+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31531 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Twofold block reconstruction of the Melbournevirus capsid | |||||||||||||||
マップデータ | Twofold block reconstruction of Melbournevirus | |||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
生物種 | Melbournevirus (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.43 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Burton-Smith RN / Murata K | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, スウェーデン, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The 4.4A structure of the giant Melbournevirus virion belonging to the Marseilleviridae family 著者: Burton-Smith RN / Reddy HKN / Svenda M / Abergel C / Okamoto K / Murata K | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31531.map.gz | 157.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-31531-v30.xml emd-31531.xml | 7.7 KB 7.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31531_fsc.xml | 24.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31531.png | 160.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31531 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31531 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31531_validation.pdf.gz | 442 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_31531_full_validation.pdf.gz | 441.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31531_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31531_validation.cif.gz | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31531 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31531 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31531.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Twofold block reconstruction of Melbournevirus | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.21 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Melbournevirus
全体 | 名称: Melbournevirus (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Melbournevirus
超分子 | 名称: Melbournevirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1560514 / 生物種: Melbournevirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 26.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |