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- EMDB-31485: Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31485
タイトルCryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Bacillus subtilis Spx dependent transcription activation complex
    • 複合体: Spx-dependent transcription activation complex
      • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • 複合体: DNA
      • DNA: x 2種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription ...nucleoid / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase epsilon subunit / RNA polymerase epsilon subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit delta / DNA-directed RNA polymerase subunit delta, N-terminal domain superfamily / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain / HARE-type HTH domain profile. / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 ...RNA polymerase epsilon subunit / RNA polymerase epsilon subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit delta / DNA-directed RNA polymerase subunit delta, N-terminal domain superfamily / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain / HARE-type HTH domain profile. / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit delta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Lin W / Feng Y / Shi J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Structural basis of transcription activation by the global regulator Spx.
著者: Jing Shi / Fangfang Li / Aijia Wen / Libing Yu / Lu Wang / Fulin Wang / Yuanling Jin / Sha Jin / Yu Feng / Wei Lin /
要旨: Spx is a global transcriptional regulator in Gram-positive bacteria and has been inferred to efficiently activate transcription upon oxidative stress by engaging RNA polymerase (RNAP) and promoter ...Spx is a global transcriptional regulator in Gram-positive bacteria and has been inferred to efficiently activate transcription upon oxidative stress by engaging RNA polymerase (RNAP) and promoter DNA. However, the precise mechanism by which it interacts with RNAP and promoter DNA to initiate transcription remains obscure. Here, we report the cryo-EM structure of an intact Spx-dependent transcription activation complex (Spx-TAC) from Bacillus subtilis at 4.2 Å resolution. The structure traps Spx in an active conformation and defines key interactions accounting for Spx-dependent transcription activation. Strikingly, an oxidized Spx monomer engages RNAP by simultaneously interacting with the C-terminal domain of RNAP alpha subunit (αCTD) and σA. The interface between Spx and αCTD is distinct from those previously reported activators, indicating αCTD as a multiple target for the interaction between RNAP and various transcription activators. Notably, Spx specifically wraps the conserved -44 element of promoter DNA, thereby stabilizing Spx-TAC. Besides, Spx interacts extensively with σA through three different interfaces and promotes Spx-dependent transcription activation. Together, our structural and biochemical results provide a novel mechanistic framework for the regulation of bacterial transcription activation and shed new light on the physiological roles of the global Spx-family transcription factors.
履歴
登録2021年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2022年2月16日-
現状2022年2月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7f75
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31485.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31485.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.307 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.08295937 - 0.15199642
平均 (標準偏差)6.557346e-05 (±0.005758403)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 261.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3071.3071.307
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z261.400261.400261.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0830.1520.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacillus subtilis Spx dependent transcription activation complex

全体名称: Bacillus subtilis Spx dependent transcription activation complex
要素
  • 複合体: Bacillus subtilis Spx dependent transcription activation complex
    • 複合体: Spx-dependent transcription activation complex
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon
      • タンパク質・ペプチド: transcriptional regulator Spx
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit delta
    • 複合体: DNA
      • DNA: trxA promoter DNA-Non template strand
      • DNA: trxA promoter DNA-template strand
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Bacillus subtilis Spx dependent transcription activation complex

超分子名称: Bacillus subtilis Spx dependent transcription activation complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10

+
超分子 #2: Spx-dependent transcription activation complex

超分子名称: Spx-dependent transcription activation complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#7, #10
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8-#9

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 34.842387 KDa
配列文字列: MIEIEKPKIE TVEISDDAKF GKFVVEPLER GYGTTLGNSL RRILLSSLPG AAVTSIQIDG VLHEFSTIEG VVEDVTTIIL HIKKLALKI YSDEEKTLEI DVQGEGTVTA ADITHDSDVE ILNPDLHIAT LGENASFRVR LTAQRGRGYT PADANKRDDQ P IGVIPIDS ...文字列:
MIEIEKPKIE TVEISDDAKF GKFVVEPLER GYGTTLGNSL RRILLSSLPG AAVTSIQIDG VLHEFSTIEG VVEDVTTIIL HIKKLALKI YSDEEKTLEI DVQGEGTVTA ADITHDSDVE ILNPDLHIAT LGENASFRVR LTAQRGRGYT PADANKRDDQ P IGVIPIDS IYTPVSRVSY QVENTRVGQV ANYDKLTLDV WTDGSTGPKE AIALGSKILT EHLNIFVGLT DEAQHAEIMV EK EEDQKEK VLEMTIEELD LSVRSYNCLK RAGINTVQEL ANKTEEDMMK VRNLGRKSLE EVKAKLEELG LGLRKDD

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 133.847938 KDa
配列文字列: MTGQLVQYGR HRQRRSYARI SEVLELPNLI EIQTSSYQWF LDEGLREMFQ DISPIEDFTG NLSLEFIDYS LGEPKYPVEE SKERDVTYS APLRVKVRLI NKETGEVKDQ DVFMGDFPIM TDTGTFIING AERVIVSQLV RSPSVYFSGK VDKNGKKGFT A TVIPNRGA ...文字列:
MTGQLVQYGR HRQRRSYARI SEVLELPNLI EIQTSSYQWF LDEGLREMFQ DISPIEDFTG NLSLEFIDYS LGEPKYPVEE SKERDVTYS APLRVKVRLI NKETGEVKDQ DVFMGDFPIM TDTGTFIING AERVIVSQLV RSPSVYFSGK VDKNGKKGFT A TVIPNRGA WLEYETDAKD VVYVRIDRTR KLPVTVLLRA LGFGSDQEIL DLIGENEYLR NTLDKDNTEN SDKALLEIYE RL RPGEPPT VENAKSLLDS RFFDPKRYDL ANVGRYKINK KLHIKNRLFN QRLAETLVDP ETGEILAEKG QILDRRTLDK VLP YLENGI GFRKLYPNGG VVEDEVTLQS IKIFAPTDQE GEQVINVIGN AYIEEEIKNI TPADIISSIS YFFNLLHGVG DTDD IDHLG NRRLRSVGEL LQNQFRIGLS RMERVVRERM SIQDTNTITP QQLINIRPVI ASIKEFFGSS QLSQFMDQTN PLAEL THKR RLSALGPGGL TRERAGMEVR DVHYSHYGRM CPIETPEGPN IGLINSLSSY AKVNRFGFIE TPYRRVDPET GKVTGR IDY LTADEEDNYV VAQANARLDD EGAFIDDSIV ARFRGENTVV SRNRVDYMDV SPKQVVSAAT ACIPFLENDD SNRALMG AN MQRQAVPLMQ PEAPFVGTGM EYVSGKDSGA AVICKHPGIV ERVEAKNVWV RRYEEVDGQK VKGNLDKYSL LKFVRSNQ G TCYNQRPIVS VGDEVVKGEI LADGPSMELG ELALGRNVMV GFMTWDGYNY EDAIIMSERL VKDDVYTSIH IEEYESEAR DTKLGPEEIT RDIPNVGEDA LRNLDDRGII RIGAEVKDGD LLVGKVTPKG VTELTAEERL LHAIFGEKAR EVRDTSLRVP HGGGGIIHD VKVFNREDGD ELPPGVNQLV RVYIVQKRKI SEGDKMAGRH GNKGVISKIL PEEDMPYLPD GTPIDIMLNP L GVPSRMNI GQVLELHMGM AARYLGIHIA SPVFDGAREE DVWETLEEAG MSRDAKTVLY DGRTGEPFDN RVSVGIMYMI KL AHMVDDK LHARSTGPYS LVTQQPLGGK AQFGGQRFGE MEVWALEAYG AAYTLQEILT VKSDDVVGRV KTYEAIVKGD NVP EPGVPE SFKVLIKELQ SLGMDVKILS GDEEEIEMRD LEDEEDAKQA DGLALSGDEE PEETASADVE RDVVTKE

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 134.444953 KDa
配列文字列: MLDVNNFEYM NIGLASPDKI RSWSFGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCER IFGPTKDWEC HCGKYKRVRY KGVVCDRCGV EVTRAKVRR ERMGHIELAA PVSHIWYFKG IPSRMGLVLD MSPRALEEVI YFASYVVTDP ANTPLEKKQL LSEKEYRAYL D KYGNKFQA ...文字列:
MLDVNNFEYM NIGLASPDKI RSWSFGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCER IFGPTKDWEC HCGKYKRVRY KGVVCDRCGV EVTRAKVRR ERMGHIELAA PVSHIWYFKG IPSRMGLVLD MSPRALEEVI YFASYVVTDP ANTPLEKKQL LSEKEYRAYL D KYGNKFQA SMGAEAIHKL LQDIDLVKEV DMLKEELKTS QGQRRTRAIK RLEVLEAFRN SGNKPSWMIL DVLPVIPPEL RP MVQLDGG RFATSDLNDL YRRVINRNNR LKRLLDLGAP SIIVQNEKRM LQEAVDALID NGRRGRPVTG PGNRPLKSLS HML KGKQGR FRQNLLGKRV DYSGRSVIVV GPHLKMYQCG LPKEMALELF KPFVMKELVE KGLAHNIKSA KRKIERVQPE VWDV LESVI KEHPVLLNRA PTLHRLGIQA FEPTLVEGRA IRLHPLVCTA YNADFDGDQM AVHVPLSAEA QAEARILMLA AQNIL NPKD GKPVVTPSQD MVLGNYYLTL ERAGAVGEGM VFKNTDEALL AYQNGYVHLH TRVAVAANSL KNVTFTEEQR SKLLIT TVG KLVFNEILPE SFPYMNEPTK SNIEEKTPDR FFLEKGADVK AVIAQQPINA PFKKGILGKI IAEIFKRFHI TETSKML DR MKNLGFKYST KAGITVGVSD IVVLDDKQEI LEEAQSKVDN VMKQFRRGLI TEEERYERVI SIWSAAKDVI QGKLMKSL D ELNPIYMMSD SGARGNASNF TQLAGMRGLM ANPAGRIIEL PIKSSFREGL TVLEYFISTH GARKGLADTA LKTADSGYL TRRLVDVAQD VIIRETDCGT DRGILAKPLK EGTETIERLE ERLIGRFARK QVKHPETGEV LVNENELIDE DKALEIVEAG IEEVWIRSA FTCNTPHGVC KRCYGRNLAT GSDVEVGEAV GIIAAQSIGE PGTQLTMRTF HTGGVAGDDI TQGLPRIQEL F EARNPKGQ ATITEIDGTV VEINEVRDKQ QEIVVQGAVE TRSYTAPYNS RLKVAEGDKI TRGQVLTEGS IDPKELLKVT DL TTVQEYL LHEVQKVYRM QGVEIGDKHV EVMVRQMLRK VRVIDAGDTD VLPGTLLDIH QFTEANKKVL LEGNRPATGR PVL LGITKA SLETDSFLSA ASFQETTRVL TDAAIKGKRD ELLGLKENVI IGKLVPAGTG MMKYRKVKPV SNVQPTDDMV PVE

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 7.766921 KDa
配列文字列:
MLDPSIDSLM NKLDSKYTLV TVSARRAREM QIKKDQMIEH TISHKYVGKA LEEIDAGLLS FEKEDRE

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 43.007406 KDa
配列文字列: MADKQTHETE LTFDQVKEQL TESGKKRGVL TYEEIAERMS SFEIESDQMD EYYEFLGEQG VELISENEET EDPNIQQLAK AEEEFDLND LSVPPGVKIN DPVRMYLKEI GRVNLLSAKE EIAYAQKIEE GDEESKRRLA EANLRLVVSI AKRYVGRGML F LDLIQEGN ...文字列:
MADKQTHETE LTFDQVKEQL TESGKKRGVL TYEEIAERMS SFEIESDQMD EYYEFLGEQG VELISENEET EDPNIQQLAK AEEEFDLND LSVPPGVKIN DPVRMYLKEI GRVNLLSAKE EIAYAQKIEE GDEESKRRLA EANLRLVVSI AKRYVGRGML F LDLIQEGN MGLMKAVEKF DYRKGYKFST YATWWIRQAI TRAIADQART IRIPVHMVET INKLIRVQRQ LLQDLGREPT PE EIAEDMD LTPEKVREIL KIAQEPVSLE TPIGEEDDSH LGDFIEDQEA TSPSDHAAYE LLKEQLEDVL DTLTDREENV LRL RFGLDD GRTRTLEEVG KVFGVTRERI RQIEAKALRK LRHPSRSKRL KDFLE

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 8.263358 KDa
配列文字列:
MIYKVFYQEK ADEVPVREKT DSLYIEGVSE RDVRTKLKEK KFNIEFITPV DGAFLEYEQQ SENFKVLEL

+
分子 #7: transcriptional regulator Spx

分子名称: transcriptional regulator Spx / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 15.547901 KDa
配列文字列:
MVTLYTSPSC TSCRKARAWL EEHDIPFVER NIFSEPLSID EIKQILRMTE DGTDEIISTR SKVFQKLNVN VESMPLQDLY RLINEHPGL LRRPIIIDEK RLQVGYNEDE IRRFLPRKVR PFQLREAQRL AN

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase subunit delta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 20.417891 KDa
配列文字列:
MGIKQYSQEE LKEMALVEIA HELFEEHKKP VPFQELLNEI ASLLGVKKEE LGDRIAQFYT DLNIDGRFLA LSDQTWGLRS WYPYDQLDE ETQPTVKAKK KKAKKAVEED LDLDEFEEID EDDLDLDEVE EELDLEADDF DEEDLDEDDD DLEIEEDIID E DDEDYDDE EEEIK

+
分子 #8: trxA promoter DNA-Non template strand

分子名称: trxA promoter DNA-Non template strand / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 21.202631 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT) (DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC) (DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DT) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA) ...文字列:
(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT) (DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC) (DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DT) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA) (DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DA) (DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)

+
分子 #9: trxA promoter DNA-template strand

分子名称: trxA promoter DNA-template strand / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 20.886408 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DC) ...文字列:
(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DT)(DT) (DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT) (DA)

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 59.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6zca

最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 153870
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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