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- EMDB-31968: Cryo-EM structure of Ultraviolet-B activated UVR8 in complex with COP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31968
タイトルCryo-EM structure of Ultraviolet-B activated UVR8 in complex with COP1
マップデータ
試料
  • 複合体: UVR8-COP1 complex
    • 複合体: COP1
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase COP1
    • 複合体: UVR8
      • タンパク質・ペプチド: Ultraviolet-B receptor UVR8
キーワードCOP1 / UVR8 / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


anthocyanin-containing compound metabolic process / shade avoidance / positive regulation of flavonoid biosynthetic process / skotomorphogenesis / photoperiodism, flowering / red, far-red light phototransduction / photomorphogenesis / regulation of stomatal movement / nuclear ubiquitin ligase complex / entrainment of circadian clock ...anthocyanin-containing compound metabolic process / shade avoidance / positive regulation of flavonoid biosynthetic process / skotomorphogenesis / photoperiodism, flowering / red, far-red light phototransduction / photomorphogenesis / regulation of stomatal movement / nuclear ubiquitin ligase complex / entrainment of circadian clock / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear body / protein ubiquitination / DNA repair / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger ...E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / Ultraviolet-B receptor UVR8
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang YD / Wang LX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2018YFA0507700 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural insight into UV-B-activated UVR8 bound to COP1.
著者: Yidong Wang / Lixia Wang / Zeyuan Guan / Hongfei Chang / Ling Ma / Cuicui Shen / Liang Qiu / Junjie Yan / Delin Zhang / Jian Li / Xing Wang Deng / Ping Yin /
要旨: The CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1-SUPPRESSOR OF PHYA-105 (COP1-SPA) complex is a central repressor of photomorphogenesis. This complex acts as an E3 ubiquitin ligase downstream of various light ...The CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1-SUPPRESSOR OF PHYA-105 (COP1-SPA) complex is a central repressor of photomorphogenesis. This complex acts as an E3 ubiquitin ligase downstream of various light signaling transduced from multiple photoreceptors in plants. How the COP1-SPA activity is regulated by divergent light-signaling pathways remains largely elusive. Here, we reproduced the regulation pathway of COP1-SPA in ultraviolet-B (UV-B) signaling in vitro and determined the cryo-electron microscopy structure of UV-B receptor UVR8 in complex with COP1. The complex formation is mediated by two-interface interactions between UV-B-activated UVR8 and COP1. Both interfaces are essential for the competitive binding of UVR8 against the signaling hub component HY5 to the COP1-SPA complex. We also show that RUP2 dissociates UVR8 from the COP1-SPA4-UVR8 complex and facilitates its redimerization. Our results support a UV-B signaling model that the COP1-SPA activity is repressed by UV-B-activated UVR8 and derepressed by RUP2, owing to competitive binding, and provide a framework for studying the regulatory roles of distinct photoreceptors on photomorphogenesis.
履歴
登録2021年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31968.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-1.7555337 - 2.8597758
平均 (標準偏差)-0.00018679631 (±0.052545037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 231.56001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : UVR8-COP1 complex

全体名称: UVR8-COP1 complex
要素
  • 複合体: UVR8-COP1 complex
    • 複合体: COP1
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase COP1
    • 複合体: UVR8
      • タンパク質・ペプチド: Ultraviolet-B receptor UVR8

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超分子 #1: UVR8-COP1 complex

超分子名称: UVR8-COP1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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超分子 #2: COP1

超分子名称: COP1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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超分子 #3: UVR8

超分子名称: UVR8 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase COP1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 79.731203 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM EEISTDPVVP AVKPDPRTSS VGEGANRHEN DDGGSGGSEI GAPDLDKDLL CPICMQIIK DAFLTACGHS FCYMCIITHL RNKSDCPCCS QHLTNNQLYP NFLLDKLLKK TSARHVSKTA SPLDQFREAL Q RGCDVSIK ...文字列:
MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM EEISTDPVVP AVKPDPRTSS VGEGANRHEN DDGGSGGSEI GAPDLDKDLL CPICMQIIK DAFLTACGHS FCYMCIITHL RNKSDCPCCS QHLTNNQLYP NFLLDKLLKK TSARHVSKTA SPLDQFREAL Q RGCDVSIK EVDNLLTLLA ERKRKMEQEE AERNMQILLD FLHCLRKQKV DELNEVQTDL QYIKEDINAV ERHRIDLYRA RD RYSVKLR MLGDDPSTRN AWPHEKNQIG FNSNSLSIRG GNFVGNYQNK KVEGKAQGSS HGLPKKDALS GSDSQSLNQS TVS MARKKR IHAQFNDLQE CYLQKRRQLA DQPNSKQEND KSVVRREGYS NGLADFQSVL TTFTRYSRLR VIAEIRHGDI FHSA NIVSS IEFDRDDELF ATAGVSRCIK VFDFSSVVNE PADMQCPIVE MSTRSKLSCL SWNKHEKNHI ASSDYEGIVT VWDVT TRQS LMEYEEHEKR AWSVDFSRTE PSMLVSGSDD CKVKVWCTRQ EASVINIDMK ANICCVKYNP GSSNYIAVGS ADHHIH YYD LRNISQPLHV FSGHKKAVSY VKFLSNNELA SASTDSTLRL WDVKDNLPVR TFRGHTNEKN FVGLTVNSEY LACGSET NE VYVYHKEITR PVTSHRFGSP DMDDAEEEAG SYFISAVCWK SDSPTMLTAN SQGTIKVLVL AA

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase COP1

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分子 #2: Ultraviolet-B receptor UVR8

分子名称: Ultraviolet-B receptor UVR8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 50.226488 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH SDEVDAHMMA EDMAADEVTA PPRKVLIISA GASHSVALLS GDIVCSWGRG EDGQLGHGDA EDRPSPTQL SALDGHQIVS VTCGADHTVA YSQSGMEVYS WGWGDFGRLG HGNSSDLFTP LPIKALHGIR IKQIACGDSH C LAVTMEGE ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH SDEVDAHMMA EDMAADEVTA PPRKVLIISA GASHSVALLS GDIVCSWGRG EDGQLGHGDA EDRPSPTQL SALDGHQIVS VTCGADHTVA YSQSGMEVYS WGWGDFGRLG HGNSSDLFTP LPIKALHGIR IKQIACGDSH C LAVTMEGE VQSWGRNQNG QLGLGDTEDS LVPQKIQAFE GIRIKMVAAG AEHTAAVTED GDLYGWGWGR YGNLGLGDRT DR LVPERVT STGGEKMSMV ACGWRHTISV SYSGALYTYG WSKYGQLGHG DLEDHLIPHK LEALSNSFIS QISGGWRHTM ALT SDGKLY GWGWNKFGQV GVGNNLDQCS PVQVRFPDDQ KVVQVSCGWR HTLAVTERNN VFAWGRGTNG QLGIGESVDR NFPK IIEAL SVDGASGQHI ESSNIDPSSG KSWVSPAERY AVVPDETGLT DGSSKGNGGD ISVPQTDVKR VRI

UniProtKB: Ultraviolet-B receptor UVR8

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.55 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 170284
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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