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万見
- EMDB-31975: Cryo-EM structure of Machupo virus polymerase L in complex with m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31975
タイトルCryo-EM structure of Machupo virus polymerase L in complex with matrix protein Z
マップデータCryo-EM structure of Machupo virus L-Z complex
試料
  • 複合体: Machupo virus polymerase in complex with matrix protein Z
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,RING finger protein Z
  • リガンド: ZINC ION
キーワードPolymerase / matrix protein / complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / detection of maltose stimulus / viral budding via host ESCRT complex / maltose transport complex / cap snatching / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport ...RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / detection of maltose stimulus / viral budding via host ESCRT complex / maltose transport complex / cap snatching / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / viral budding from plasma membrane / cell chemotaxis / virion component / outer membrane-bounded periplasmic space / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / periplasmic space / hydrolase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA damage response / host cell plasma membrane / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RING finger protein Z, zinc finger / RING finger protein Z, arenaviridae / Protein Z, RING-type zinc finger superfamily / P-11 zinc finger / RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus ...RING finger protein Z, zinc finger / RING finger protein Z, arenaviridae / Protein Z, RING-type zinc finger superfamily / P-11 zinc finger / RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / RNA-directed RNA polymerase L / RING finger protein Z
類似検索 - 構成要素
生物種Machupo mammarenavirus (ウイルス) / Machupo virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Zhang X / Ma J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of Machupo virus polymerase in complex with matrix protein Z.
著者: Jun Ma / Shuangyue Zhang / Xinzheng Zhang /
要旨: The Arenaviridae family includes several viruses that cause severe human hemorrhagic fevers with high mortality, with no effective countermeasures currently available. The arenavirus multi-domain L ...The Arenaviridae family includes several viruses that cause severe human hemorrhagic fevers with high mortality, with no effective countermeasures currently available. The arenavirus multi-domain L protein is involved in viral transcription and replication and represents a promising target for antiviral drugs. The arenavirus matrix protein Z is a small multi-functional protein that inhibits the activities of the L protein. Here we report the structure of Machupo virus L protein in complex with Z determined by cryo-electron microscopy. The Z protein acts as a staple and binds the L protein with 1:1 stoichiometry at the intersection between the PA-C-like region, RNA-dependent RNA polymerase and PB2-N-like region. Binding of the Z protein may lock the multiple domains of L into a fixed arrangement leading to loss of catalytic activity. These results further our understanding of the inhibitory mechanism of arenavirus replication machinery and provide a novel perspective to develop antiviral drugs.
履歴
登録2021年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月29日-
マップ公開2021年9月29日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.067
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.067
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7vgq
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of Machupo virus L-Z complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.6 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.067 / ムービー #1: 0.067
最小 - 最大-0.3748704 - 0.5411106
平均 (標準偏差)0.0010858312 (±0.016655369)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 192.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.61.61.6
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z192.000192.000192.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535455
NX/NY/NZ134138134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.3750.5410.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Machupo virus polymerase in complex with matrix protein Z

全体名称: Machupo virus polymerase in complex with matrix protein Z
要素
  • 複合体: Machupo virus polymerase in complex with matrix protein Z
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,RING finger protein Z
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Machupo virus polymerase in complex with matrix protein Z

