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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31528 | |||||||||||||||
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タイトル | Ewald sphere-corrected Melbournevirus particle | |||||||||||||||
マップデータ | Whole Melbournevirus reconstruction | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Melbournevirus (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.91 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Burton-Smith RN / Murata K | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, スウェーデン, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The 4.4A structure of the giant Melbournevirus virion belonging to the Marseilleviridae family 著者: Burton-Smith RN / Reddy HKN / Svenda M / Abergel C / Okamoto K / Murata K | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31528.map.gz | 10 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31528-v30.xml emd-31528.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31528_fsc.xml | 50.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31528.png | 174.2 KB | ||
その他 | emd_31528_additional_1.map.gz | 1.1 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31528 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31528 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31528_validation.pdf.gz | 573.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31528_full_validation.pdf.gz | 573.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31528_validation.xml.gz | 31.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31528_validation.cif.gz | 46 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31528 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31528 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31528.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Whole Melbournevirus reconstruction | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.21 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Whole Melbournevirus reconstruction, capsid masked for easier visualisation...
ファイル | emd_31528_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Whole Melbournevirus reconstruction, capsid masked for easier visualisation of capsid | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Melbournevirus
全体 | 名称: Melbournevirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Melbournevirus
超分子 | 名称: Melbournevirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1560514 / 生物種: Melbournevirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 26.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |