[日本語] English
万見
- EMDB-31905: Structure of C2S2M2-type PSII-FCPII supercomplex from diatom -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31905
タイトルStructure of C2S2M2-type PSII-FCPII supercomplex from diatom
マップデータ
試料
  • 複合体: C2S2M2-type PSII-FCPII supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 30種
  • タンパク質・ペプチド: x 4種
  • リガンド: x 18種
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / thylakoid / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / plastid ...light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / thylakoid / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / plastid / extrinsic component of membrane / photosystem II / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ ...PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosystem II protein D1 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein Ycf12 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein K / Chlorophyll a/b-binding protein / Photosystem II D2 protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II protein D1 ...Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein Ycf12 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein K / Chlorophyll a/b-binding protein / Photosystem II D2 protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II subunit / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein W / Extrinsic protein in photosystem II / Extrinsic protein in photosystem II / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nagao R / Kato K / Akita F / Miyazaki N / Shen JR
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for different types of hetero-tetrameric light-harvesting complexes in a diatom PSII-FCPII supercomplex
著者: Nagao R / Kato K / Kumazawa M / Ifuku K / Yokono M / Suzuki T / Dohmae N / Akita F / Akimoto S / Miyazaki N / Shen JR
履歴
登録2021年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2022年9月14日-
現状2022年9月14日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7vd5
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7vd5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31905.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31905.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 512 pix.
= 569.856 Å		1.11 Å/pix.
x 512 pix.
= 569.856 Å		1.11 Å/pix.
x 512 pix.
= 569.856 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.113 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.14239116 - 0.3689757
平均 (標準偏差)0.00044168677 (±0.0060011772)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 569.856 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1131.1131.113
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z569.856569.856569.856
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535455
NX/NY/NZ134138134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.1420.3690.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : C2S2M2-type PSII-FCPII supercomplex

全体名称: C2S2M2-type PSII-FCPII supercomplex
要素
  • 複合体: C2S2M2-type PSII-FCPII supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II subunit
    • タンパク質・ペプチド: Extrinsic protein in photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Extrinsic protein in photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c-550
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Extrinsic protein in photosystem II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein W
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein 0
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a/b-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a/b-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a/b-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a/b-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
    • タンパク質・ペプチド: Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a/b-binding protein
  • タンパク質・ペプチド: Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • タンパク質・ペプチド: Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • タンパク質・ペプチド: Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: C2S2M2-type PSII-FCPII supercomplex

超分子名称: C2S2M2-type PSII-FCPII supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#30
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 1.15 MDa

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 37.036203 KDa
配列文字列: VSLWERFCAW ITSTENRLYI GWFGCLMFPT LLTATSCFII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVVPSSNAIG MHFYPIWEA ASIDEWLYNG GPYQLIVLHF LLGVSAYMGR EWELSYRLGM RPWIFVAFSA PVAAASAVFL VYPIGQGSFS D GMPLGISG ...文字列:
VSLWERFCAW ITSTENRLYI GWFGCLMFPT LLTATSCFII AFIAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIISG AVVPSSNAIG MHFYPIWEA ASIDEWLYNG GPYQLIVLHF LLGVSAYMGR EWELSYRLGM RPWIFVAFSA PVAAASAVFL VYPIGQGSFS D GMPLGISG TFNFMLVFQA EHNILMHPFH MAGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESTNYGYK FGQEEETYNI VA AHGYFGR LIFQYASFNN SRALHFFLAL WPVVGIWITS MGISTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADILNRANLG IEV MHERNA HNFPLDLA

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 53.762203 KDa
配列文字列: ALPWYRVHTV VLNDPGRLIA VHLMHTALVA GWAGSMALYE LAVFDPSDPV LNPMWRQGMF VMPFMTRLGI TDSWGGWSIT GESVSNPGI WSFEGVALSH IILSGMCFLA AIWHWVYWDL ELFRDPRTGE PALDLPKIFG IHLFLSGLLC FGFGAFHVTG L FGPGIWVS ...文字列:
ALPWYRVHTV VLNDPGRLIA VHLMHTALVA GWAGSMALYE LAVFDPSDPV LNPMWRQGMF VMPFMTRLGI TDSWGGWSIT GESVSNPGI WSFEGVALSH IILSGMCFLA AIWHWVYWDL ELFRDPRTGE PALDLPKIFG IHLFLSGLLC FGFGAFHVTG L FGPGIWVS DAYGITGKVQ PVAPAWGADG FNPFNPGGIA AHHIAAGIFG IFAGIFHLTV RPPQRLYRAL RMGNIETVLS SS ISAVFFA AFVTSGTMWY GAAATPIELF GPTRYQWDSG YFQQEIERQV ETSVSEGLSE SQAWSRIPDK LAFYDYIGNN PAK GGLFRA GPMNKGDGIA EAWLGHPIFR DKEGRELTVR RMPAFFETFP VILVDKDGII RADIPFRRAE SKYSIEQVGV TVDF YGGKL NGQTFKDAPT VKKFARKAQL GEVFEFDRTS LESDGVFRSS PRGWYTYGHA NFALLFFFGH LWHGGRTIFR DVFTG IGAE

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 49.468438 KDa
配列文字列: IAGRDIESTG FAWWSGNARL INVSGKLLGA HVAHAGLMVF WAGAMVLFEV SHFVPEKPTY EQGFILIQHL ATLGYGIGPG GEITSTVPY FAVGVIHLIS SAILGFGGIY HSLLGPDTLE ESFPFFGYDW RDKNKMTTIL GIHLCLLGLG SFLLVIKAMY L GGVYDTWA ...文字列:
IAGRDIESTG FAWWSGNARL INVSGKLLGA HVAHAGLMVF WAGAMVLFEV SHFVPEKPTY EQGFILIQHL ATLGYGIGPG GEITSTVPY FAVGVIHLIS SAILGFGGIY HSLLGPDTLE ESFPFFGYDW RDKNKMTTIL GIHLCLLGLG SFLLVIKAMY L GGVYDTWA PGGGDVRYIT TPTLNPIVIF GYVFRSPFGG DGWVVSVNNM EDVIGGHIWV GILCITGGIW HIFTKPFAWA RR AFVWSGE AYLSYSLAAI SLMGFTAALY SWYNNTAYPS ELYGPTGPEA SQAQAFTFLV RDQRLGANVS SAQGPTGLGK YLM RSPSGE IIFGGETMRF WDLRAPWVEP LRGPNGLDIN KIKNDIQPWQ ERRAAEYMTH APLGSLNSVG GVATEINSVN YVSP RSWLC CSHFFLAFFF LVGHWWHSGR ARAAAAGFEK GINRANEPVL SMRPID

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 37.983301 KDa
配列文字列: RGLFDLVDDW LKKDRFVFVG WSGLLLFPTA YLAAGGWMTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTAAVSTP ANSVGHSLLL LWGPEAQGD FTRWCQIGGL WTFVALHGAF GLIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AVFVSVFLLY PLGQASWFFA P SFGVAAIF ...文字列:
RGLFDLVDDW LKKDRFVFVG WSGLLLFPTA YLAAGGWMTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFLTAAVSTP ANSVGHSLLL LWGPEAQGD FTRWCQIGGL WTFVALHGAF GLIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AVFVSVFLLY PLGQASWFFA P SFGVAAIF RFLLFLQGFH NWTLNPFHMM GVAGILGGAL LCAIHGATVE NTLFEDGDAA NTFRAFTPTQ SEETYSMVTA NR FWSQIFG VAFSNKRWLH FFMLFVPVTG LWTSSIGIVG LALNLRAYDF VSQELRAAED PEFETFYTKN HLLDEGIRAW MAA QDQPHE NFVFPEEVLP RGNAL

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 8.687784 KDa
配列文字列:
RPFSDIITSV RYWIIHSITI PSLFVSGWLF ISTGLAYDVF GTPRPNEYFT QDRQQVPLVN DRFSAKQELE DLTKG

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.207854 KDa
配列文字列:
FRWLAIHGLA IPTVFFLGGI TAMQFIQR

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 7.287632 KDa
配列文字列:
ALRTRLGEIL RPLNAEYGKV APGWGTTPIM GIVMLAFLIF LVIILQIYNS SLIIENVDVD WANGIV

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.069853 KDa
配列文字列:
MLTLKILVYT TVIFFVSLFI FGFLSSDPSR NPNRK

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.589276 KDa
配列文字列:
RIPLWLVGLV GGLAVITMLS LFFYGSYSGL GSSL

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.22009 KDa
配列文字列:
RLPEAYVVFS PIVDVLPIIP VFFLLLAFVW QAAIGFR

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.367076 KDa
配列文字列:
MTGPNPNKQA VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSSYFFN

+
分子 #12: Photosystem II subunit

分子名称: Photosystem II subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 4.47311 KDa
配列文字列:
EVQFGAYLAV LLGTFLPALF LVNLFIQTEA RKAGKAGGQD SD

+
分子 #13: Extrinsic protein in photosystem II

分子名称: Extrinsic protein in photosystem II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 26.419904 KDa
配列文字列: KSQINELSYL QVKGTGLANR CAEVVGEDSI KPKPGAKLVD MCIEPKAWAV EEEVGKAGKT EKKFVNSKVM TRQTYTLDAI EGPITVDGG KITFNEKEGI DYAATTVQLP GGERVPFLFT VKDLVAKGNG DTFKPGFQMG GDFNTPSYRT GLFLDPKGRG G TTGYDMAV ...文字列:
KSQINELSYL QVKGTGLANR CAEVVGEDSI KPKPGAKLVD MCIEPKAWAV EEEVGKAGKT EKKFVNSKVM TRQTYTLDAI EGPITVDGG KITFNEKEGI DYAATTVQLP GGERVPFLFT VKDLVAKGNG DTFKPGFQMG GDFNTPSYRT GLFLDPKGRG G TTGYDMAV ALPALQLGEE GDAELFGENN KVFDITQGRI EMEVNKVNAE DSEIGGVFVA TQLSDTDMGS KTPKKVLTKG IF YAKVD

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.554353 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL IGTLMVIFFA VFFRETPRIL

+
分子 #15: Extrinsic protein in photosystem II

分子名称: Extrinsic protein in photosystem II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 10.137501 KDa
配列文字列:
VIDYENIGYL GGSSIVDINN ANVRAYLKMP GMYPTVAGKI VSHGPYSGVA DLYKIPGLSS AEADVIKKYE SRLTAKTPSP DYVIDRINN GLYR

+
分子 #16: Cytochrome c-550

分子名称: Cytochrome c-550 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 14.780655 KDa
配列文字列:
DLDEATRTVV VDNAGNTTVL TPEQVKRGKR LFNATCGACH VGGITKTNPN VGLDPEALSL ATPRRDNISA LVDYIKNPTT YDGLESIAE VHPSIKSADI YPRMRSLTDE DLYSIAGHIM LSPKIASEKW GGGKIYY

+
分子 #17: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.6095 KDa
配列文字列:
MINWQVIGQL MSTAVIMLAG PAVIVLLALK KGNL

+
分子 #18: Photosystem II reaction center X protein

分子名称: Photosystem II reaction center X protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 3.77257 KDa
配列文字列:
MTASLSNFIA SLIAGGVVVG VIAIALIVIS KSDRILR

+
分子 #19: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 6.328652 KDa
配列文字列:
MITLLVALLV LISLGLVVTV PVALATPGEW EIAKGKFNRF FQIWVFLVIV IAAADGISS

+
分子 #20: Extrinsic protein in photosystem II

分子名称: Extrinsic protein in photosystem II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 16.731711 KDa
配列文字列:
SPRFSVFGLV GDGTSYSEGA AYGTDQADKL YSPYSVYSPE GEKSLYKPDN AEYLARKKAV LAETKNRLQK IPAYVDKKEW FNVKDELTR YMYETRGAVR SLSSSVTQKE KAEVFFRALE DTYGAATLKK GDAVKASNDK AIAALDAFTA TL

+
分子 #21: Photosystem II reaction center protein W

分子名称: Photosystem II reaction center protein W / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 5.944425 KDa
配列文字列:
TEGTNEWFGV DDLRLLAVLF LGHWAILSLW LGSYGDSNED EDFFGEIDYS AR

+
分子 #22: Unknown protein 0

分子名称: Unknown protein 0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 2.656265 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #23: Unknown protein 1

分子名称: Unknown protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 2.571161 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #24: Chlorophyll a/b-binding protein

分子名称: Chlorophyll a/b-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 19.109566 KDa
配列文字列:
SEIELGVTEP LGVYDPLGWL ESEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDGY LSPSNNLKFS DIPTGVDGIR AIPTAGLAQ ILAFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGYFGTD IKDPEEKARK LNVELNNGRA AMMGIMGNMV AEVLTGQTMY E QYASGHIS PFGDGQGV

+
分子 #25: Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein

分子名称: Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 18.525934 KDa
配列文字列:
NELEIGATAP LGVYDPLGWL DGEPENFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHITFDGY LSPSANLKFS DIPTGVDGIR AIPTAGLLQ ILFFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGWFGSN IEDPEEKARK LNVELNNGRA AMMGIMGNMV TECITGQTMY E QYAAGHFS P

+
分子 #26: Chlorophyll a/b-binding protein

分子名称: Chlorophyll a/b-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 18.448891 KDa
配列文字列:
SEIELGVTEP LGVYDPLGWL ESEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDGY LSPSNNLKFS DIPTGVDGIR AIPTAGLAQ ILAFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGYFGTD IKDPEEKARK LNVELNNGRA AMMGIMGNMV AEVLTGQTMY E QYASGHIS P

+
分子 #27: Chlorophyll a/b-binding protein

分子名称: Chlorophyll a/b-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 18.768203 KDa
配列文字列:
SEIELGVTEP LGVYDPLGWL ESEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDGY LSPSNNLKFS DIPTGVDGIR AIPTAGLAQ ILAFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGYFGTD IKDPEEKARK LNVELNNGRA AMMGIMGNMV AEVLTGQTMY E QYASGHIS PFGD

+
分子 #28: Chlorophyll a/b-binding protein

分子名称: Chlorophyll a/b-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 18.596064 KDa
配列文字列:
SEIELGVTEP LGVYDPLGWL ESEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDGY LSPSNNLKFS DIPTGVDGIR AIPTAGLAQ ILAFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGYFGTD IKDPEEKARK LNVELNNGRA AMMGIMGNMV AEVLTGQTMY E QYASGHIS PF

+
分子 #29: Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein

分子名称: Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 19.620994 KDa
配列文字列:
ELEDGIGAVA PLGYFDPLGY IKDEETFIRY RAVERKHGRV AMMAMLGTFV HNNGWTFDGY LSPSQGLKFS DIDSGIGGLF QVPPAGLAQ IILLCGFVEL AWWPASNLSG DYGVRLGTLN DWEEQPAKYY RQKNAELNNG RAAMMGILGT FTHEVITGQN F AEQAAAGH FSPFGDGQGF F

+
分子 #30: Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein

分子名称: Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 19.202494 KDa
配列文字列:
SEIELGATEP LGVFDPLGWL ETEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDGY ISPSNNLKFS DIPTGIDGIF SVPTAGLAQ IIAFLGFVEL AWLPASQYDG DYGVGYFGND ILDPEEKARK LNAELNNGRA AMMGIMGNMV AEKITGQTMY E QYAAGHFN PFNDGEGF

+
分子 #31: Chlorophyll a/b-binding protein

分子名称: Chlorophyll a/b-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 18.351773 KDa
配列文字列:
SEIELGVTEP LGVYDPLGWL ESEPEAFERR RAVERKHGRV AMAAVVGTIV HNNHIVFDGY LSPSNNLKFS DIPTGVDGIR AIPTAGLAQ ILAFFALVEL AWMPASKYDG DYGVGYFGTD IKDPEEKARK LNVELNNGRA AMMGIMGNMV AEVLTGQTMY E QYASGHIS

+
分子 #32: Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein

分子名称: Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 24.681812 KDa
配列文字列: GASPSADAWA NSIESKALPF ARAPATLDGT MLGDFGFDPL GFSTVPVGPW FTGIEGRNGQ IGNLNWYREA ELIHGRIAQV AVVGFIAPG LFGTLPGNEW TGVDAYSNLN PLEAFSQVPG LAILQIFLFM SYLEVRRINI IKEEGENYMP GDLRIGQGEG R WNPFGLDY ...文字列:
GASPSADAWA NSIESKALPF ARAPATLDGT MLGDFGFDPL GFSTVPVGPW FTGIEGRNGQ IGNLNWYREA ELIHGRIAQV AVVGFIAPG LFGTLPGNEW TGVDAYSNLN PLEAFSQVPG LAILQIFLFM SYLEVRRINI IKEEGENYMP GDLRIGQGEG R WNPFGLDY SPEAYEEKRL QELKHCRLAM IGVFGLWAQA QASGVGVTEQ IGAALTTPDY YAKAGYFLP

+
分子 #33: Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein

分子名称: Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 16.968471 KDa
配列文字列:
EPLGLYDPLG WLDPEKDPAS KFATFHANFE RRRAVERKHG RIAMVAVVGM LFHNADIEFP GYLSGELGIR FSDVPNGMNG LFSIPLAGL TQIVFAIGVM ELAIWPASNY SGDYGTGYGR PFVPNVLEGD ELKYKLDMEI NQGRAAMMGI MGALVG

+
分子 #34: Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein

分子名称: Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
分子量理論値: 17.888545 KDa
配列文字列:
FENELGAQPP LGFFDPLGLV EDGNQAKFDR LRYVELKHGR ISMLAVVGYL IEKAGIRLPG NISYDGTSFA DIPDGFAALS KIPDAGLFQ LFAFIGFLEV FVMKDITGGE FVGDFRNGFI DFGWDSFDEE TKLKKRAIEL NQGRAAMMGI LALMVHEKLG V SL

+
分子 #35: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #36: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #37: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 220 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #38: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #39: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 24 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #40: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 10 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #41: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 22 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #42: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

+
分子 #43: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 16 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #44: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #45: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #46: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #47: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 70 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

+
分子 #48: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 108 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #49: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 38 / 式: UNL
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #50: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 12 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
分子 #51: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 2 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #52: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 52 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.256 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 構成要素:
濃度式
20.0 mMMES-NaOH
0.02 %DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 8093924
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 210825
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6j40

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7vd5:
Structure of C2S2M2-type PSII-FCPII supercomplex from diatom

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る