超分子名称: Machupo virus polymerase in complex with matrix protein Z
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Machupo mammarenavirus (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Machupo virus (ウイルス)
分子量理論値: 253.456344 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDEYVQELKG LIRKHIPDRC EFAHQKVTFL SQVHPSPLLT EGFKLLSSLV ELESCEAHAC QANTDQRFVD VILSDNGILC PTLPKVIPD GFKLTGKTLI LLETFVRVNP DEFEKKWKAD MSKLLNLKHD LQKSGVTLVP IVDGRSNYNN RFVADWVIER M RWLLIEIL ...文字列:
MDEYVQELKG LIRKHIPDRC EFAHQKVTFL SQVHPSPLLT EGFKLLSSLV ELESCEAHAC QANTDQRFVD VILSDNGILC PTLPKVIPD GFKLTGKTLI LLETFVRVNP DEFEKKWKAD MSKLLNLKHD LQKSGVTLVP IVDGRSNYNN RFVADWVIER M RWLLIEIL KASKSMLEID IEDQEYQRLI HSLSNVKNQS LGLENLEHLK RNSLDYDERL NESLFIGLKG DIRESTVREE LI KLKMWFK DEVFSKGLGK FKLTDRRELL ESLSSLGAHL DSDVSSCPFC NNKLMEIVYN VTFSSVERTD GAATVDQQFS TTH TNIEKH YLSVLSLCNK IKGLKVFNTR RNTLLFLDLI MVNLMVDISE SCQDAIESLR KSGLIVGQMV MLVNDRVLDI LEAI KLIRK KIGTNPNWVK NCSKILERSH PEIWLQLNTL IRQPDFNSLI SIAQYLVSDR PIMRYSVERG SDKICRHKLF QEMSS FEQM RLFKTLSSIS LSLINSMKTS FSSRLLVNER EFSKYFGNVR LRECYAQRFY LAESLVGFLF YQKTGERSRC YSVYLS DNG VMSEQGSFYC DPKRFFLPVF SDEVLAGMCE EMTSWLDFDT GLMNDTGPIL RLLVLAILCS PSKRNQTFLQ GLRYFLM AF ANQIHHIDLI SKLVVECKSS SEVVVQRLAV GLFIRLLGGE SDASSFFSRR FKYLLNVSYL CHLITKETPD RLTDQIKC F EKFIEPKVKF GCAVVNPSLN GKLTVDQEDI MINGLKKFFS KSLRDTEDVQ TPGVCKELLN YCVSLFNRGK LKVSGELKN NPFRPNITST ALDLSSNKSV VIPKLDELGN ILSTYDKEKL VSACVSSMAE RFKTKGRYNL DPESTDYLIL KNLTGLVSAG PKAKSSQEE LSLMYETLTE EQVESFNEIK YDVQVALAKM ADNSVNTRIK NLGRADNSVK NGNNPLDNLW SPFGVMKEIR A EVSLHEVK DFDPDVLPSD VYKELCDAVY KSSEKCNFFL EEVLDVCPLG LLLKNLTTSS YMEEEYFMCF KYLLIQGHFD QK LGSYEHK SRSRLGFTDE TLRLKDEVRL SIRESNSEAI ADKLDKSYFT NAALRNLCFY SEDSPTEFTS ISSNSGNLKF GLS YKEQVG SNRELYVGDL NTKLMTRLVE DFSEAVGNSM KYTCLNSEKE FERAICDMKM AVNNGDLSCS YDHSKWGPTM SPAL FLALL QMLELRTPVD RSKIDLDSVK SILKWHLHKV VEVPINVAEA YCIGKLKRSL GLMGCGSTSL SEEFFHQTMQ LSGQI PSHI MSVLDMGQGI LHNTSDLYGL ITEQFLCYAL DLLYDVIPVS YTSSDDQITL VKTPSLDIEG GSDAAEWLEM ICFHEF LSS KLNKFVSPKS VIGTFVAEFK SRFFVMGEET PLLTKFVSAA LHNVKCKTPT QLSETIDTIC DQCIANGVST KIVARIS KR VNQLIRYSGY GDTPFGAIED QDVKDWVDGS RGYRLQRKIE AIFYDDKETS FIRNCARKVF NDIKRGRIFE ENLINLIG R GGDEALTGFL QYAGCSEQEV NRVLNYRWVN LSSFGDLRLV LRTKLMTSRR VLEREEVPTL IKTLQSKLSR NFTKGVKKI LAESINKSAF QSSVASGFIG FCKSMGSKCV RDGKGGFLYI KEVYSGINVC ICEICALKPK IIYCNDSLNK VSQFSKPILW DYFSLVLTN ACELGEWVFS TVKEPQKPLV LNNQNFFWAV KPKVVRQIED QLGMNHVLQS IRRNYPVLFD EHLAPFMNDL Q VSRTMDSG RLKFLDVCIA LDMMNENLGI ISHLLKTRDN SVYIVKQSDC ALAHIRQSSY TDWELGLSPQ QICTNFKTQL VL SSMVNPL VLSTSCLKSF FWFNEVLELE DDSQIELAEL TDFALMVKNQ NVSRAMFVED IAMGYVVSNF EGVRISLSNV MVD GVQLPP KEKAPDVGVL FGLKAENVIV GLVVQIDHVR MSTKFKLRRK MVYSFSLECT MDVGDIQNKE VILKVVAVDQ SVSG SGGNH MLLDGVPVIA SLPLFTGQAS FDLAAMLIES NLAGSNDNFL MSNVTLDLGG FSPELSDKYS YRLSGPENQE DPLVL KDGA FYVGGERLST YKVELTGDLV VKALGALEDD EGVVSMLHQL WPYLKATSQV ILFQQEDFTI VHDLYKIQLT KSIESF GEW IEFTNFKVAY SKSLKELVIS DTQGSFRLKG VMCRPLANTL QVEDIEWSHP QFEKGGGSGG GSGGSSAWSH PQFEK

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,RING finger protein Z

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,RING finger protein Z
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Machupo virus (ウイルス)
分子量理論値: 54.913883 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHHHK IEEGKLVIWI NGDKGYNGLA EVGKKFEKDT GIKVTVEHPD KLEEKFPQVA ATGDGPDIIF WAHDRFGGYA QSGLLAEIT PDKAFQDKLY PFTWDAVRYN GKLIAYPIAV EALSLIYNKD LLPNPPKTWE EIPALDKELK AKGKSALMFN L QEPYFTWP ...文字列:
MHHHHHHHHK IEEGKLVIWI NGDKGYNGLA EVGKKFEKDT GIKVTVEHPD KLEEKFPQVA ATGDGPDIIF WAHDRFGGYA QSGLLAEIT PDKAFQDKLY PFTWDAVRYN GKLIAYPIAV EALSLIYNKD LLPNPPKTWE EIPALDKELK AKGKSALMFN L QEPYFTWP LIAADGGYAF KYENGKYDIK DVGVDNAGAK AGLTFLVDLI KNKHMNADTD YSIAEAAFNK GETAMTINGP WA WSNIDTS KVNYGVTVLP TFKGQPSKPF VGVLSAGINA ASPNKELAKE FLENYLLTDE GLEAVNKDKP LGAVALKSYE EEL AKDPRI AATMENAQKG EIMPNIPQMS AFWYAVRTAV INAASGRQTV DEALKDAQTN SSSNNNNNNN NNNLGIELEV LFQG PGSGN CNKPPKRPPN TQTSAAQPSA EFRRTALPSL YGRYNCKCCW FADTNLITCN DHYLCLRCHQ TMLRNSELCH ICWKP LPTS ITVPVEPSAP PP

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, RING finger protein Z

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0707

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 492364
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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