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- EMDB-31945: Phycocyanin rod structure of cyanobacterial phycobilisome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31945
タイトルPhycocyanin rod structure of cyanobacterial phycobilisome
マップデータpostprocess_masked.mrc
試料
  • 複合体: Phycocyanin rod complex of cyanobacterial phyocobilisome
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycobilisome linker protein / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. ...Phycobilisome linker protein / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit / Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus NIES-2134 (バクテリア) / Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Kawakami K / Hamaguchi T / Hirose Y / Kosumi D / Miyata M / Kamiya N / Yonekura K
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05109 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06528 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H06434 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Core and rod structures of a thermophilic cyanobacterial light-harvesting phycobilisome.
著者: Keisuke Kawakami / Tasuku Hamaguchi / Yuu Hirose / Daisuke Kosumi / Makoto Miyata / Nobuo Kamiya / Koji Yonekura /
要旨: Cyanobacteria, glaucophytes, and rhodophytes utilize giant, light-harvesting phycobilisomes (PBSs) for capturing solar energy and conveying it to photosynthetic reaction centers. PBSs are ...Cyanobacteria, glaucophytes, and rhodophytes utilize giant, light-harvesting phycobilisomes (PBSs) for capturing solar energy and conveying it to photosynthetic reaction centers. PBSs are compositionally and structurally diverse, and exceedingly complex, all of which pose a challenge for a comprehensive understanding of their function. To date, three detailed architectures of PBSs by cryo-electron microscopy (cryo-EM) have been described: a hemiellipsoidal type, a block-type from rhodophytes, and a cyanobacterial hemidiscoidal-type. Here, we report cryo-EM structures of a pentacylindrical allophycocyanin core and phycocyanin-containing rod of a thermophilic cyanobacterial hemidiscoidal PBS. The structures define the spatial arrangement of protein subunits and chromophores, crucial for deciphering the energy transfer mechanism. They reveal how the pentacylindrical core is formed, identify key interactions between linker proteins and the bilin chromophores, and indicate pathways for unidirectional energy transfer.
履歴
登録2021年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2022年8月17日-
現状2022年8月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31945.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31945.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocess_masked.mrc
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0286
最小 - 最大-0.0954498 - 0.1498202
平均 (標準偏差)0.00049829273 (±0.006029715)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 297.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Phycocyanin rod complex of cyanobacterial phyocobilisome

全体名称: Phycocyanin rod complex of cyanobacterial phyocobilisome
要素
  • 複合体: Phycocyanin rod complex of cyanobacterial phyocobilisome
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN

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超分子 #1: Phycocyanin rod complex of cyanobacterial phyocobilisome

超分子名称: Phycocyanin rod complex of cyanobacterial phyocobilisome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus NIES-2134 (バクテリア)

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分子 #1: C-phycocyanin alpha subunit

分子名称: C-phycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 17.456631 KDa
配列文字列:
MKTPITEAIA AADTQGRFLS NTELQAVDGR FKRAVASMEA ARALTNNAQS LIDGAAQAVY QKFPYTTTMQ GSQYASTPEG KAKCARDIG YYLRMVTYCL VAGGTGPMDE YLIAGLSEIN STFDLSPSWY IEALKYIKAN HGLTGQAAVE ANAYIDYAIN A LS

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分子 #2: C-phycocyanin beta subunit

分子名称: C-phycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 18.216652 KDa
配列文字列:
MLDAFAKVVA QADARGEFLT NAQFDALSNL VKEGNKRLDA VNRITSNAST IVANAARALF AEQPQLIQPG G(MEN)AYTN RRM AACLRDMEII LRYVTYAILA GDSSVLDDRC LNGLRETYQA LGTPGSSVAV AIQKMKDAAI AIANDPNGIT PGDCSAL MS EIAGYFDRAA AAVA

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分子 #3: Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod

分子名称: Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 8.681903 KDa
配列文字列:
MFGQTASGSA ALSPSGARVF RYEVVGLRQN EETDRMEFPI RRSGSTFITV PYNRMNEEMQ RITRMGGKIV SITPVVAS

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分子 #4: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod

分子名称: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 32.158914 KDa
配列文字列: MAITAAASRL GTSAFSDAPP VELRANWSEE DLETVIRAVY RQVLGNDYVM ASERLVSAES LLRNGKITVR EFVRAVAKSE LYKEKFLYG NFQTRVIELN YKHLLGRAPY DESEVIFHLD LYENEGFDAD IDSYIDSPEY TNSFGDWVVP YYRGFNTQPG Q KTVGFNRI ...文字列:
MAITAAASRL GTSAFSDAPP VELRANWSEE DLETVIRAVY RQVLGNDYVM ASERLVSAES LLRNGKITVR EFVRAVAKSE LYKEKFLYG NFQTRVIELN YKHLLGRAPY DESEVIFHLD LYENEGFDAD IDSYIDSPEY TNSFGDWVVP YYRGFNTQPG Q KTVGFNRI FRLYRGYANS DRAQAEGSMS RLARDLATNR ANTVVPPSNS DTAFAYYTPS ADVPPRACLG GSFGESGRVY RI EVAGIRQ PGYPGVRRSS TAFLVPYEQL SAKMQQLQRT GARIISVNPA

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分子 #5: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2

分子名称: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 28.817357 KDa
配列文字列: MTIPLLSYAP SSQNQRVAGY EVPNEETPWR YSLEDAVDQS DIDELIWAAY RQVFSEHVVL KSTRQPHLES QLANRAISVR DFIRGLAKS ETFRRLVVET NSNYRLVEIA LKRLLGRAPY NKQEELAWSI RIATDGWQKF VDTLVDSDEY TQNFGDNTVP Y QRRRYKDR ...文字列:
MTIPLLSYAP SSQNQRVAGY EVPNEETPWR YSLEDAVDQS DIDELIWAAY RQVFSEHVVL KSTRQPHLES QLANRAISVR DFIRGLAKS ETFRRLVVET NSNYRLVEIA LKRLLGRAPY NKQEELAWSI RIATDGWQKF VDTLVDSDEY TQNFGDNTVP Y QRRRYKDR PFNLVTPRYS DYWRDKLENS RYKWGDIRNF LEMARSVKVT PVQFKPVSTA NVQIPDTTRR DRPTVPASIN PT ASFPLR

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分子 #6: PHYCOCYANOBILIN

分子名称: PHYCOCYANOBILIN / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 36 / 式: CYC
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 150.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 159537
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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