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- EMDB-31971: Cryo-EM structure of the human P4-type flippase ATP8B1-CDC50A in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31971
タイトルCryo-EM structure of the human P4-type flippase ATP8B1-CDC50A in the auto-inhibited E2Pi-PS state
マップデータ
試料
  • 複合体: ATP8B1-CDC50A complex
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase IC
    • タンパク質・ペプチド: Cell cycle control protein 50A
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
キーワードauto-inhibited / phosphorylated / lipid flippase / LIPID TRANSPORT / TRANSLOCASE-LIPID TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


vestibulocochlear nerve formation / regulation of plasma membrane organization / regulation of microvillus assembly / positive regulation of phospholipid translocation / phosphatidylcholine flippase activity / aminophospholipid flippase activity / aminophospholipid transport / phosphatidylserine flippase activity / protein localization to endosome / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity ...vestibulocochlear nerve formation / regulation of plasma membrane organization / regulation of microvillus assembly / positive regulation of phospholipid translocation / phosphatidylcholine flippase activity / aminophospholipid flippase activity / aminophospholipid transport / phosphatidylserine flippase activity / protein localization to endosome / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / phosphatidylserine floppase activity / inner ear receptor cell development / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic transmembrane transport / stereocilium / bile acid metabolic process / cardiolipin binding / apical protein localization / P-type phospholipid transporter / phospholipid translocation / azurophil granule membrane / bile acid and bile salt transport / transport vesicle membrane / Golgi organization / Ion transport by P-type ATPases / specific granule membrane / regulation of chloride transport / sensory perception of sound / trans-Golgi network / positive regulation of neuron projection development / late endosome membrane / early endosome membrane / monoatomic ion transmembrane transport / nuclear body / apical plasma membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipid-transporting ATPase IC / Cell cycle control protein 50A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å
データ登録者Chen MT / Chen Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508500 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020202 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the activation of autoinhibited human lipid flippase ATP8B1 upon substrate binding.
著者: Meng-Ting Cheng / Yu Chen / Zhi-Peng Chen / Xin Liu / Zhiyong Zhang / Yuxing Chen / Wen-Tao Hou / Cong-Zhao Zhou /
要旨: SignificanceATP8B1 is a P4 ATPase that maintains membrane asymmetry by transporting phospholipids across the cell membrane. Disturbance of lipid asymmetry will lead to the imbalance of the cell ...SignificanceATP8B1 is a P4 ATPase that maintains membrane asymmetry by transporting phospholipids across the cell membrane. Disturbance of lipid asymmetry will lead to the imbalance of the cell membrane and eventually, cell death. Thus, defects in ATP8B1 are usually associated with severe human diseases, such as intrahepatic cholestasis. The present structures of ATP8B1 complexed with its auxiliary noncatalytic partners CDC50A and CDC50B reveal an autoinhibited state of ATP8B1 that could be released upon substrate binding. Moreover, release of this autoinhibition could be facilitated by the bile acids, which are key factors that alter the membrane asymmetry of hepatocytes. This enabled us to figure out a feedback loop of bile acids and lipids across the cell membrane.
履歴
登録2021年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月30日-
マップ公開2022年3月30日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31971.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31971.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 240 pix.
= 243.12 Å		1.01 Å/pix.
x 240 pix.
= 243.12 Å		1.01 Å/pix.
x 240 pix.
= 243.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.013 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0098
最小 - 最大-0.030951126 - 0.055630594
平均 (標準偏差)0.00017697785 (±0.0023978557)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 243.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ATP8B1-CDC50A complex

全体名称: ATP8B1-CDC50A complex
要素
  • 複合体: ATP8B1-CDC50A complex
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase IC
    • タンパク質・ペプチド: Cell cycle control protein 50A
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine

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超分子 #1: ATP8B1-CDC50A complex

超分子名称: ATP8B1-CDC50A complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Phospholipid-transporting ATPase IC

