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万見
- EMDB-3175: P22 bacteriophage GFP-loaded Expanded Capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3175
タイトルP22 bacteriophage GFP-loaded Expanded Capsid
マップデータReconstruction of bacteriophageP22 GFP-loaded Expanded Capsid
試料
  • 試料: Bacteriophage P22 GFP-loaded Expanded Capsid
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)
  • タンパク質・ペプチド: GFP
キーワードP22 / bacteriophage / GFP / beta glucosidase / virus / AFM / cryoEM / cargo / nanocage
生物種unidentified (未定義) / Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.7 Å
データ登録者Llauro A / Luque D / Trus BL / Edwards E / Avera J / Reguera D / Douglas T / Pablo PJ / Caston JR
引用ジャーナル: Nanoscale / 年: 2016
タイトル: Cargo-shell and cargo-cargo couplings govern the mechanics of artificially loaded virus-derived cages.
著者: Aida Llauró / Daniel Luque / Ethan Edwards / Benes L Trus / John Avera / David Reguera / Trevor Douglas / Pedro J de Pablo / José R Castón /
要旨: Nucleic acids are the natural cargo of viruses and key determinants that affect viral shell stability. In some cases the genome structurally reinforces the shell, whereas in others genome packaging ...Nucleic acids are the natural cargo of viruses and key determinants that affect viral shell stability. In some cases the genome structurally reinforces the shell, whereas in others genome packaging causes internal pressure that can induce destabilization. Although it is possible to pack heterologous cargoes inside virus-derived shells, little is known about the physical determinants of these artificial nanocontainers' stability. Atomic force and three-dimensional cryo-electron microscopy provided mechanical and structural information about the physical mechanisms of viral cage stabilization beyond the mere presence/absence of cargos. We analyzed the effects of cargo-shell and cargo-cargo interactions on shell stability after encapsulating two types of proteinaceous payloads. While bound cargo to the inner capsid surface mechanically reinforced the capsid in a structural manner, unbound cargo diffusing freely within the shell cavity pressurized the cages up to ∼30 atm due to steric effects. Strong cargo-cargo coupling reduces the resilience of these nanocompartments in ∼20% when bound to the shell. Understanding the stability of artificially loaded nanocages will help to design more robust and durable molecular nanocontainers.
履歴
登録2015年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月20日-
マップ公開2017年2月1日-
更新2017年2月8日-
現状2017年2月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 11.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 11.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3175.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3175.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of bacteriophageP22 GFP-loaded Expanded Capsid
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.32 Å
密度
表面レベル登録者による: 11.5 / ムービー #1: 11.5
最小 - 最大-45.77025604 - 72.781646730000006
平均 (標準偏差)1.22189236 (±9.959555630000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 777.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.324.324.32
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z777.600777.600777.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-45.77072.7821.222

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage P22 GFP-loaded Expanded Capsid

全体名称: Bacteriophage P22 GFP-loaded Expanded Capsid
要素
  • 試料: Bacteriophage P22 GFP-loaded Expanded Capsid
  • ウイルス: Enterobacteria phage P22 (ファージ)
  • タンパク質・ペプチド: GFP

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超分子 #1000: Bacteriophage P22 GFP-loaded Expanded Capsid

超分子名称: Bacteriophage P22 GFP-loaded Expanded Capsid / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 60 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Enterobacteria phage P22

超分子名称: Enterobacteria phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10754 / 生物種: Enterobacteria phage P22 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 648 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: GFP

分子名称: GFP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were applied to grids, blotted and plunged into liquid ethane
グリッド詳細: R 2/2 Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2015年3月13日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 200 / 平均電子線量: 10 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 69444 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 69444
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flipping & amplitude decay
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 12095

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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