural polyprotein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 3.07 MDa, 65 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,067,48765
ポリマ－3,067,48765
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Structural polyprotein
K: Structural polyprotein
F: Structural polyprotein
L: Structural polyprotein
M: Structural polyprotein
I: Structural polyprotein
C: Structural polyprotein
H: Structural polyprotein
J: Structural polyprotein
D: Structural polyprotein
G: Structural polyprotein
B: Structural polyprotein
E: Structural polyprotein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.68 MDa, 78 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,680,98578
ポリマ－3,680,98578
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
Structural polyprotein / Structural protein VP2 / PP


分子量: 47192.113 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Avian infectious bursal disease virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q98VX2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Infectious bursal disease virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Infectious bursal disease virus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Gallus gallus
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 47.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3917 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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