+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATP-gamma-S condition, state3 | |||||||||||||||||||||
![]() | V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATPgS condition, state3, postprocessed map. | |||||||||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Kishikawa J / Nakanishi A / Nakano A / Saeki S / Furuta A / Kato T / Mitsuoka K / Yokoyama K | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of V/A-ATPase reveal the rotary catalytic mechanism of rotary ATPases. 著者: J Kishikawa / A Nakanishi / A Nakano / S Saeki / A Furuta / T Kato / K Mistuoka / K Yokoyama / ![]() 要旨: V/A-ATPase is a motor protein that shares a common rotary catalytic mechanism with FF ATP synthase. When powered by ATP hydrolysis, the V domain rotates the central rotor against the AB hexamer, ...V/A-ATPase is a motor protein that shares a common rotary catalytic mechanism with FF ATP synthase. When powered by ATP hydrolysis, the V domain rotates the central rotor against the AB hexamer, composed of three catalytic AB dimers adopting different conformations (AB, AB, and AB). Here, we report the atomic models of 18 catalytic intermediates of the V domain of V/A-ATPase under different reaction conditions, determined by single particle cryo-EM. The models reveal that the rotor does not rotate immediately after binding of ATP to the V. Instead, three events proceed simultaneously with the 120˚ rotation of the shaft: hydrolysis of ATP in AB, zipper movement in AB by the binding ATP, and unzipper movement in AB with release of both ADP and Pi. This indicates the unidirectional rotation of V/A-ATPase by a ratchet-like mechanism owing to ATP hydrolysis in AB, rather than the power stroke model proposed previously for F-ATPase. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 325 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.1 KB 25.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 64.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 347.6 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 278.1 MB 278.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vaiC ![]() 7vajC ![]() 7vakC ![]() 7valC ![]() 7vamC ![]() 7vanC ![]() 7vaoC ![]() 7vapC ![]() 7vaqC ![]() 7varC ![]() 7vasC ![]() 7vatC ![]() 7vauC ![]() 7vavC ![]() 7vawC ![]() 7vaxC ![]() 7vayC ![]() 7vb0C C: 同じ文献を引用 ( |
---|
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATPgS condition, state3, postprocessed map. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATPgS condition,...
ファイル | emd_31872_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATPgS condition, state3, halfmap2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATPgS condition,...
ファイル | emd_31872_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATPgS condition, state3, halfmap1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATP-gamma-S con...
+超分子 #1: V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATP-gamma-S con...
+分子 #1: A subunit of V/A-ATPase from Thermus thremophilus
+分子 #2: B subunit of V/A-ATPase from Thermus thermophilus
+分子 #3: D subunit of V/A-ATPase from Thermus thermophilus
+分子 #4: F subunit of V/A-ATPase from Thermus thermophilus
+分子 #5: E subunit of V/A-ATPase from Thermus thermophilus
+分子 #6: G subunit of V/A-ATPase from Thermus thermophilus
+分子 #7: a subunit of V/A-ATPase from Thermus thermophilus
+分子 #8: d subunit of V/A-ATPase from Thermus thermophilus
+分子 #9: c subunit of V/A-ATPase from Thermus thermophilus
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: Buffer contains 4mM ATP-gamma-S. |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |