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- EMDB-31398: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis 50S ribosome subu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31398
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis 50S ribosome subunit bound with clarithromycin
マップデータThe 50S ribosome subunit from Mycobacterium tuberculosis (Mtb)
試料
  • 複合体: Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S subunit
    • 複合体: 50S ribosomal subunit
      • タンパク質・ペプチド: x 29種
    • RNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードMycobacterium tuberculosis / 50S ribosomal subunit / gate site A2062 / clarithromycin / dynamic interaction / Cryo-EM / drug resistance / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 ...Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L36 / 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL21
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang W / Sun Y / Gao N / Li Z
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)11179012 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725007 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2011CB710800 中国
引用ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of 50S ribosomal subunit bound with clarithromycin reveals dynamic and specific interactions with macrolides.
著者: Wen Zhang / ZhiFei Li / Yufan Sun / Peng Cui / Jianhua Liang / Qinghe Xing / Jing Wu / Yanhui Xu / Wenhong Zhang / Ying Zhang / Lin He / Ning Gao /
要旨: Tuberculosis (TB) is the leading infectious disease caused by (). Clarithromycin (CTY), an analog of erythromycin (ERY), is more potent against multidrug-resistance (MDR) TB. ERY and CTY were ...Tuberculosis (TB) is the leading infectious disease caused by (). Clarithromycin (CTY), an analog of erythromycin (ERY), is more potent against multidrug-resistance (MDR) TB. ERY and CTY were previously reported to bind to the nascent polypeptide exit tunnel (NPET) near peptidyl transferase center (PTC), but the only available CTY structure in complex with () ribosome could be misinterpreted due to resolution limitation. To date, the mechanism of specificity and efficacy of CTY for remains elusive since the ribosome-CTY complex structure is still unknown. Here, we employed new sample preparation methods and solved the ribosome-CTY complex structure at 3.3Å with cryo-EM technique, where the crucial gate site A2062 ( numbering) is located at the CTY binding site within NPET. Two alternative conformations of A2062, a novel -conformation as well as a swayed conformation bound with water molecule at interface, may play a role in coordinating the binding of specific drug molecules. The previously overlooked C-H hydrogen bond (H-bond) and π interaction may collectively contribute to the enhanced binding affinity. Together, our structure data provide a structural basis for the dynamic binding as well as the specificity of CTY and explain of how a single methyl group in CTY improves its potency, which provides new evidence to reveal previously unclear mechanism of translational modulation for future drug design and anti-TB therapy. Furthermore, our sample preparation method may facilitate drug discovery based on the complexes with low water solubility drugs by cryo-EM technique.
履歴
登録2021年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月29日-
マップ公開2022年6月29日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31398.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31398.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The 50S ribosome subunit from Mycobacterium tuberculosis (Mtb)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å		1.04 Å/pix.
x 360 pix.
= 374.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.060943186 - 0.099367745
平均 (標準偏差)0.0000074472982 (±0.004966106)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 374.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S subunit

全体名称: Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S subunit
要素
  • 複合体: Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S subunit
    • 複合体: 50S ribosomal subunit
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
  • リガンド: CLARITHROMYCIN
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S subunit

超分子名称: Mycobacterium tuberculosis ribosome 50S subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31

+
超分子 #2: 50S ribosomal subunit

超分子名称: 50S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6, #9-#31
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 6.525757 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MAVPKRRKSR SNTRSRRSQW KAAKTELVGV TVAGHAHKVP RRLLKAARLG LIDFDKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 6.512581 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MASSTDVRPK ITLACEVCKH RNYITKKNRR NDPDRLELKK FCPNCGKHQA HRETR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 5.643697 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MTKGKRTFQP NNRRRARVHG FRLRMRTRAG RSIVSSRRRK GRRTLSA

UniProtKB: 50S ribosomal protein L34

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 7.24143 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MPKAKTHSGA SKRFRRTGTG KIVRQKANRR HLLEHKPSTR TRRLDGRTVV AANDTKRVTS LLNG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 4.323239 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
VKVNPSVKPI CDKCRLIRRH GRVMVICSDP RHKQRQG

UniProtKB: 50S ribosomal protein L36

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 8.770074 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MKSDIHPAYE ETTVVCGCGN TFQTRSTKPG GRIVVEVCSQ CHPFYTGKQK ILDSGGRVAR FEKRYGKRKV GADKAVSTGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 30.644002 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列: MAIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGR GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRMIDFRRN DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ARIALLHYLD GEKRYIIAPN GLSQGDVVES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TLIHAVELRP GGGAKLARSA G SSIQLLGK ...文字列:
MAIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGR GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRMIDFRRN DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ARIALLHYLD GEKRYIIAPN GLSQGDVVES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TLIHAVELRP GGGAKLARSA G SSIQLLGK EASYASLRMP SGEIRRVDVR CRATVGEVGN AEQANINWGK AGRMRWKGKR PSVRGVVMNP VDHPHGGGEG KT SGGRHPV SPWGKPEGRT RNANKSSNKF IVRRRRTGKK HSR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 23.127533 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列: MARKGILGTK LGMTQVFDES NRVVPVTVVK AGPNVVTRIR TPERDGYSAV QLAYGEISPR KVNKPLTGQY TAAGVNPRRY LAELRLDDS DAATEYQVGQ ELTAEIFADG SYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGASH GAQAVHRRPG SIGGCATPAR V FKGTRMAG ...文字列:
MARKGILGTK LGMTQVFDES NRVVPVTVVK AGPNVVTRIR TPERDGYSAV QLAYGEISPR KVNKPLTGQY TAAGVNPRRY LAELRLDDS DAATEYQVGQ ELTAEIFADG SYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGASH GAQAVHRRPG SIGGCATPAR V FKGTRMAG RMGNDRVTVL NLLVHKVDAE NGVLLIKGAV PGRTGGLVMV RSAIKRGEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 23.779936 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列: MAAQEQKTLK IDVKTPAGKV DGAIELPAEL FDVPANIALM HQVVTAQRAA ARQGTHSTKT RGEVSGGGRK PYRQKGTGRA RQGSTRAPQ FTGGGVVHGP KPRDYSQRTP KKMIAAALRG ALSDRARNGR IHAITELVEG QNPSTKSARA FLASLTERKQ V LVVIGRSD ...文字列:
MAAQEQKTLK IDVKTPAGKV DGAIELPAEL FDVPANIALM HQVVTAQRAA ARQGTHSTKT RGEVSGGGRK PYRQKGTGRA RQGSTRAPQ FTGGGVVHGP KPRDYSQRTP KKMIAAALRG ALSDRARNGR IHAITELVEG QNPSTKSARA FLASLTERKQ V LVVIGRSD EAGAKSVRNL PGVHILAPDQ LNTYDVLRAD DVVFSVEALN AYIAANTTTS EEVSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 21.052303 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MTTAQKVQPR LKERYRSEIR DALRKQFGYG NVMQIPTVTK VVVNMGVGEA ARDAKLINGA VNDLALITGQ KPEVRRARKS IAQFKLREG MPVGVRVTLR GDRMWEFLDR LTSIALPRIR DFRGLSPKQF DGVGNYTFGL AEQAVFHEVD VDKIDRVRGM D INVVTSAA TDDEGRALLR ALGFPFKEN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 19.408363 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MSRIGKQPIP VPAGVDVTIE GQSISVKGPK GTLGLTVAEP IKVARNDDGA IVVTRPDDER RNRSLHGLSR TLVSNLVTGV TQGYTTKME IFGVGYRVQL KGSNLEFALG YSHPVVIEAP EGITFAVQAP TKFTVSGIDK QKVGQIAANI RRLRRPDPYK G KGVRYEGE QIRRKVGKTG K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 16.196654 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MKLILTADVD HLGSIGDTVE VKDGYGRNFL LPRGLAIVAS RGAQKQADEI RRARETKSVR DLEHANEIKA AIEALGPIAL PVKTSADSG KLFGSVTAAD VVAAIKKAGG PNLDKRIVRL PKTHIKAVGT HFVSVHLHPE IDVEVSLDVV AQS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 16.333896 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
VPTYAPKAGD TTRSWYVIDA TDVVLGRLAV AAANLLRGKH KPTFAPNVDG GDFVIVINAD KVAISGDKLQ HKMVYRHSGY PGGLHKRTI GELMQRHPDR VVEKAILGML PKNRLSRQIQ RKLRVYAGPE HPHSAQQPVP YELKQVAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 13.419649 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
VIQQESRLKV ADNTGAKEIL CIRVLGGSSR RYAGIGDVIV ATVKDAIPGG NVKRGDVVKA VVVRTVKERR RPDGSYIKFD ENAAVIIKP DNDPRGTRIF GPVGRELREK RFMKIISLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 15.534062 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