分子名称: Phospholipid-transporting ATPase IC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type phospholipid transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 148.458562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMSTERDS ETTFDEDSQP NDEVVPYSDD ETEDELDDQG SAVEPEQNR VNREAEENRE PFRKECTWQV KANDRKYHEQ PHFMNTKFLC IKESKYANNA IKTYKYNAFT FIPMNLFEQF K RAANLYFL ...文字列:
MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMSTERDS ETTFDEDSQP NDEVVPYSDD ETEDELDDQG SAVEPEQNR VNREAEENRE PFRKECTWQV KANDRKYHEQ PHFMNTKFLC IKESKYANNA IKTYKYNAFT FIPMNLFEQF K RAANLYFL ALLILQAVPQ ISTLAWYTTL VPLLVVLGVT AIKDLVDDVA RHKMDKEINN RTCEVIKDGR FKVAKWKEIQ VG DVIRLKK NDFVPADILL LSSSEPNSLC YVETAELDGE TNLKFKMSLE ITDQYLQRED TLATFDGFIE CEEPNNRLDK FTG TLFWRN TSFPLDADKI LLRGCVIRNT DFCHGLVIFA GADTKIMKNS GKTRFKRTKI DYLMNYMVYT IFVVLILLSA GLAI GHAYW EAQVGNSSWY LYDGEDDTPS YRGFLIFWGY IIVLNTMVPI SLYVSVEVIR LGQSHFINWD LQMYYAEKDT PAKAR TTTL NEQLGQIHYI FSDKTGTLTQ NIMTFKKCCI NGQIYGDHRD ASQHNHNKIE QVDFSWNTYA DGKLAFYDHY LIEQIQ SGK EPEVRQFFFL LAVCHTVMVD RTDGQLNYQA ASPDEGALVN AARNFGFAFL ARTQNTITIS ELGTERTYNV LAILDFN SD RKRMSIIVRT PEGNIKLYCK GADTVIYERL HRMNPTKQET QDALDIFANE TLRTLCLCYK EIEEKEFTEW NKKFMAAS V ASTNRDEALD KVYEEIEKDL ILLGATAIED KLQDGVPETI SKLAKADIKI WVLTGDKKET AENIGFACEL LTEDTTICY GEDINSLLHA RMENQRNRGG VYAKFAPPVQ ESFFPPGGNR ALIITGSWLN EILLEKKTKR NKILKLKFPR TEEERRMRTQ SKRRLEAKK EQRQKNFVDL ACECSAVICC RVTPKQKAMV VDLVKRYKKA ITLAIGDGAN DVNMIKTAHI GVGISGQEGM Q AVMSSDYS FAQFRYLQRL LLVHGRWSYI RMCKFLRYFF YKNFAFTLVH FWYSFFNGYS AQTAYEDWFI TLYNVLYTSL PV LLMGLLD QDVSDKLSLR FPGLYIVGQR DLLFNYKRFF VSLLHGVLTS MILFFIPLGA YLQTVGQDGE APSDYQSFAV TIA SALVIT VNFQIGLDTS YWTFVNAFSI FGSIALYFGI MFDFHSAGIH VLFPSAFQFT GTASNALRQP YIWLTIILAV AVCL LPVVA IRFLSMTIWP SESDKIQKHR KRLKAEEQWQ RRQQVFRRGV STRRSAYAFS HQRGYADLIS SGRSIRKKRS PLDAI VADG TAEYRRTGDS

UniProtKB: Phospholipid-transporting ATPase IC

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分子 #2: Cell cycle control protein 50A

分子名称: Cell cycle control protein 50A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.845746 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASMAMNYNA KDEVDGGPPC APGGTAKTRR PDNTAFKQQR LPAWQPILTA GTVLPIFFII GLIFIPIGIG IFVTSNNIRE IEIDYTGTE PSSPCNKCLS PDVTPCFCTI NFTLEKSFEG NVFMYYGLSN FYQNHRRYVK SRDDSQLNGD SSALLNPSKE C EPYRRNED ...文字列:
MASMAMNYNA KDEVDGGPPC APGGTAKTRR PDNTAFKQQR LPAWQPILTA GTVLPIFFII GLIFIPIGIG IFVTSNNIRE IEIDYTGTE PSSPCNKCLS PDVTPCFCTI NFTLEKSFEG NVFMYYGLSN FYQNHRRYVK SRDDSQLNGD SSALLNPSKE C EPYRRNED KPIAPCGAIA NSMFNDTLEL FLIGNDSYPI PIALKKKGIA WWTDKNVKFR NPPGGDNLEE RFKGTTKPVN WL KPVYMLD SDPDNNGFIN EDFIVWMRTA ALPTFRKLYR LIERKSDLHP TLPAGRYSLN VTYNYPVHYF DGRKRMILST ISW MGGKNP FLGIAYIAVG SISFLLGVVL LVINHKYRNS SNTADITIHH HHHH

UniProtKB: Cell cycle control protein 50A

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分子 #3: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 使用した粒子像数: 160435
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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