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万見- EMDB-31507: SARS-CoV-2 spike protein in one-NTD attach state after CTSL treatment -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31507 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 spike protein in one-NTD attach state after CTSL treatment | |||||||||
マップデータ | SARS-CoV-2 spike protein in one-NTD attach state after CTSL treatment | |||||||||
試料 |
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生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu Y / Tai L / Sun F | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Novel sites for Cathepsin L cleavage in SARS-CoV-2 spike guide treatment strategies 著者: Zhao M / Zhu Y / Tai L / Yin G / Sun F / Yang J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31507.map.gz | 59 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31507-v30.xml emd-31507.xml | 8.8 KB 8.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31507_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31507.png | 9.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31507 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31507 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31507_validation.pdf.gz | 434.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31507_full_validation.pdf.gz | 434.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31507_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31507_validation.cif.gz | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31507 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31507 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31507.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 spike protein in one-NTD attach state after CTSL treatment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
全体 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
超分子 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2697049 / 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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Host system | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Expi293 |
-分子 #1: SARS-CoV-2 spike protein
分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: MFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPFF SNVTWFHAIH VSGTNGTKRF DNPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV YSSANNCTFE ...文字列: MFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPFF SNVTWFHAIH VSGTNGTKRF DNPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV YSSANNCTFE YVSQPFLMDL EGKQGNFKNL REFVFKNIDG YFKIYSKHTP INLVRDLPQG FSALEPLVDL PIGINITRFQ TLLALHRSYL TPGDSSSGWT AGAAAYYVGY LQPRTFLLKY NENGTITDAV DCALDPLSET KCTLKSFTVE KGIYQTSNFR VQPTESIVRF PNITNLCPFG EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NSASFSTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIRGDEVRQ IAPGQTGKIA DYNYKLPDDF TGCVIAWNSN NLDSKVGGNY NYLYRLFRKS NLKPFERDIS TEIYQAGSTP CNGVEGFNCY FPLQSYGFQP TNGVGYQPYR VVVLSFELLH APATVCGPKK STNLVKNKCV NFNFNGLTGT GVLTESNKKF LPFQQFGRDI ADTTDAVRDP QTLEILDITP CSFGGVSVIT PGTNTSNQVA VLYQDVNCTE VPVAIHADQL TPTWRVYSTG SNVFQTRAGC LIGAEHVNNS YECDIPIGAG ICASYQTQTN SPGAASSVAS QSIIAYTMSL GAENSVAYSN NSIAIPTNFT ISVTTEILPV SMTKTSVDCT MYICGDSTEC SNLLLQYGSF CTQLNRALTG IAVEQDKNTQ EVFAQVKQIY KTPPIKDFGG FNFSQILPDP SKPSKRSFIE DLLFNKVTLA DAGFIKQYGD CLGDIAARDL ICAQKFNGLT VLPPLLTDEM IAQYTSALLA GTITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL NTLVKQLSSN FGAISSVLND ILSRLDPPEA EVQIDRLITG RLQSLQTYVT QQLIRAAEIR ASANLAATKM SECVLGQSKR VDFCGKGYHL MSFPQSAPHG VVFLHVTYVP AQEKNFTTAP AICHDGKAHF PREGVFVSNG THWFVTQRNF YEPQIITTDN TFVSGNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQELGKYEQL VPRGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |