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- EMDB-32097: Inward-facing structure of human EAAT2 in the WAY213613-bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32097
タイトルInward-facing structure of human EAAT2 in the WAY213613-bound state
マップデータ
試料
  • 複合体: EAAT2
    • タンパク質・ペプチド: Excitatory amino acid transporter 2
  • リガンド: (2S)-2-azanyl-4-[[4-[2-bromanyl-4,5-bis(fluoranyl)phenoxy]phenyl]amino]-4-oxidanylidene-butanoic acid
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードtransporter / MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter reuptake / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / membrane protein complex / cysteine transmembrane transporter activity / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / visual behavior / glutamate:sodium symporter activity / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity ...neurotransmitter reuptake / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / membrane protein complex / cysteine transmembrane transporter activity / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / visual behavior / glutamate:sodium symporter activity / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transport / D-aspartate import across plasma membrane / glutathione biosynthetic process / : / telencephalon development / L-aspartate import across plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / monoatomic anion transmembrane transporter activity / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / L-glutamate import across plasma membrane / transepithelial transport / astrocyte projection / neuron projection terminus / neurotransmitter transport / cellular response to cocaine / adult behavior / protein homotrimerization / transport across blood-brain barrier / axolemma / response to amino acid / monoatomic ion transport / positive regulation of glucose import / multicellular organism growth / response to wounding / presynaptic membrane / cell body / chemical synaptic transmission / vesicle / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / glutamatergic synapse / cell surface / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Excitatory amino acid transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Kato T / Kusakizako T / Yamashita K / Nishizawa T / Nureki O
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insights into inhibitory mechanism of human excitatory amino acid transporter EAAT2.
著者: Takafumi Kato / Tsukasa Kusakizako / Chunhuan Jin / Xinyu Zhou / Ryuichi Ohgaki / LiLi Quan / Minhui Xu / Suguru Okuda / Kan Kobayashi / Keitaro Yamashita / Tomohiro Nishizawa / Yoshikatsu ...著者: Takafumi Kato / Tsukasa Kusakizako / Chunhuan Jin / Xinyu Zhou / Ryuichi Ohgaki / LiLi Quan / Minhui Xu / Suguru Okuda / Kan Kobayashi / Keitaro Yamashita / Tomohiro Nishizawa / Yoshikatsu Kanai / Osamu Nureki /
要旨: Glutamate is a pivotal excitatory neurotransmitter in mammalian brains, but excessive glutamate causes numerous neural disorders. Almost all extracellular glutamate is retrieved by the glial ...Glutamate is a pivotal excitatory neurotransmitter in mammalian brains, but excessive glutamate causes numerous neural disorders. Almost all extracellular glutamate is retrieved by the glial transporter, Excitatory Amino Acid Transporter 2 (EAAT2), belonging to the SLC1A family. However, in some cancers, EAAT2 expression is enhanced and causes resistance to therapies by metabolic disturbance. Despite its crucial roles, the detailed structural information about EAAT2 has not been available. Here, we report cryo-EM structures of human EAAT2 in substrate-free and selective inhibitor WAY213613-bound states at 3.2 Å and 2.8 Å, respectively. EAAT2 forms a trimer, with each protomer consisting of transport and scaffold domains. Along with a glutamate-binding site, the transport domain possesses a cavity that could be disrupted during the transport cycle. WAY213613 occupies both the glutamate-binding site and cavity of EAAT2 to interfere with its alternating access, where the sensitivity is defined by the inner environment of the cavity. We provide the characterization of the molecular features of EAAT2 and its selective inhibition mechanism that may facilitate structure-based drug design for EAAT2.
履歴
登録2021年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32097.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32097.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.039
最小 - 最大-0.29415092 - 0.4349853
平均 (標準偏差)0.0014081341 (±0.017826917)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin595959
サイズ122122122
Spacing122122122
セルA=B=C: 151.89 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_32097_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_32097_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_32097_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EAAT2

全体名称: EAAT2
要素
  • 複合体: EAAT2
    • タンパク質・ペプチド: Excitatory amino acid transporter 2
  • リガンド: (2S)-2-azanyl-4-[[4-[2-bromanyl-4,5-bis(fluoranyl)phenoxy]phenyl]amino]-4-oxidanylidene-butanoic acid
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: EAAT2

超分子名称: EAAT2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Excitatory amino acid transporter 2

分子名称: Excitatory amino acid transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.016879 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASTEGANNM PKQVEVRMHD SHLGSEEPKH RHLGLRLCDK LGKNLLLTLT VFGVILGAVC GGLLRLASPI HPDVVMLIAF PGDILMRML KMLILPLIIS SLITGLSGLD AKASGRLGTR AMVYYMSTTI IAAVLGVILV LAIHPGNPKL KKQLGPGKKN D EVSSLDAF ...文字列:
MASTEGANNM PKQVEVRMHD SHLGSEEPKH RHLGLRLCDK LGKNLLLTLT VFGVILGAVC GGLLRLASPI HPDVVMLIAF PGDILMRML KMLILPLIIS SLITGLSGLD AKASGRLGTR AMVYYMSTTI IAAVLGVILV LAIHPGNPKL KKQLGPGKKN D EVSSLDAF LDLIRNLFPE NLVQACFQQI QTVTKKVLVA PPPDEEANAT SAVVSLLNET VTEVPEETKM VIKKGLEFKD GM NVLGLIG FFIAFGIAMG KMGDQAKLMV DFFNILNEIV MKLVIMIMWY SPLGIACLIC GKIIAIKDLE VVARQLGMYM VTV IIGLII HGGIFLPLIY FVVTRKNPFS FFAGIFQAWI TALGTASSAG TLPVTFRCLE ENLGIDKRVT RFVLPVGATI NMDG TALYE AVAAIFIAQM NGVVLDGGQI VTVSLTATLA SVGAASIPSA GLVTMLLILT AVGLPTEDIS LLVAVDWLLD RMRTS VNVV GDSFGAGIVY HLSKSELDTI DSQHRVHEDI EMTKTQSIYD DMKNHRESNS NQCVYAAHNS VIVDECKVTL AANGKS ADC SVEEEPWKRE KENLYFQG

UniProtKB: Excitatory amino acid transporter 2

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分子 #2: (2S)-2-azanyl-4-[[4-[2-bromanyl-4,5-bis(fluoranyl)phenoxy]phenyl]...

分子名称: (2S)-2-azanyl-4-[[4-[2-bromanyl-4,5-bis(fluoranyl)phenoxy]phenyl]amino]-4-oxidanylidene-butanoic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GJ0
分子量理論値: 415.186 Da
Chemical component information

ChemComp-GJ0:
(2S)-2-azanyl-4-[[4-[2-bromanyl-4,5-bis(fluoranyl)phenoxy]phenyl]amino]-4-oxidanylidene-butanoic acid / WAY-213613 / 阻害剤*YM

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分子 #3: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #5: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 527996
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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