EMDB-32099: Cryo-EM structure of Streptavidin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-32099

タイトル

Cryo-EM structure of Streptavidin

マップデータ

試料

複合体: Streptavidin

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Liu N / Zheng LM / Peng HL / Wang HW

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Streptavidin
著者: Liu N / Zheng LM / Peng HL / Wang HW

履歴

登録	2021年10月22日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年10月26日	-
マップ公開	2022年10月26日	-
更新	2022年10月26日	-
現状	2022年10月26日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_32099.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_32099.map.gz	6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-32099-v30.xml emd-32099.xml	11.6 KB 11.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_32099.png	106.3 KB
マスクデータ	emd_32099_msk_1.map	30.5 MB		マスクマップ
その他	emd_32099_half_map_1.map.gz emd_32099_half_map_2.map.gz	22.1 MB 22.1 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32099 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32099	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_32099_validation.pdf.gz	576.2 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_32099_full_validation.pdf.gz	575.8 KB	表示
XML形式データ	emd_32099_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_32099_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32099 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32099	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gvkM M: このマップから作成された原子モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_32099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.52 Å/pix. x 200 pix. = 103.82 Å	0.52 Å/pix. x 200 pix. = 103.82 Å	0.52 Å/pix. x 200 pix. = 103.82 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.5191 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.0165
最小 - 最大	-0.050165642 - 0.07984289
平均 (標準偏差)	0.0002116636 (±0.0036963574)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_32099_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_32099_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_32099_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Streptavidin

全体	名称: Streptavidin
要素	複合体: Streptavidin

-
超分子 #1: Streptavidin

超分子	名称: Streptavidin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア)
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	0.2 mg/mL
緩衝液	pH: 7.4
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.30000000000000004 nm
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 260390
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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