VTLKLHDLRP ARGSKIARTR VGRGDGSKGK TAGRGTKGTR ARKQVPVTFE GGQMPIHMRL PKLKGFRNRF RTEYEIVNVG DINRLFPQG GAVGVDDLVA KGAVRKNALV KVLGDGKLTA KVDVSAHKFS GSARAKITAA GGSATEL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 15.724277 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MLIPRKVKHR KQHHPRQRGI ASGGTTVNFG DYGIQALEHA YVTNRQIESA RIAINRHIKR GGKVWINIFP DRPLTKKPAE TRMGSGKGS PEWWVANVKP GRVLFELSYP NEGVARAALT RAIHKLPIKA RIITREEQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 19.512273 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MPKPTKGPRL GGSSSHQKAI LANLATSLFE HGRITTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVLKKL RDKDVVHTLF AEIGPFFAD RDGGYTRIIK IEARKGDNAP MAVIELVREK TVTSEANRAR RVAAAQAKAK KAAAMPTEES EAKPAEEGDV V GASEPDAK APEEPPAEAP EN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 13.211122 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MAQSVSATRR ISRLRRHTRL RKKLSGTAER PRLVVHRSAR HIHVQLVNDL NGTTVAAASS IEADVRGVPG DKKARSVRVG QLIAERAKA AGIDTVVFDR GGYTYGGRIA ALADAARENG LSF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 13.041126 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MNRLDFVDKP SLRDDIPAFN PGDTINVHVK VIEGAKERLQ VFKGVVIRRQ GGGIRETFTV RKESYGVGVE RTFPVHSPNI DHIEVVTRG DVRRAKLYYL RELRGKKAKI KEKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 14.557777 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MARVKRAVNA HKKRRSILKA SRGYRGQRSR LYRKAKEQQL HSLNYAYRDR RARKGEFRKL WIARINAAAR LNDITYNRLI QGLKAAGVE VDRKNLADIA ISDPAAFTAL VDVARAALPE DVNAPSGEAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 11.173147 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MMATYAIVKT GGKQYKVAVG DVVKVEKLES EQGEKVSLPV ALVVDGATVT TDAKALAKVA VTGEVLGHTK GPKIRIHKFK NKTGYHKRQ GHRQQLTVLK VTGIA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 20.424594 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列: MTAATKATEY PSAVAKARFV RVSPRKARRV IDLVRGRSVS DALDILRWAP QAASGPVAKV IASAAANAQN NGGLDPATLV VATVYADQG PTAKRIRPRA QGRAFRIRRR TSHITVVVES RPAKDQRSAK SSRARRTEAS KAASKVGATA PAKKAAAKAP A KKAPASSG ...文字列:
MTAATKATEY PSAVAKARFV RVSPRKARRV IDLVRGRSVS DALDILRWAP QAASGPVAKV IASAAANAQN NGGLDPATLV VATVYADQG PTAKRIRPRA QGRAFRIRRR TSHITVVVES RPAKDQRSAK SSRARRTEAS KAASKVGATA PAKKAAAKAP A KKAPASSG VKKTPAKKAP AKKAPAKASE TSAAKGGSD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 10.976785 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MATLADPRDI ILAPVISEKS YGLLDDNVYT FLVRPDSNKT QIKIAVEKIF AVKVASVNTA NRQGKRKRTR TGYGKRKSTK RAIVTLAPG SRPIDLFGAP A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 11.500274 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MKVHKGDTVL VISGKDKGAK GKVLQAYPDR NRVLVEGVNR IKKHTAISTT QRGARSGGIV TQEAPIHVSN VMVVDSDGKP TRIGYRVDE ETGKRVRISK RNGKDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 22.466166 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列: MAKSASNQLR VTVRTETGKG ASRRARRAGK IPAVLYGHGA EPQHLELPGH DYAAVLRHSG TNAVLTLDIA GKEQLALTKA LHIHPIRRT IQHADLLVVR RGEKVVVEVS VVVEGQAGPD TLVTQETNSI EIEAEALSIP EQLTVSIEGA EPGTQLTAGQ I ALPAGVSL ...文字列:
MAKSASNQLR VTVRTETGKG ASRRARRAGK IPAVLYGHGA EPQHLELPGH DYAAVLRHSG TNAVLTLDIA GKEQLALTKA LHIHPIRRT IQHADLLVVR RGEKVVVEVS VVVEGQAGPD TLVTQETNSI EIEAEALSIP EQLTVSIEGA EPGTQLTAGQ I ALPAGVSL ISDPDLLVVN VVKAPTAEEL EGEVAGAEEA EEAAVEAGEA EAAGESE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 8.987272 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MAHKKGASSS RNGRDSAAQR LGVKRYGGQV VKAGEILVRQ RGTKFHPGVN VGRGGDDTLF AKTAGAVEFG IKRGRKTVSI VGSTTA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 6.920075 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MAAVCDICGK GPGFGKSVSH SHRRTSRRWD PNIQTVHAVT RPGGNKKRLN VCTSCIKAGK ITRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 8.872015 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MAVGVSPGEL RELTDEELAE RLRESKEELF NLRFQMATGQ LNNNRRLRTV RQEIARIYTV LRERELGLAT GPDGKES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 7.361569 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
配列文字列:
MSQLKITQVR STIGARWKQR ESLRTLGLRR IRHSVIREDN AATRGLIAVV RHLVEVEPAQ TGGKT

