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- EMDB-31504: VAR2CSA-CSA 3D7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31504
タイトルVAR2CSA-CSA 3D7
マップデータ
試料
  • 複合体: VAR2CSA and CSA
    • タンパク質・ペプチド: Erythrocyte membrane protein 1, PfEMP1
キーワードPlasmodium falciparum / Complex / CSA binding / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host erythrocyte aggregation / infected host cell surface knob / antigenic variation / adhesion of symbiont to microvasculature / cell adhesion molecule binding / cell-cell adhesion / host cell surface receptor binding / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythrocyte membrane protein 1, PfEMP1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang L / Wang Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: The molecular mechanism of cytoadherence to placental or tumor cells through VAR2CSA from Plasmodium falciparum.
著者: Weiwei Wang / Zhaoning Wang / Xiuna Yang / Yan Gao / Xiang Zhang / Long Cao / Aguang Dai / Jin Sun / Lei Sun / Lubin Jiang / Zhenguo Chen / Lanfeng Wang /
履歴
登録2021年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31504.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31504.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 324 pix.
= 338.256 Å		1.04 Å/pix.
x 324 pix.
= 338.256 Å		1.04 Å/pix.
x 324 pix.
= 338.256 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.044 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.036454096 - 0.20276953
平均 (標準偏差)0.00024048254 (±0.002610567)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 338.256 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VAR2CSA and CSA

全体名称: VAR2CSA and CSA
要素
  • 複合体: VAR2CSA and CSA
    • タンパク質・ペプチド: Erythrocyte membrane protein 1, PfEMP1

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超分子 #1: VAR2CSA and CSA

超分子名称: VAR2CSA and CSA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 306 kDa/nm

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分子 #1: Erythrocyte membrane protein 1, PfEMP1

分子名称: Erythrocyte membrane protein 1, PfEMP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 306.190219 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDKSSIANKI EAYLGAKSDD SKIDQSLKAD PSEVQYYGSG GDGYYLRKNI CKITVNHSDS GTNDPCDRIP PPYGDNDQWK CAIILSKVS EKPENVFVPP RRQRMCINNL EKLNVDKIRD KHAFLADVLL TARNEGERIV QNHPDTNSSN VCNALERSFA D IADIIRGT ...文字列:
MDKSSIANKI EAYLGAKSDD SKIDQSLKAD PSEVQYYGSG GDGYYLRKNI CKITVNHSDS GTNDPCDRIP PPYGDNDQWK CAIILSKVS EKPENVFVPP RRQRMCINNL EKLNVDKIRD KHAFLADVLL TARNEGERIV QNHPDTNSSN VCNALERSFA D IADIIRGT DLWKGTNSNL EQNLKQMFAK IRENDKVLQD KYPKDQNYRK LREDWWNANR QKVWEVITCG ARSNDLLIKR GW RTSGKSN GDNKLELCRK CGHYEEKVPT KLDYVPQFLR WLTEWIEDFY REKQNLIDDM ERHREECTSE DHKSKEGTSY CST CKDKCK KYCECVKKWK SEWENQKNKY TELYQQNKNE TSQKNTSRYD DYVKDFFKKL EANYSSLENY IKGDPYFAEY ATKL SFILN SSDANNPSEK IQKNNDEVCN CNESGIASVE QEQISDPSSN KTCITHSSIK ANKKKVCKHV KLGVRENDKD LRVCV IEHT SLSGVENCCC QDFLRILQEN CSDNKSGSSS NGSCNNKNQE ACEKNLEKVL ASLTNCYKCD KCKSEQSKKN NKNWIW KKS SGKEGGLQKE YANTIGLPPR TQSLCLVVCL DEKGKKTQEL KNIRTNSELL KEWIIAAFHE GKNLKPSHEK KNDDNGK KL CKALEYSFAD YGDLIKGTSI WDNEYTKDLE LNLQKIFGKL FRKYIKKNNT AEQDTSYSSL DELRESWWNT NKKYIWLA M KHGAGMNSTT CCGDGSVTGS GSSCDDIPTI DLIPQYLRFL QEWVEHFCKQ RQEKVKPVIE NCKSCKESGG TCNGECKTE CKNKCEVYKK FIEDCKGGDG TAGSSWVKRW DQIYKRYSKY IEDAKRNRKA GTKNCGPSST TNAAENKCVQ SDIDSFFKHL IDIGLTTPS SYLSIVLDDN ICGADKAPWT TYTTYTTTEK CNKETDKSKL QQCNTAVVVN VPSPLGNTPH GYKYACQCKI P TNEETCDD RKEYMNQWSC GSARTMKRGY KNDNYELCKY NGVDVKPTTV RSNSSKLDDK DVTFFNLFEQ WNKEIQYQIE QY MTNTKIS CNNEKNVLSR VSDEAAQPKF SDNERDRNSI THEDKNCKEK CKCYSLWIEK INDQWDKQKD NYNKFQRKQI YDA NKGSQN KKVVSLSNFL FFSCWEEYIQ KYFNGDWSKI KNIGSDTFEF LIKKCGNDSG DGETIFSEKL NNAEKKCKEN ESTN NKMKS SETSCDCSEP IYIRGCQPKI YDGKIFPGKG GEKQWICKDT IIHGDTNGAC IPPRTQNLCV GELWDKRYGG RSNIK NDTK ESLKQKIKNA IQKETELLYE YHDKGTAIIS RNPMKGQKEK EEKNNDSNGL PKGFCHAVQR SFIDYKNMIL GTSVNI YEY IGKLQEDIKK IIEKGTTKQN GKTVGSGAEN VNAWWKGIEG EMWDAVRCAI TKINKKQKKN GTFSIDECGI FPPTGND ED QSVSWFKEWS EQFCIERLQY EKNIRDACTN NGQGDKIQGD CKRKCEEYKK YISEKKQEWD KQKTKYENKY VGKSASDL L KENYPECISA NFDFIFNDNI EYKTYYPYGD YSSICSCEQV KYYEYNNAEK KNNKSLCHEK GNDRTWSKKY IKKLENGRT LEGVYVPPRR QQLCLYELFP IIIKNKNDIT NAKKELLETL QIVAEREAYY LWKQYHAHND TTYLAHKKAC CAIRGSFYDL EDIIKGNDL VHDEYTKYID SKLNEIFDSS NKNDIETKRA RTDWWENEAI AVPNITGANK SDPKTIRQLV WDAMQSGVRK A IDEEKEKK KPNENFPPCM GVQHIGIAKP QFIRWLEEWT NEFCEKYTKY FEDMKSNCNL RKGADDCDDN SNIECKKACA NY TNWLNPK RIEWNGMSNY YNKIYRKSNK ESEDGKDYSM IMEPTVIDYL NKRCNGEING NYICCSCKNI GENSTSGTVN KKL QKKETQ CEDNKGPLDL MNKVLNKMDP KYSEHKMKCT EVYLEHVEEQ LKEIDNAIKD YKLYPLDRCF DDKSKMKVCD LIGD AIGCK HKTKLDELDE WNDVDMRDPY NKYKGVLIPP RRRQLCFSRI VRGPANLRNL KEFKEEILKG AQSEGKFLGN YYNED KDKE KALEAMKNSF YDYEYIIKGS DMLTNIQFKD IKRKLDRLLE KETNNTEKVD DWWETNKKSI WNAMLCGYKK SGNKII DPS WCTIPTTETP PQFLRWIKEW GTNVCIQKEE HKEYVKSKCS NVTNLGAQES ESKNCTSEIK KYQEWSRKRS IQWEAIS EG YKKYKGMDEF KNTFKNIKEP DANEPNANEY LKKHCSKCPC GFNDMQEITK YTNIGNEAFK QIKEQVDIPA ELEDVIYR L KHHEYDKGND YICNKYKNIN VNMKKNNDDT WTDLVKNSSD INKGVLLPPR RKNLFLKIDE SDICKYKRDP KLFKDFIYS SAISEVERLK KVYGEAKTKV VHAMKYSFAD IGSIIKGDDM MENNSSDKIG KILGDGVGQN EKRKKWWDMN KYHIWESMLC GYKHAYGNI SENDRKMLDI PNNDDEHQFL RWFQEWTENF CTKRNELYEN MVTACNSAKC NTSNGSVDKK ECTEACKNYS N FILIKKKE YQSLNSQYDM NYKETKAEKK ESPEYFKDKC NGECSCLSEY FKDETRWKNP YETLDDTEVK NN

UniProtKB: Erythrocyte membrane protein 1, PfEMP1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 241954
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7fap:
Structure of VAR2CSA-CSA 3D7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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