EMDB-31413: Local map for Rd region of the red alga Porphyridium purpureum ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-31413

タイトル

Local map for Rd region of the red alga Porphyridium purpureum phycobilisome in Middle Light

マップデータ

Rd

試料

複合体: phycobilisome

キーワード

phycobilisome / light-harvesting complex / photosynthesis

生物種

Porphyridium purpureum (真核生物)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Ma JF / Sui S-F

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: The structural basis for light acclimation in phycobilisome light harvesting systems systems in Porphyridium purpureum
著者: Dodson EJ / Ma J / Suissa Szlejf M / Maroudas-Sklare N / Paltiel Y / Adir N / Sun S / Sui SF / Keren N

履歴

登録	2021年6月8日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年6月22日	-
マップ公開	2022年6月22日	-
更新	2024年4月3日	-
現状	2024年4月3日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_31413.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_31413.map.gz	6.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-31413-v30.xml emd-31413.xml	17.6 KB 17.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_31413.png	118.7 KB
Filedesc metadata	emd-31413.cif.gz	4.4 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31413 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31413	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_31413_validation.pdf.gz	333.2 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_31413_full_validation.pdf.gz	332.8 KB	表示
XML形式データ	emd_31413_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_31413_validation.cif.gz	9.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31413 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31413	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	31393C 31397C 31406C 31407C 31408C 31409C 31410C 31411C 31412C 31414C 31415C 31416C 31417C 31418C 7ezxC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_31413.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 744.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Rd

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.07 Å/pix. x 580 pix. = 618.28 Å	1.07 Å/pix. x 580 pix. = 618.28 Å	1.07 Å/pix. x 580 pix. = 618.28 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.066 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.008
最小 - 最大	-0.028529415 - 0.059779502
平均 (標準偏差)	0.000036513557 (±0.00083577965)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : phycobilisome

全体	名称: phycobilisome
要素	複合体: phycobilisome

-
超分子 #1: phycobilisome

超分子	名称: phycobilisome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
由来(天然)	生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量	理論値: 14700 kDa/nm

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液

pH: 7 / 構成要素:

濃度	式
0.75 mol/L	Na₂HPO₄
0.75 mol/L	KH₂PO₄

グリッド

モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 2

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 18 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
温度	最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6438 / 平均露光時間: 8.2 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 100.0 µm 最大デフォーカス（補正後）: 2.3000000000000003 µm 最小デフォーカス（補正後）: 1.3 µm / 倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm 最小デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 315046
初期モデル	モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 6kgx
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta) / 使用した粒子像数: 87399
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)
最終 3次元分類	クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 87399 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: 6kgx Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化	空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 62.05 / 当てはまり具合の基準: 0,99

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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