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #7: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 1.017792562 MDa
配列文字列: UUGUAAGUGU CUAAGGGCGC AUGGUGGAUG CCUUGGCAUC GAGAGCCGAU GAAGGACGUG GGAGGCUGCG AUAUGCCUCG GGGAGCUGU CAACCGAGCG UGGAUCCGAG GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGCACGAGU GAUGUCGUGC UACCCGCAUC U GAAUAUAU ...文字列:
UUGUAAGUGU CUAAGGGCGC AUGGUGGAUG CCUUGGCAUC GAGAGCCGAU GAAGGACGUG GGAGGCUGCG AUAUGCCUCG GGGAGCUGU CAACCGAGCG UGGAUCCGAG GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGCACGAGU GAUGUCGUGC UACCCGCAUC U GAAUAUAU AGGGUGCGGG AGGGAACGCG GGGAAGUGAA ACAUCUCAGU ACCCGUAGGA GGAGAAAACA AUUGUGAUUC CG CAAGUAG UGGCGAGCGA ACGCGGAACA GGCUAAACCG CACGCAUGGG UAACCGGGUA GGGGUUGUGU GUGCGGGGUU GUG GGAGGA UAUGUCUCAG CGCUACCCGG CUGAGAGGCA GUCAGAAAGU GUCGUGGUUA GCGGAAGUGG CCUGGGAUGG UCUG CCGUA GACGGUGAGA GCCCGGUACG CGAAAACCCG GCACCUGCCU AGUAUCAAUU CCCGAGUAGC AGCGGGCCCG UGGAA UCCG CUGUGAAUCC GCCGGGACCA CCCGGUAAGC CUAAAUACUC CUCGAUGACC GAUAGCGGAU UAGUACCGUG AGGGAA UGG UGAAAAGUAC CCCGGGAGGG GAGUGAAAGA GUACCUGAAA CCGUGUGCCU ACAAUCCGUC AGAGCCUCCU UUUCCUC UC CGGAGGAGGG UGGUGAUGGC GUGCCUUUUG AAGAAUGAGC CUGCGAGUCA GGGACAUGUC GCAAGGUUAA CCCGUGUG G GGUAGCCGCA GCGAAAGCGA GUCUGAAUAG GGCGACCCAC ACGCGCAUAC GCGCGUGUGA AUAGUGGCGU GUUCUGGAC CCGAAGCGGA GUGAUCUACC CAUGGCCAGG GUGAAGCGCG GGUAAGACCG CGUGGAGGCC CGAACCCACU UAGGUUGAAG ACUGAGGGG AUGAGCUGUG GGUAGGGGUG AAAGGCCAAU CAAACUCCGU GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AUGCAUUUAG G UGCAGCGU UGCGUGGUUC ACCGCGGAGG UAGAGCUACU GGAUGGCCGA UGGGCCCUAC UAGGUUACUG ACGUCAGCCA AA CUCCGAA UGCCGUGGUG UAAAGCGUGG CAGUGAGACG GCGGGGGAUA AGCUCCGUAC GUCGAAAGGG AAACAGCCCA GAU CGCCGG CUAAGGCCCC CAAGCGUGUG CUAAGUGGGA AAGGAUGUGC AGUCGCAAAG ACAACCAGGA GGUUGGCUUA GAAG CAGCC ACCCUUGAAA GAGUGCGUAA UAGCUCACUG GUCAAGUGAU UGUGCGCCGA UAAUGUAGCG GGGCUCAAGC ACACC GCCG AAGCCGCGGC ACAUCCACCU UGUGGUGGGU GUGGGUAGGG GAGCGUCCCU CAUUCAGCGA AGCCACCGGG UGACCG GUG GUGGAGGGUG GGGGAGUGAG AAUGCAGGCA UGAGUAGCGA CAAGGCAAGU GAGAACCUUG CCCGCCGAAA GACCAAG GG UUCCUGGGCC AGGCCAGUCC GCCCAGGGUG AGUCGGGACC UAAGGCGAGG CCGACAGGCG UAGUCGAUGG ACAACGGG U UGAUAUUCCC GUACCCGUGU GUGGGCGCCC GUGACGAAUC AGCGGUACUA ACCACCCAAA ACCGGAUCGA UCACUCCCC UUCGGGGGUG UGGAGUUCUG GGGCUGCGUG GGAACUUCGC UGGUAGUAGU CAAGCGAAGG GGUGACGCAG GAAGGUAGCC GUACCAGUC AGUGGUAACA CUGGGGCAAG CCGGUAGGGA GAGCGAUAGG CAAAUCCGUC GCUCACUAAU CCUGAGAGGU G ACGCAUAG CCGGUUGAGG CGAAUUCGGU GAUCCUCUGC UGCCAAGAAA AGCCUCUAGC GAGCACACAC ACGGCCCGUA CC CCAAACC GACACAGGUG GUCAGGUAGA GCAUACCAAG GCGUACGAGA UAACUAUGGU UAAGGAACUC GGCAAAAUGC CCC CGUAAC UUCGGGAGAA GGGGGACCGG AAUAUCGUGA ACACCCUUGC GGUGGGAGCG GGAUCCGGUC GCAGAAACCA GUGA GGAGC GACUGUUUAC UAAAAACACA GGUCCGUGCG AAGUCGCAAG ACGAUGUAUA CGGACUGACG CCUGCCCGGU GCUGG AAGG UUAAGAGGAC CCGUUAACCC GCAAGGGUGA AGCGGAGAAU UUAAGCCCCA GUAAACGGCG GUGGUAACUA UAACCA UCC UAAGGUAGCG AAAUUCCUUG UCGGGUAAGU UCCGACCUGC ACGAAUGGCG UAACGACUUC UCAACUGUCU CAACCAU AG ACUCGGCGAA AUUGCACUAC GAGUAAAGAU GCUCGUUACG CGCGGCAGGA CGAAAAGACC CCGGGACCUU CACUACAA C UUGGUAUUGA UGUUCGGUAC GGUUUGUGUA GGAUAGGUGG GAGACUGUGA AACCUCGACG CCAGUUGGGG CGGAGUCGU UGUUGAAAUA CCACUCUGAU CGUAUUGGGC AUCUAACCUC GAACCCUGAA UCGGGUUUAG GGACAGUGCC UGGCGGGUAG UUUAACUGG GGCGGUUGCC UCCUAAAAUG UAACGGAGGC GCCCAAAGGU UCCCUCAACC UGGACGGCAA UCAGGUGGCG A GUGUAAAU GCACAAGGGA GCUUGACUGC GAGACUUACA AGUCAAGCAG GGACGAAAGU CGGGAUUAGU GAUCCGGCAC CC CCGAGUG GAAGGGGUGU CGCUCAACGG AUAAAAGGUA CCCCGGGGAU AACAGGCUGA UCUUCCCCAA GAGUCCAUAU CGA CGGGAU GGUUUGGCAC CUCGAUGUCG GCUCGUCGCA UCCUGGGGCU GGAGCAGGUC CCAAGGGUUG GGCUGUUCGC CCAU UAAAG CGGCACGCGA GCUGGGUUUA GAACGUCGUG AGACAGUUCG GUCUCUAUCC GCCGCGCGCG UCAGAAACUU GAGGA AACC UGUCCCUAGU ACGAGAGGAC CGGGACGGAC GAACCUCUGG UGCACCAGUU GUCCCGCCAG GGGCACCGCU GGAUAG CCA CGUUCGGUCA GGAUAACCGC UGAAAGCAUC UAAGCGGGAA ACCUUCUCCA AGAUCAGGUU UCUCACCCAC UUGGUGG GA UAAGGCCCCC CGCAGAACAC GGGUUCAAUA GGUCAGACCU GGAAGCUCAG UAAUGGGUGU AGGGAACUGG UGCUAACC G GCCGAAAACU UACAACA

GENBANK: GENBANK: CP023578.1

+
分子 #8: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
分子量理論値: 37.097238 KDa
配列文字列:
UUACGGCGGC CACAGCGGCA GGGAAACGCC CGGUCCCAUU CCGAACCCGG AAGCUAAGCC UGCCAGCGCC GAUGAUACUG CCCCUCCGG GUGGAAAAGU AGGACACCGC CGAACA

GENBANK: GENBANK: CP023593.1

+
分子 #32: CLARITHROMYCIN

分子名称: CLARITHROMYCIN / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: CTY
分子量理論値: 747.953 Da
Chemical component information

ChemComp-CTY:
CLARITHROMYCIN / クラリスロマイシン / 抗生剤*YM

+
分子 #33: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #34: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34912
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5v7q


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-7f0d:
Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis 50S ribosome subunit bound with clarithromycin

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る